1、發證機構不同：衛生局的藥師證是由各省市衛生局負責發放的，而藥監局藥師證則是由國家藥監局頒發的。
2、管轄範圍不同：衛生局的藥師證主要針對醫院、診所、藥店等醫藥行業從業人員，而藥監局藥師證則是針對藥品生產、質量控制、藥品審批等方面的專業人員。
3、考試內容不同：衛生局的藥師證考試主要涉及藥品的使用、儲存、配制等方面的知識，而藥監局藥師證考試則更加註重對藥品生產、質量控制、藥品審批等方面的專業知識的考核。
4、職業發展不同：衛生局的藥師證主要是為從事醫藥行業的從業人員提供職業發展機會，而藥監局藥師證則更多地與藥品生產、質量控制、藥品審批等方面的職業發展相關。
藥監系統藥師的使用範圍包括藥監局管理的社會藥店，醫藥公司，但是藥監系統發的證書醫院是不承認的。壹般是在藥店工作需要用到的，壹般不能作為應聘醫院的依據。衛生系統的藥師的證書使用範圍包括全國各地的醫療機構。壹般是在醫院工作需要用到的，只是適用於單位評級，和工資掛鉤。
衛生局的職責範圍：
1、貫徹執行國家和地方的衛生工作方針、政策以及相關法律、法規。
2、制定和實施衛生事業發展規劃和戰略目標。
3、統籌規劃與協調衛生資源配置，研究制定衛生人才發展規劃並指導實施。
4、開展全民健康教育，制定對人群健康危害嚴重的疾病的防治規劃和措施。
5、負責醫療機構的行政管理，實施醫療質量標準和服務規範。
6、監督管理輸血工作和血站的采供血質量。
7、負責婦幼衛生工作，包括婦女兒童衛生保健和婚前保健。
8、貫徹中西醫並重的方針，制定中醫事業發展規劃，管理中醫和中西醫結合工作。
9、監督管理傳染病防治和食品、環境、職業、放射、公***飲水及學校衛生工作。
10、負責醫療救護工作，組織調度衛生技術力量應對突發疫情和病情。
11、制定醫學科技和醫學教育發展規劃，組織實施醫學繼續教育。
12、負責衛生系統的行業作風建設，建設和諧醫患關系。
13、負責計劃生育服務和管理工作，開展人口監測預警。
14、承辦上級交辦的其他事項。
綜上所述，為貫徹國家人事部、衛生部《關於加強衛生專業技術職務評聘工作的通知》等相關文件的精神，自2001年全國衛生專業初、中級技術資格以考代評工作正式實施。通過考試取得的資格代表了相應級別技術職務要求的水平與能力，作為單位聘任相應技術職務的必要依據。
法律依據：
《中華人民***和國行政處罰法》
第十五條
行政處罰由具有行政處罰權的行政機關在法定職權範圍內實施。
第十六條
國務院或者經國務院授權的省、自治區、直轄市人民政府可以決定壹個行政機關行使有關行政機關的行政處罰權，但限制人身自由的行政處罰權只能由公安機關行使。