1，不同特點
集中采購機構不僅關註采購對象本身，還關註售後服務水平。集中采購機構采購對象的質量直接關系到提供公共服務的水平。集中采購機構有大量的質量管理人才。要全面提高人員素質，熟悉市場，準確把握采購人的采購需求，確定科學的評標標準，加強驗收，確保采購人把好質量關。
采購代理機構的中心任務是為采購人提供良好的服務。采購代理機構加強自身建設，提高幹部職工的政治思想水平，強化服務意識，抑制業務風氣，克服官僚主義，始終把采購人的利益放在第壹位，做采購人滿意的好采購人。
2、角色不同
集中采購機構是深化財政支出制度改革的組成部分，能夠有效規範采購行為，預防腐敗，提高采購資金使用效率，有效實現國家宏觀調控目標，意義深遠。
采購代理機構的服務對象是同級機關、事業單位和社會團體。它的建立為政府采購制度改革提供了組織保障。社會中介機構面向的是社會各類市場主體，更多的是為企業和個人提供代理服務。行為準則是參與市場活動，遵守市場活動的基本原則。
3、效率不同
集中采購機構采購次數少，采購周期長，不能及時滿足采購人的需求。
采購代理機構可以增強采購的計劃性，縮短采購周期，按照與采購人簽訂的采購委托協議的要求及時完成委托采購項目，保證采購人相關工作的正常開展。
4.性質不同
集中采購機構是政府采購的執行機構。根據我國《政府采購法》規定，設區的市、自治州以上人民政府根據組織本級政府采購項目集中采購的需要，設立集中采購機構。
采購代理機構是非營利性的民營企業法人機構，根據采購人的委托辦理采購事宜。
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