《國家基本藥物目錄》是國家藥品監督管理局根據世界衛生組織的建議，按照必需、有效的原則制定的藥品目錄，用於指導臨床醫師合理用藥，引導藥品生產企業的生產方向。國家基本藥物目錄》與《基本醫療保險藥品目錄》的主要區別在於二者的作用不同。國家基本藥物目錄》主要用於指導臨床醫生合理選擇藥物品種，並通過引導藥品生產企業的生產方向，保障基本藥物的市場供應。基本醫療保險藥品目錄》的主要作用是控制基本醫療保險支付的藥品費用範圍，是社會保險經辦機構支付參保人員藥品費用的依據。其目的是保障參保人員的基本醫療需求，確保醫療保險基金收支平衡。二是制定依據不同。國家基本藥物目錄》主要考慮臨床用藥的合理性和安全性，以及全社會用藥的基本水平。而《基本醫療保險藥品目錄》在考慮參保人員用藥的安全性和有效性的同時，還註重基本醫療保險基金的承受能力，考慮藥品的價格因素。三是適用範圍不同。國家基本藥物目錄》適用於全社會所有人群，而《基本醫療保險藥品目錄》只適用於基本醫療保險參保人員。四是實施效果不同。國家 "基本藥物目錄 "對臨床醫師用藥起到指導作用，主要通過社會宣傳和醫師培訓，引導其自覺使用目錄；而基本醫療保險藥品目錄在社會保險經辦機構支付費用後實施。