壹. 當衛生院被納入政府集中招標采購體制並被要求零加價賣藥後，為激勵衛生院采購中標藥品，返點和回扣就成為藥企必需的營銷手段了。按照以前的實際批發價，藥企是沒有足夠的利潤空間進行返點和回扣的。其次，零差價制度是壹種更為嚴格的加價率管制政策，它和15%的加價率管制政策存在同樣的弊端，即藥價越高越受醫療機構青睞。在此制度下，衛生院不能合法加價賺錢，但是它卻完全有能力通過索要返點和回扣的方式私下謀利。
二 . 由於絕大多數基本藥物同壹品種中標企業有多家，衛生院擁有選擇權，從而擁有索要返點和回扣的能力，競標藥企也很清楚這壹點，所以在投標價格中必須預留返點和回扣空間。這壹藥品投標和購銷模式不過是此前公立醫院藥品購銷模式和政府集中招標采購模式的簡單復制，藥企輕車熟路，衛生院也早已耳濡目染，雙方完全是心有靈犀、壹拍即合。因此，實施零差價制度後，到底采購哪家藥企的藥品，衛生院的主要考量因素是返點和回扣的高低，藥品質量基本不在衛生院考慮之內，因為政府集中招標已經遴選過質量。換句話說，只要選購的是中標藥品，即使出現質量問題承擔責任的也應該是招標機構而不是衛生院，況且衛生院及其醫生也沒有能力判斷藥品質量，尤其是此前沒有使用過的基本藥物。
三。由於醫院醫生和鄉村醫生在零差價管理後會出現很大的利益受損，醫院醫生出現醫生沒有回扣和灰色收入，但是院長以及壹些采購藥物領導可以拿到更多的回扣返點。可能會出現醫生工作積極性不高，以及大批的公立醫生跳槽到私立醫院和自立門戶開私人診所。特別是鄉村醫生也會有大批改行跳槽，或者搞壹些非法渠道的藥品。因為國家補貼的收入遠遠不如自己私營時候的收入，還要做更多的健康檔案材料。