1.申請企業，須先登錄國家食品藥品監督管理總局行政事項受理服務頁，“新建申請”進行網上填報公司基本信息。
2.完成第壹步之後，按照各省市食品藥品監督管理部門網上公布的互聯網藥品信息服務申請服務指南或者直接咨詢各省市食品藥品監督管理部門相關要求，準備申請材料。
3.申請材料準備齊備後，根據各省市食品藥品監督管理部門的不同要求，或者網上申報，或者窗口提交。收到申請材料之日起，5個工作日會做出受理與否的決定，受理的，發給受理通知書;不受理的，通知申請人並說明理由。
4.自受理之日起20日內，各省市食品藥品監督管理部門會對申請材料進行審核，並作出同意或者不同意的決定。同意的，核發證書，同時報國家食品藥品監督管理總局備案並發布公告;不同意的，會書面通知申請人並說明理由。
互聯網藥品經營許可證辦理需要什麽資料
1、申請藥品經營許可證企業的營業執照副本。
2、申請藥品經營許可證企業需要填寫互聯網藥品資質的申請表。
3、申請藥品經營許可證企業需要2名醫藥相關專門人員的學歷證明、專門技術資格證、簡歷。
4、申請藥品經營許可證企業的網站域名證。
5、申請藥品經營許可證企業的網站欄目的設置說明。
6、申請藥品經營許可證企業需要有網絡與信息安全確保的措施。
7、網站對歷史發布信息進行備份與查閱的相關管理制度執行情況說明。
8、藥品監督管理部門在線瀏覽網站上所有欄目、內容的方法及操作說明等。
法律依據：《個體工商戶條例》
第八條 申請登記為個體工商戶，應當向經營場所所在地登記機關申請註冊登記。申請人應當提交登記申請書、身份證明和經營場所證明。個體工商戶登記事項包括經營者姓名和住所、組成形式、經營範圍、經營場所。個體工商戶使用名稱的，名稱作為登記事項。第九條 登記機關對申請材料依法審查後，按照下列規定辦理：
（壹）申請材料齊全、符合法定形式的，當場予以登記；申請材料不齊全或者不符合法定形式要求的，當場告知申請人需要補正的全部內容；
（二）需要對申請材料的實質性內容進行核實的，依法進行核查，並自受理申請之日起15日內作出是否予以登記的決定；
（三）不符合個體工商戶登記條件的，不予登記並書面告知申請人，說明理由，告知申請人有權依法申請行政復議、提起行政訴訟。予以註冊登記的，登記機關應當自登記之日起10日內發給營業執照。國家推行電子營業執照。電子營業執照與紙質營業執照具有同等法律效力。