到底誰才是S？圍繞這個懸念，《最佳嫌疑人》展開了電光火石般的“捉奸”行動，對每壹位置身其中的嫌疑人進行排查，最有可能出賣藥方的S嫌疑人被鎖定為藥廠三大明星員工。林俊賢飾演的高管阮大誌，道貌岸然但唯利是圖，貪財好色，具有商業間諜的潛質；蘇有朋飾演的銷售總監林以泰終日睡眼惺松，行蹤神秘，心思令人難以捉摸；陳喬恩飾演的美艷女秘書，極端追求物質，很可能為錢鋌而走險。三人之間互相競爭又彼此曖昧的關系，讓所有人都捉摸不定，而員工老宋與阮大誌的個人恩怨，日方代表的助理美紀子，更是給這場揪出S的行動計劃布上重重疑雲。
S只有壹個，但是和所有間諜片中的特工壹樣隱藏極深，S擁有驚人的智商和極為精妙的布局，可以同時和幾方勢力多組人馬下壹盤很大的棋。影片同時發動多組人馬搜尋S，以此作為核心線索，展開多線敘事，快速推動劇情的發展，而隨著劇情的深入，緊張氣氛逐漸加強，特別是清晰明確的時間線，把懸疑片的敘事技巧展現得非常充分，當蘇有朋飾演的林以泰逐壹收緊線索，不禁讓觀者聯想起他在《密室》系列中飾演的私家偵探。
然而，出人意料的是，壹直在運用偷拍、跟蹤、竊聽、離間甚至美男計等各種手段在追查S的林以泰，竟然是賊喊捉賊，而更加離奇的是，原來S並不是簡單的商業間諜，他操控這場天價交易還有意想不到逆轉。
影片用這樣的懸念設置，壹明壹暗兩大核人心物的最終合體，形成了強烈的反差效果，而隨著謎底的揭開，之前所有的鋪墊和伏筆被逐壹呼應，每個角色都成為壹塊不可或缺的拼圖，使整個故事變得嚴絲合縫又情理所至，充分體現了懸疑片的敘事魅力。懸疑片在內地並無太多成功前例，雖然很多電影也能夠把懸念設計得神乎其神，但總是有生硬和匠氣之嫌，缺少自然、真實的氛圍營造，《最佳嫌疑人》顯然已經攻克了這個難題，片中講述的商戰故事極盡精巧的設計，整體環境背景、人物事件都並非脫離觀眾的認知範圍。