避孕藥成分壹般都是雌、孕激素，其副作用視個人自身情況而定，壹般包括惡心、腸胃不適、頭痛、乳房壓痛、體重微增、神經緊張、情緒低潮、月經不來、皮膚易有褐斑和粉刺等現象。而緊急避孕藥由於劑量的問題，壹旦服用過量，副作用會更加明顯。
但現在許多女性，特別是未婚女性，在發生性行為前沒有足夠的保護措施，而在事後把緊急避孕藥當成萬能法寶，以為“事後服藥自然萬事大吉”，壹個月內反復多次服用，個別人甚至當成壹般避孕藥經常服用，結果等於過量服藥，對身體健康自然會造成損傷。並且緊急避孕藥對月經周期有壹定改變，可能提早或延遲，多次服用會導致月經紊亂、出血延長。她說，如果在服藥過程中出現了異常，應該到醫院作妊娠排除試驗。
另外，如果本來肝腎的代謝系統或者凝血系統就有問題者，應盡量勿服用避孕藥。而腦血管病或冠心病、高血壓而未治療、糖尿病並有血管問題、大於35歲且抽煙、已懷孕或可能懷孕、肝臟疾病、腸吸收不好等情形的人也應慎重服用。
服用緊急避孕藥有時可引起壹些輕度的副作用：例如惡心、嘔吐、頭痛、頭昏、腹痛、乳房脹痛。這些副作用壹般在24小時內消失。
緊急避孕藥的上市無疑讓這些人松了壹口氣。按藥品說明書，
壹個月內只能使用壹次緊急避孕藥，但有些新婚夫婦卻往往在壹個月內使用兩次，甚至更多次的緊急避孕藥。對此，醫學專家提醒大家，計劃生育是夫妻間壹項"系統、長期的工程"，不應寄希望於經常使用緊急避孕藥，超量及頻繁使用可能會給身體帶來損害。
避孕藥的主要作用，包括抑制排卵，並改變子宮頸黏液，使精子不易穿透，或使子宮腺體減少肝糖的制造，讓囊胚不易存活，或是改變子宮和輸卵管的活動方式，阻礙受精卵的運送。 而避孕藥的副作用，則包括容易惡心、腸胃不適、頭痛、乳房壓痛、體重微增、神經緊張、情緒低潮、月經不來、皮膚易有褐斑和粉刺等現象。此外，避孕藥也可能會造成癌癥，如乳癌、子宮頸癌、肝臟腺瘤。
使用緊急避孕藥的副作用和如何處理？
1.惡心：用緊急避孕的女性惡心發生率最高，約為50%；左炔諾孕酮次之，約為20%；米非司酮最低，約6%～7%。惡心壹般持續不超過24小時。
2.嘔吐：用Yuzpe法進行緊急避孕的婦女約有20%發生嘔吐；左炔諾孕酮約5%；米非司酮約1%。與食物同時服用或睡覺前服藥可以減少惡心、嘔吐的發生率。如果在口服緊急避孕藥後1小時內嘔吐，應該盡快補服1次。
3.不規則子宮出血：有些女性用藥後會有些X點滴出血，壹般無須處理，但要讓用藥者了解此種情況，做好用藥前後的咨詢、宣教。
4.月經改變：多數婦女月經會按時來潮，也有壹部分婦女月經提前或延遲。如果月經延遲壹周，應該做尿妊娠試驗，以明確是否是緊急避孕失敗。
5.其他：乳房脹痛、頭痛、頭暈、乏力等，這些癥狀壹般較輕微，持續時間不超過24小時。乳房脹痛、頭痛嚴重者可用阿斯匹林或其他止痛藥對癥處理。
需要強調的是，由於服用緊急避孕藥，會影響月經周期，因而在隨後的幾個月中計算安全期會有所障礙。女性在此之後盡量使用效率高的避孕方法，而不要再冒險、嚴重的會導致不育。