計算機技術的發展和向藥物化學學科的滲透，促進了藥物設計的發展。#/ 世紀(/ 年代計算機輔助藥物設計取得突破性進展，現已成為藥物研究和開發的重要方法和工具。
計算機輔助藥物設計利用了計算機快速、全方位的邏輯推理功能、圖形顯示控制功能，並將量子化學、分子力學、藥物化學、生物化學和信息科學結合起來，研究受體生物分子與藥物結合部位的結構與性質、藥物與受體復合物的構型和立體化學特征、藥物與受體結合的模式和選擇性、特異性、、藥物分子的活性基團和藥效構象關系等，從藥物機理出發，改進現有生物活性物質的結構，快速發現並優化先導化合物，使其盡早進入臨床前研究，減少傳統的新藥研究的盲目性，縮短新藥研制的時間。 據文獻記載，用計算機輔助藥物設計的新藥5-TH10受體激動劑, 對偏頭痛有良好的療效，已進入三期臨床階段，碳酸鉀抑制劑（dorzlamide）已上市，用分子對接法的dock程序研制的抗艾滋病毒抑制劑經美國FDA批準也有; 個新藥已上市，如沙奎那韋（saquinavir）。用計算機輔助藥物設計還成功地設計出了抗感冒病毒的藥物，具有抗瘧作用的半胱氨酸蛋白抑制劑及凝血酶。
2、 組合化學與高通量篩選技術發展
組合化學是近20年發展起來的壹種合成大量化合物的新方法，它是建立在高效平行的合成之上，在同壹個反應器內使用相同條件同時制備出多種化合物，建立各類化合物庫的策略。組合化學通常采用操作、分離簡便的固相化學合成。液相化學合成技術也在快速發展和完善中。 在藥物研究過程中，通過化合物活性篩選而獲得具有藥物活性的先導化合物是新藥研究的基礎。隨著分子水平的藥物篩選模型的建立，篩選方法和技術都發生了根本性的變化，出現了高通量篩選的新技術，大大加快了先導化合物的尋找和發現，並促進了高通量有機合成。近年來，組合化學與高通量篩選結合，使組合化學的化合物庫種類、數量不斷擴大，篩選的先導化合物數量和種類也在不斷地增多，使新藥的種類和數量也在不斷地增加。組合化學實現的自動化合成僅20世紀90年代後得到的各類化合物總和已超過了人類有史以來所發現化合物的總和，故有人把組合化學與高通量篩選結合技術稱為“新藥發現的高速公路”，據文獻記載，1992年～1998年的幾年，經過組合化學化合物庫與高通量篩選，確定的候選藥物已有46個，並已進入人體測試階段。顯然，組合化學與高質量篩選的結合技術，大大地加快了新藥研制的步伐。雖然如此，組合化學建立的大型化合物庫，為篩選也帶來了困難，因此，利用組合化學設計，構建具有結構多樣性的小型而便於篩選的組合化合物庫，結合化學信息學和高通量篩選，將是組合化學與高通量篩選結合的壹項重要課題。
3、 藥物生物技術發展
生物技術藥物是指利用DNA重組技術或單克隆抗體技術或其它生物技術研制的蛋白質、抗體或核酸類藥物，它是目前生物技術研究最為活躍的領域，給生命科學的研究和生物制藥工業帶來了革命性變化。
重組DNA技術又稱基因工程，是將染色體分離、純化的DNA或人工合成的DNA結合，構成重組DNA，再轉化導入宿主細胞內進行無性繁殖，篩選出能表達的蛋白質活性細胞，加以純化、擴增成為克隆，並表達產生出人類需要的產物。藥物學家利用重組DNA技術大量生產生物技術藥物，如多肽、蛋白質類、酶類藥物和疫苗，並定向改造生物基因結構、構建高產菌株、改造傳統制藥工藝。
生物技術的發展不僅推動了藥物制造工藝的改進，而且極大地促進了人們對疾病的發生和治療機制的認識，從而為新藥的篩選與發現確定了更多更新的治療作用的靶物質。些發現使治療藥物對疾病的治療具有全新的作用機制。重組DNA技術和治療靶的結構細節研究，為新藥發現提供了更多的高效途徑。1983年第壹個生物技術藥物人胰島素上市以來，到2000年國際上已有116種生物技術藥物上市，還有2600多種的生物技術藥物處在早期臨床試驗或處於實驗室早期觀察階段.。2000年生物技術藥物銷售額已經超過300億美元，約占同期藥品市場銷售額的10%.。可見生物技術藥物已成為新藥開發的生力軍。