根據上述職責，省食品藥品監督管理局內設15個處級職能機構：?
（壹）辦公室（應急管理處、機關工會）。 ?
制定並組織實施內部管理規章制度；起草和審核有關綜合性文件和重要報告；負責會議組織、秘書事務、文電處理、信息綜合、文書檔案管理和機要保密、政務公開和信息化建設工作；負責機關後勤保障等工作；負責固定資產管理和政府采購工作；承擔信訪、機關工會、婦女和計劃生育工作；負責食品藥品安全科普宣傳、新聞發布、宣傳報道和信息發布工作；負責應急工作的統籌協調。?
（二）食品綜合協調處。?
承擔省食品安全委員會辦公室日常工作，以及省直有關部門和市縣人民政府履行食品安全監督管理職責的考核評價工作。指導市縣食品安全綜合協調機構相關工作；負責食品安全綜合信息發布工作；協調、指導食品安全突發事件和輿情信息的處置工作；組織開展食品安全風險預警和監測工作；起草食品安全的重要文稿。?
（三）組織人事處（機關黨委、機關團委）。?
負責局機關及所屬事業單位的機構編制、人事管理、紀檢監察、黨群、老幹部服務和幹部隊伍建設工作；指導食品藥品從業人員培訓工作；負責執業藥師施教機構資質管理工作；負責食品藥品科研機構資格審核和專業技術人員職稱評定與管理工作；組織、開展食品藥品監督管理方面的對外交流與合作。?
（四）財務審計處。?
制定並組織實施局機關及所屬事業單位財務管理規章制度；按照有關規定管理局機關及所屬事業單位財務工作；監督管理基建資金和中央補助地方食品藥品監督管理部門公***衛生專項資金使用，對所屬事業單位財務工作進行指導、監督和內部審計；承擔綜合統計工作。?
（五）政策法規處。?
擬定食品、藥品、醫療器械、化妝品等地方性法規規章、規劃計劃，並監督實施；承辦行政復議、聽證、應訴、規範性文件法核等工作；監督檢查本系統法律法規、規章的執行情況；負責本系統普法教育工作；組織開展綜合性調研和規劃制訂工作；指導全省食品藥品監督管理機構的依法行政和法制建設。?
（六）食品生產監督管理處。?
承擔全省生產環節食品安全監督管理工作。負責制訂生產加工環節食品行政許可和質量安全監督管理辦法，並組織實施；掌握分析生產環節食品安全形勢、存在問題並提出完善制度機制和改進工作的建議，督促下級行政機關嚴格依法履行監督管理責任，及時發現、糾正違法和不當行為。監督問題產品召回和處置；負責食品生產環節食品安全事故的應急處理工作。?
（七）食品流通監督管理處。?
承擔全省流通環節食品安全監督管理工作。負責制訂食品流通環節食品行政許可和質量安全監督管理辦法，並組織實施；掌握分析流通環節食品安全形勢、存在問題並提出完善制度機制和改進工作的建議，督促下級行政機關嚴格依法履行監督管理責任，及時發現、糾正違法和不當行為；負責食品流通環節食品安全突發事件的應急處理工作。?
（八）餐飲食品監督管理處。?
承擔全省餐飲服務環節食品安全監督管理工作。負責制定餐飲服務環節食品行政許可和質量安全監督管理辦法，並組織實施；監督執行餐飲服務環節食品安全管理規範；組織開展餐飲服務環節食品安全執法監督檢查，掌握分析消費環節食品安全形勢、存在問題並提出完善制度機制和改進工作的建議，督促下級行政機關嚴格依法履行監督管理責任，及時發現、糾正違法和不當行為；指導協調全省重大活動餐飲食品安全保障工作；承擔餐飲服務環節食品安全狀況調查和監測工作，負責餐飲服務環節食品安全突發事件的應急處理工作。?
（九）藥品生產監督管理處。?
承擔藥品生產監督管理工作，負責藥品委托生產行政許可。組織實施藥品生產質量管理規範；審核本省國家基本藥物目錄；組織實施藥品生產企業藥品分類管理制度，開展藥品不良反應監測、再評價和淘汰工作；負責藥品生產、醫療單位制劑的許可核準；依法監管麻醉藥品、精神藥品、毒性藥品、放射性藥品、藥品類易制毒化學品；負責生產環節藥品質量突發事件的應急處理工作。?
（十）藥品流通監督管理處。?
承擔藥品流通監督管理工作；負責藥品經營許可的核準和監督管理；組織實施藥品經營質量管理規範；監督實施藥品流通分類管理制度和藥品召回制度；依法監督醫療機構的藥品質量管理和使用；負責流通環節藥品安全突發事件的應急處理工作。?
（十壹）藥品化妝品與醫療器械註冊管理處（黎藥監管處）。?
監督實施國家藥品標準和藥用輔料標準，承擔藥品、直接接觸藥品的包裝材料和容器、藥用輔料、醫療機構制劑註冊工作，負責辦理第二類醫療器械產品註冊和部分化妝品註冊並承擔相應責任；負責藥品再註冊以及不改變藥品內在質量的補充申請行政許可，負責國產第三類醫療器械不改變產品內在質量的變更申請行政許可以及進口非特殊用途化妝品行政許可；貫徹實施中藥品種保護制度；監督實施藥物非臨床研究、藥物臨床試驗質量管理規範；擬定並監督實施本省醫療機構制劑、黎藥、中藥材和海洋藥物地方標準；優化註冊和行政許可管理流程，組織實施分類管理。?
（十二）保健食品與化妝品監督管理處。?
承擔保健食品許可和註冊管理工作；監督實施保健食品、化妝品標準及技術規範和生產經營管理規範；監督保健食品、化妝品召回工作；組織開展保健食品、化妝品監測與評價及其體系建設工作；負責保健食品與化妝品質量突發事件的應急處理工作。?
（十三）醫療器械監督管理處。?
承擔醫療器械生產和流通的行政許可核準工作；監督實施醫療器械質量管理規範；監督實施醫療器械產品召回制度；組織開展醫療器械不良事件監測、再評價和淘汰工作；負責醫療器械質量突發事件的應急處理工作。?
（十四）科技信息處。?
組織實施食品藥品監督管理重大科技項目；推動食品藥品現代化科技監管體系建設；參與擬訂藥品、醫療器械、化妝品標準以及直接接觸藥品的包裝材料和容器產品目錄、藥用要求、標準，參與擬訂食品安全標準。?
（十五）行政審批辦公室。?
制定並組織實施食品藥品行政許可審批的規章制度和辦事流程；辦理食品、藥品、醫療器械、化妝品安全管理的行政許可受理和審批事項；辦理食品、藥品、醫療器械、化妝品的廣告的審批和備案工作；負責辦理執業藥師註冊工作；指導市縣食品藥品監督管理機構行政許可審批工作。?