1.稽查局
組織落實稅務稽查法律法規、部門規章及規範性文件，擬訂具體實施辦法；組織、協調、督辦稅收違法案件的查處；受理稅收違法案件的舉報，辦理重大稅收違法案件的立案和調查的有關事項並提出審理意見；牽頭組織實施稅收專項檢查和稅收專項整治工作；協調公安、檢察、審判機關處理稅務稽查有關工作；指導、協調稅務稽查工作。承擔南京經濟技術開發區國家稅務局稽管範圍的稅務稽查工作。
稽查局設9個內設機構（正科級）：綜合科、綜合選案科、檢查壹科、檢查二科、檢查三科、檢查四科、案件審理科、案件執行科、舉報中心。
辦公地址：白下路300號20、21層
2.第壹稽查局
職責：承擔南京市玄武區國家稅務局、南京市棲霞區國家稅務局、南京市沿江工業開發區國家稅務局稽管範圍的稅務稽查工作。
辦公地址：南京市白下區長白街136號5樓
3.第二稽查局
職責：承擔南京市鼓樓區國家稅務局、南京市下關區國家稅務局、南京市高新技術產業開發區國家稅務局稽管範圍的稅務稽查工作。
辦公地址：南京市鼓樓區中山北路107號
4.第三稽查局
職責：承擔南京市白下區國家稅務局、南京市建鄴區國家稅務局、秦淮區國家稅務局、南京市雨花臺區國家稅務局稽管範圍的稅務稽查工作。
辦公地址：南京市白下區長白街136號4樓
5.車輛購置稅征收管理分局
職責：組織落實車輛購置稅征收管理規章制度及規範性文件；承擔車輛購置稅的日常管理、日常檢查、納稅服務等工作；組織實施車輛購置稅的稅源管理、納稅評估等辦法；組織實施車輛稅收壹體化管理工作；對核定各類車輛最低計稅價格提出建議；管理車輛購置稅票證。
6.直屬稅務分局
職責：負責對所轄市屬以上重點稅源企業的監控、管理和服務，具體負責對所轄納稅戶稅務登記及納稅申報的調查核實、進行稅源預測和分析、重點稅源管理跟蹤監控、稅收宣傳、納稅輔導、稅收調研、納稅服務、日常檢查、戶籍管理、政策送達、稅源調查、定額核定、催報催繳、數據采集分析、組織實施納稅評估、處理壹般性違規違章行為等。
辦公地址：白下路300號22、23層