（壹）辦公室
組織協調局機關日常工作；擬訂工作制度、工作計劃並督促落實；負責局機關文電、會議、檔案、機要、保密、保衛、行政後勤管理、安全生產、政務公開、信訪、督促檢查、提案和建議答復、對外聯絡、接待、目標績效考核和信息化建設等工作。
（二）組織人事處（掛離退休幹部處）
擬訂全市衛生人才發展規劃並組織實施；指導全市衛生事業單位人事制度改革工作；負責局機關及所屬單位的人事管理、機構編制等工作；負責局機關及所屬單位的思想政治工作和隊伍建設，協助做好直屬單位的領導班子建設；負責局機關及離退休單位的建建設；負責局機關離退休人員的管理服務工作，指導所屬單位離退休人員的管理服務工作。
（三）規劃財務
擬訂全市衛生事業發展規劃、區域衛生規劃並組織實施；規劃和協調全市衛生資源配置；組織編制局機關財務預算、決算；負責局機關財務、會計業務事項和財務管理，指導預算管理單位的財務和資金工作；負責局機關國有資產管理工作，指導預算管理單位的國有資產管理工作。指導預算管理單位國有資產管理工作；承擔全市衛生統計工作。
（四）衛生應急辦公室（掛市公共**** 衛生應急指揮中心牌子）
擬訂衛生應急救援規劃、制度、預案和措施並組織實施；依法組織協調公共**** 突發衛生事件應急處置工作；指導和組織公共**** 突發衛生事件的預防準備、監測預警、處置救援、分析評估等衛生應急活動；組織指導公共**** 突發衛生事件。生突發事件應急處置活動；組織指導衛生應急培訓和演練活動；組織協調重大自然災害、事故災難、社會安全事件和核事故、輻射事故等突發事件的醫療衛生應急處置和醫療救援工作；組織實施突發急性傳染病的預防控制和應急處置；承擔突發公共**** 生突發事件應急處置信息發布工作；指導區（市）公共**** 生突發事件應急處置工作。
（五）政策法規
組織擬訂全市衛生相關政策、法規和規章並監督實施；擬訂衛生體制綜合改革方案並協助實施；承擔局機關規範性文件的合法性審核工作；承擔有關衛生行政復議、行政訴訟和行政執法的有關工作，組織開展衛生宣傳工作。
（六）醫療和婦幼衛生
擬訂醫療機構發展、醫療技術應用、醫療質量和服務、采供血機構管理等有關政策、規範、標準並組織、指導實施；負責全市醫療衛生準入管理，依法管理醫療衛生機構；承擔實施執業醫師、護士執業許可制度的相關工作；指導醫療機構的醫療質量、安全、服務和評價等工作。醫療機構的質量、安全、服務和評價，建立全市醫療質量評價和監管體系，協調處理醫療糾紛；依法監督血站采供血和臨床用血質量；指導醫院藥事、臨床專科、醫院感染控制和臨床實驗室管理等相關工作；負責醫療急救體系建設，參與突發公共****、衛生事件和其他突發重大傷亡事故的緊急醫療救援工作；指導基層醫療機構等相關工作。急醫療救援工作；指導基層衛生保健規劃的實施；擬訂婦幼衛生和提高出生人口素質工作的發展規劃、政策措施和技術標準，監督實施婦幼保健專項技術；牽頭組織預防和減少出生缺陷和先天殘疾工作；建立以公立醫院公益性為核心的監管體系。
（七）農村與社區衛生處
擬訂全市農村衛生和城市社區衛生工作規劃、政策措施並組織實施；指導農村衛生服務體系和社區衛生服務體系建設；綜合管理農村基本醫療衛生和新型農村合作醫療工作；指導城市基層衛生服務體系改革；負責社區衛生服務機構績效考核、質量管理和社區全科醫生、鄉村醫生的相關管理工作；組織協調城鄉健康教育與健康促進工作。
（八）藥物政策與基本藥物制度科
貫徹執行國家基本藥物制度和國家藥物政策，組織實施《藥品法典》和《國家基本藥物目錄》；擬訂全市基本藥物目錄，提出全市基本藥物價格政策建議；承擔全市二級及以上醫療機構藥事管理工作，指導和監督各區（市）加強合理用藥的規範化建設；參與臨床用藥不良反應的處理；參與全市基層醫療衛生機構臨床用藥管理制度的制定和管理。合理用藥；參與臨床藥品不良反應監測及相關信息管理。
（九）公共**** 衛生監督與疾病控制科（掛行政審批辦公室牌子）
指導、規範衛生行政執法工作；組織查處職業衛生、放射衛生、學校衛生、公共**** 場所和生活飲用水衛生等公共**** 衛生違法行為；擬訂疾病預防控制政策並組織實施，負責全市重大疾病和公共**** 衛生相關疾病的預防控制工作。和與公共**** 健康相關疾病的預防控制規劃、全市免疫規劃和嚴重危害公共**** 健康問題的幹預措施並組織實施，完善重大疾病預防控制體系；承擔疾病預防控制突發公共**** 事件的預防控制工作；承擔法定傳染病疫情信息報告工作；擬訂健康教育與健康促進行動規劃、政策並協調實施；承擔市衛生疾病預防控制艾滋病工作委員會辦公室的日常工作；統壹辦理本部門的行政許可和非行政許可審批事項。
（十）科教外事處
擬訂全市醫學科技、健康教育發展規劃；指導全市衛生科研工作，組織開展醫學科技攻關，指導醫學科技成果的推廣應用；負責全市醫療衛生科研院所、重點學科、特色專科的建設；指導直屬中等衛生學校教育和衛生專業技術人才的培養；組織開展全市衛生系統的援外工作和技術援助，並對衛生系統進行技術援助。開展全市衛生系統援外技術交流與合作。
（十壹）中醫處（掛市中醫藥管理局牌子）
擬訂全市中醫藥（含中西醫結合、民族醫藥）發展規劃並組織實施；組織實施國家、省中醫藥機構建設標準、技術標準和管理規範；指導中醫藥工作和中醫藥行政執法，指導和管理中醫醫療機構和醫療技術；繼承和發展中醫藥文承和發展中醫藥文化，開展中醫藥人才培養、中醫藥師承教育；指導、管理全市中醫藥、中西醫結合和民族衛生保健工作。
（十二）市愛國衛生運動委員會辦公室
擬訂全市愛國衛生工作的有關政策、規劃並組織實施；組織開展全市愛國衛生活動；負責創建和鞏固國家衛生城市、病媒生物防制等工作；承擔市愛國衛生運動委員會的日常工作。
（十三）市愛衛會辦公室
擬訂全市幹部保健工作規劃、政策措施並組織實施；指導全市幹部保健工作；負責市愛衛會確定的保健對象的保健工作；承辦保健工作中的重要會議、重大接待任務；承擔市愛衛會日常工作。
按規定掛紀委（掛監察室、審計室牌子）、機關黨委（掛宣傳室牌子）、工會、團委牌子。