1.樣本選擇
已鑒定出 26 例原發性乳腺癌（11 例 ER+、5 例 HER2+、10 例 TB2+ 和 1 例 TB2+）。HER2+ 和 10 TNBC）進行了 sc RNA-seq；6 例乳腺癌（2 例 ER+、4 例 TNBC）進行了空間轉錄組測序；4 例乳腺癌（1 例腔內癌、1 例 HER2+ 和 2 例 TNBC）進行了 CITE-seq 測序。
2.腫瘤亞型
ER+、HER2+和TNBC。
3.研究思路
4.主要結論
本文結合單細胞RNA測序和空間轉錄組測序，構建了迄今為止最全面的乳腺癌單細胞和空間圖譜，並開發了與sc RNA-seq兼容的內在亞型分類方法（SCSubtype），揭示了復發性腫瘤的細胞異質性。通過CITE-seq進行的免疫分型提供了高分辨率的免疫特征，並發現了與臨床結果相關的新的PD-L1/PD-L2+巨噬細胞群。利用單細胞特征，對壹個大型乳腺癌隊列進行了解卷積分析，並將其分為九種 "生態型"，不同的生態型與腫瘤樣本的臨床亞型、SCSubtype 亞型和細胞類型顯示出不同的關聯，不同生態型之間的預後也存在顯著差異。該研究提供了全面的乳腺癌細胞結構單細胞和空間圖譜，有助於了解腫瘤的異質性，促進乳腺癌個體化治療的進展。
1.樣本選擇
8例女性原發性乳腺癌患者的腫瘤樣本和配對的正常血液、乳腺和淋巴結樣本通過流式細胞熒光分選（FACS）對CD45+細胞進行分選，用於sc RNA-seq；另外3例乳腺癌組織（BC9-11）用於sc TCR-seq和5 ' sc RNA-seq.
2.腫瘤亞型
包括表達雌激素受體（ER+）的腫瘤、表達孕激素受體（PR+）的腫瘤、表達人表皮生長因子受體 2（Her2+）的腫瘤以及三陰性腫瘤（TNBCs），三者均不表達。
3. 研究思路
4.主要發現
利用單細胞轉錄組廣泛描述了乳腺癌組織中免疫細胞的異質性，並確定了多種免疫細胞類型，包括單核細胞、巨噬細胞、肥大細胞、T細胞、B細胞、樹突狀細胞和中性粒細胞。通過亞群細分，*** 確定了 83 個不同的免疫細胞群，包括 38 個 T 細胞群、27 個髓譜細胞群、9 個 B 細胞群和 9 個自然殺傷細胞群。與正常乳腺組織相比，只存在於腫瘤中的細胞群包含 14 個髓系細胞群和 17 個 T 細胞群（約為正常組織中觀察到的細胞群數量的兩倍）。對 T 細胞分化軌跡的研究揭示了 T 細胞狀態的連續變化，顛覆了腫瘤微環境由先前分化程度較低或活化程度較低的離散狀態形成的經典概念。本研究對sc RNA-seq和sc TCR-seq數據集的聯合分析將有助於更好地理解免疫細胞促進和抑制腫瘤進展的潛在功能機制。
1.樣本選擇
從***55例患者的69個不同手術組織樣本中選取了正常乳腺、癌前BRCA1 +/-組織、主要乳腺癌亞型（TNBC、ER+、HER2+、男性乳腺癌）、配對腫瘤和受累淋巴結（LN）。
2.腫瘤亞型
ER+、HER2+和TNBC。
3. 研究思路
4.主要結論
這項研究提供了迄今為止最全面的人類乳腺組織單細胞RNA圖譜，為科學家了解其中的不同細胞類型提供了壹個框架。此外，研究人員還根據不同的亞組研究了多方面亞組的生物學特性，例如發現絕經前到絕經後的轉變與間質的顯著改變有關，成纖維細胞中的 PDGFRb 和基質相關基因減少；癌前病變向腫瘤的發展與 BRCA1 基因突變攜帶者免疫浸潤的增加有關；腫瘤上皮在不同的乳腺癌亞型中顯示出類似的多樣性......；組織駐留記憶（TRM）T細胞在TNBC和HER2+腫瘤中很明顯，但在ER+腫瘤中卻不明顯；TNBC中CD8+細胞群最多，而ER+腫瘤中CD8+T細胞減少，這表明免疫調節模式不同；與TNBC和HER2+腫瘤相比，ER+腫瘤中循環腫瘤相關巨噬細胞（TAMs）活躍；在ER+腫瘤患者中，克隆選擇和大規模遷移是淋巴結轉移的原因，等等。本文的研究結果對於了解乳腺癌的生成機制以及周圍環境中的細胞如何促進乳腺癌的發展、擴散和治療反應非常重要。
對於腫瘤組織這樣高度異質性的樣本，傳統的高通量測序技術只能提供樣本中所有細胞轉錄水平的平均值，而單細胞轉錄組突破了傳統大容量測序技術的局限，實現了在單細胞水平解析基因表達狀態和功能的研究目的，特別適合解析多個細胞的組成、研究復雜細胞的功能、追蹤細胞的發育過程以及探索細胞之間的相互作用。它特別適用於解析多個細胞的組成、研究復雜細胞的功能、追蹤細胞的發育以及研究細胞與細胞之間的相互作用。上述文章利用單細胞測序技術分析了高度異質性乳腺癌的復雜細胞組成，深入探討了腫瘤微環境的異質性和不同組織學意義，從而解決了腫瘤異質性的問題，為進壹步闡明腫瘤的起源和發展、轉移和治療耐藥性奠定了基礎。
參考文獻
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