壹、組成部門不同
1、衛生廳是根據中***中央、國務院批準設置的，是省人民政府主管全省衛生工作的組成部門。
2、國家衛生健康委員會是國務院組成部門，為正部級。
二、主要職責不同
1、衛生廳
（壹）推進醫藥衛生體制改革。貫徹黨和國家關於衛生工作的法律、法規和方針、政策，組織實施國家衛生標準和技術規範，擬訂有關地方性衛生法規和省政府規章草案，衛生標準和技術規範；制定全省衛生事業發展規劃和戰略目標並組織實施。
（二）貫徹執行國家基本藥物制度，制定全省基本藥物的采購、配送、使用的政策措施，會同有關方面制定全省基本藥物目錄內藥品生產的政策措施，提出全省基本藥物價格政策的建議。
（三）承擔食品安全綜合協調、組織查處食品安全重大事故的責任，組織制定地方性食品安全標準，負責食品及相關產品的安全風險評估、預警工作，統壹發布全省重大食品安全信息。牽頭建立食品安全綜合協調機制，負責食品安全綜合監督。
（四）擬訂全省區域衛生規劃，統籌規劃協調全省衛生資源配置。
（五）貫徹預防為主方針，開展全民健康教育；制定全省疾病防治規劃和措施，並組織實施；負責傳染病、地方病和其他常見病、多發病的防治工作。
（六）負責衛生應急工作，制定衛生應急預案和政策措施，負責突發公***衛生事件監測預警和風險評估，指導實施突發公***衛生事件預防控制與應急處置，發布突發公***衛生事件應急處置信息。
2、衛健委
（壹）組織擬訂國民健康政策，擬訂衛生健康事業發展法律法規草案、政策、規劃，制定部門規章和標準並組織實施。統籌規劃衛生健康資源配置，指導區域衛生健康規劃的編制和實施。制定並組織實施推進衛生健康基本公***服務均等化、普惠化、便捷化和公***資源向基層延伸等政策措施。
（二）協調推進深化醫藥衛生體制改革，研究提出深化醫藥衛生體制改革重大方針、政策、措施的建議。組織深化公立醫院綜合改革，推進管辦分離，健全現代醫院管理制度，制定並組織實施推動衛生健康公***服務提供主體多元化、提供方式多樣化的政策措施，提出醫療服務和藥品價格政策的建議。
（三）制定並組織落實疾病預防控制規劃、國家免疫規劃以及嚴重危害人民健康公***衛生問題的幹預措施，制定檢疫傳染病和監測傳染病目錄。負責衛生應急工作，組織指導突發公***衛生事件的預防控制和各類突發公***事件的醫療衛生救援。
（四）組織擬訂並協調落實應對人口老齡化政策措施，負責推進老年健康服務體系建設和醫養結合工作。
（五）組織制定國家藥物政策和國家基本藥物制度，開展藥品使用監測、臨床綜合評價和短缺藥品預警，提出國家基本藥物價格政策的建議，參與制定國家藥典。組織開展食品安全風險監測評估，依法制定並公布食品安全標準。
（六）負責職責範圍內的職業衛生、放射衛生、環境衛生、學校衛生、公***場所衛生、飲用水衛生等公***衛生的監督管理，負責傳染病防治監督，健全衛生健康綜合監督體系。牽頭《煙草控制框架公約》履約工作。
國家衛生健康委員會設下列內設機構：
（壹）辦公廳。負責機關日常運轉，承擔安全、保密、信訪、政務公開等工作。
（二）人事司。擬訂衛生健康人才發展政策，承擔機關和直屬單位的人事管理、機構編制和隊伍建設等工作，負責衛生健康專業技術人員資格管理。
（三）規劃發展與信息化司。承擔健康中國戰略協調推進工作，組織擬訂衛生健康事業發展中長期規劃，指導衛生健康服務體系及信息化建設，組織開展愛國衛生運動和衛生健康統計工作。承擔《煙草控制框架公約》牽頭履約工作。
（四）財務司。承擔機關和預算管理單位預決算、財務、資產管理和內部審計工作。
（五）法規司。組織起草法律法規草案、規章和標準，承擔規範性文件的合法性審查工作，承擔行政復議、行政應訴等工作。
（六）體制改革司。承擔深化醫藥衛生體制改革具體工作，研究提出深化醫藥衛生體制改革重大方針、政策、措施的建議，承擔組織推進公立醫院綜合改革工作。