第三方醫藥電子商務平臺是獨立於買賣雙方的中立服務組織，為買賣雙方提供交易所需的各種服務的數字化平臺，即提供藥品信息發布、在線采購、在線交易、在線支付、藥品跟蹤、配合地面倉儲和物流等醫藥流通全程服務，是實現信息流、資金流、物流高度協同的完整的醫藥電子商務服務模式，是公開、公平、公正的網上醫藥交易市場。
隨著互聯網的興起以及網絡技術的不斷發展，傳統醫藥與先進互聯網技術相結合的醫藥貿易活動全過程電子化在全球已經成為大勢所趨。為此，國家食品藥品監督管理局分別在2004年和2005年發布了專門針對醫藥電子商務的《互聯網藥品信息服務管理辦法》和《互聯網藥品交易服務審批暫行規定》，在醫藥市場競爭激烈的今天，網上藥品交易的合法化給企業營銷打開了新的市場通路。
經過大量的探索和實踐，我國醫藥電子商務已形成B2B(企業間交易)、B2C(網上零售)、第三方醫藥電子商務(公***交易平臺)等多種形式並存的局面。其中B2B模式(企業間交易)、B2C模式(網上零售)均屬於企業範疇的網站，而第三方醫藥電子商務平臺，則是獨立於買賣雙方的中立服務組織，
長期以來，我國藥品價格虛高，醫藥購銷環節的不正之風盛行，藥品流通亂象叢生，這種醫藥流通體制弊病，即使我國現行的新醫改也未能得到有效解決，反而將醫藥企業推向了重大生存挑戰的風口浪尖。依據我國國情和醫藥行業市場現狀，醫藥行業的生產和供應應該是市場競爭機制、政府助推，而不是政府主導；另外，據悉商務部要出臺《2010-2015年全國藥品流通行業發展規劃綱要》研究制定行業發展規劃，健全藥品流通體系，完善藥品流通體系網絡；同時明確要推動行業信用體系建設。那麽如何建立有序競爭、誠信經營的規範醫藥行業市場環境，有效促進醫藥產業良性發展，第三方醫藥電子商務將具有較大可行性並起到不可替代的作用，具體表現為如下幾方面優勢：