申請人的答復可以僅僅是意見陳述書，也可以進壹步包括經修改的申請文件(替換頁和/或補正書)。申請人在其答復中對審查意見通知書中的審查意見提出反對意見或者對申請文件進行修改時，應當在其意見陳述書中詳細陳述其具體意見，或者對修改內容是否符合相關規定以及如何克服原申請文件存在的缺陷予以說明。例如當申請人在修改後的權利要求中引入新的技術特征以克服審查意見通知書中指出的該權利要求不具有創造性的缺陷時，應當在其意見陳述書中具體指出該技術特征可以從說明書的哪些部分得到，並說明修改後的權利要求具有創造性的理由。
申請人可以請求專利局延長指定的答復期限。但是，延長期限的請求應當在期限屆滿前提出。專利局收到申請人的答復之後即可以開始後續的審查程序，如果後續審查程序的通知書或者決定已經發出，對於此後在原答復期限內申請人再次提交的答復，審查員不予考慮。
壹、答復的方式
對於審查意見通知書，申請人應當采用專利局規定的意見陳述書或補正書的方式，在指定的期限內作出答復。申請人提交的無具體答復內容的意見陳述書或補正書，也是申請人的正式答復，對此審查員可理解為申請人未對審查意見通知書中的審查意見提出具體反對意見，也未克服審查意見通知書所指出的申請文件中存在的缺陷。
申請人的答復應當提交給專利局受理部門。直接提交給審查員的答復文件或征詢意見的信件不視為正式答復，不具備法律效力。
二、答復的簽署
申請人未委托專利代理機構的，其提交的意見陳述書或者補正書，應當有申請人的簽字或者蓋章;申請人是單位的，應當加蓋公章;申請人有兩個以上的，可以由其代表人簽字或者蓋章。
申請人委托了專利代理機構的，其答復應當由其所委托的專利代理機構蓋章，並由委托書中指定的專利代理人簽字或者蓋章。專利代理人變更之後，由變更後的專利代理人簽字或者蓋章。
申請人未委托專利代理機構的，如果其答復沒有申請人的簽字或者蓋章(當申請人有兩個以上時，必須有全部申請人的簽字或蓋章，或者至少有其代表人的簽字或蓋章)，審查員應當將該答復退回初步審查部門處理。
申請人委托了專利代理機構的，如果其答復沒有專利代理機構蓋章，或者由申請人本人作出了答復，審查員應當將該答復退回初步審查部門處理。