有些菌株是α-澱粉酶和中性蛋白酶的重要生產者[1]；有些菌株具有很強的核苷酸降解酶系統，因此常被用作選育產核苷菌株或產5’-核苷酸酶菌株的親本菌株。
1.枯草芽孢桿菌生長過程中產生的枯草桿菌蛋白酶、多粘菌素、制黴菌素、桿菌肽等活性物質對病原菌或內源性感染條件致病菌有明顯的抑制作用。
2.枯草芽孢桿菌迅速消耗腸道內的遊離氧，造成腸道缺氧，促進有益厭氧菌的生長，並產生乳酸等有機酸，降低腸道的PH值，間接抑制其他致病菌的生長。
3.刺激動物免疫器官的生長發育，激活T、B淋巴細胞，提高免疫球蛋白和抗體水平，增強細胞免疫和體液免疫，提高群體免疫力。
4.枯草芽孢桿菌本身合成α-澱粉酶、蛋白酶、脂肪酶、纖維素酶等酶，在動物消化道內與消化酶共同發揮作用。
5.能合成維生素B1、B2、B6、煙酸等B族維生素，提高動物體內幹擾素和巨噬細胞的活性。
水產養殖
枯草芽孢桿菌對水產品中的弧菌、大腸桿菌、桿狀病毒等有害微生物有較強的抑制作用，有效預防水產動物腸炎、爛鰓病等疾病。分泌大量幾丁質酶功能，幾丁質酶能分解病原真菌的細胞壁抑制真菌病害，分解養殖池塘中的有毒有害物質，凈化水質；分解殘留的餌料、糞便、有機物等。在池塘裏，它對水中的小顆粒垃圾有很強的清理作用；
枯草芽孢桿菌能改善有害藍藻泛濫造成的水體渾濁，水質由渾濁變為清澈，具有較強的凈化水質功能，蛋白酶、脂肪酶、澱粉酶活性強，促進飼料中營養物質的降解，使水生動物對飼料的吸收利用更加充分；
枯草芽孢桿菌能減少對蝦疾病的發生，大幅度提高對蝦產量，從而提高經濟效益，對環境友好，刺激水產動物免疫器官的發育，增強機體免疫力；減少對蝦疾病發生，明顯提高對蝦產量，從而提高經濟效益，凈化水質，無汙染、無殘留。