生物化學在制藥工程領域的發展有植物與酵母菌和激素的發展、各項反應途徑發展、生物化學技術飛速發展。應用於環境治理、減少農藥汙染、修復土壤。
壹、植物與酵母菌和激素的發展：
這壹學科最早起源於19世紀末期。從最初的對於植物呼吸與光合作用，對於酵母菌的研究，再到後來的20世紀初期對於激素，維生素的發現。
二、各項反應途徑發展：
20世紀30至50年代科研人員們又對各項反應途徑進行了探索，發現了如三羧酸循環的基本代謝途徑；20世紀50年代後生物化學技術進入了現代生物化學的發展階段，此階段主要研究的是各種生物大分子的結構及其相互之間的聯系。而這些理論的發展，離不開生物化學的進步。
三、生物化學技術飛速發展：
20世紀，生物化學技術飛速發展。20年代的微量分析技術的發明使得科學家們發現了更多的生物分子；30年代電子顯微鏡的發明，又使得人們觀察到生物分子的結構；40年代發現的層析、電泳技術成了生物化學中物質分離中的關鍵技術。
四、環境治理：
我們生活在壹個規模極為龐大、關系極復雜又極易受到環境變化的幹擾的動態生態系統中。隨著社會及經濟技術的極速推進，人們生活與工作的周邊環境也在不斷發生變化。
生態環境中變化因素的不斷增加給環境的保護工作帶來了壹定的難度，包括水汙染、空氣汙染、噪聲汙染、城市周邊土地沙化等諸多資源環境問題不斷發生。生物化學技術作為與生態環境緊密的壹門學科及技術，對於環境的改善也發揮著巨大的積極作用。
五、減少農藥汙染：
勞動人民多年前就已經熟練掌握利用化學試劑（農藥）對莊稼以及植物進行除蟲的技術。然而壹部分農藥會殘留在土壤中，長時間無法降解，對土地環境造成危害。
六、修復土壤：
導致土壤汙染的途徑有很多，其中最主要的為重金屬汙染。而對被重金屬汙染的土壤的修復也成為現今研究的熱門話題。
人們通過生物化學中的酶促反應技術，將土壤中的重金屬的化學形態進行改善，在降解壹部分毒性的同時將重金屬進行固定，減少其在土壤中的移動性，最終再利用生物吸收技術減少其含量。由此改善並且修復被生物或者化學藥劑汙染的土壤，防止水土流失。