市、區人民政府商業行政管理部門負責農貿市場的行業管理，制定農貿市場專項規劃、建設基本標準和升級改造基本標準，指導農貿市場建設和升級改造工作，開展對農貿市場的年度考核，並組織實施本辦法。
市、區工商行政管理部門負責對農貿市場經營主體的登記、交易等行為進行監督管理。
規劃建設、城市管理行政執法、農業、公安、環境保護、衛生、質量技術監督、食品藥品監督、價格等行政管理部門，在各自職責範圍內依法對農貿市場進行監督管理。
各鎮人民政府（街道辦事處）按照屬地管理原則，依法對本轄區內的農貿市場開展日常監管，發現問題及時協調相關部門處理。第六條 市、區人民政府應當建立農貿市場管理工作聯席會議制度，協調確定農貿市場規劃建設管理中的重大事項。第七條 農貿市場專項規劃應當納入控制性詳細規劃，由市商業行政管理部門會同有關部門組織編制，經批準後向社會公布實施。第八條 因城市建設需要拆除與人民群眾生活密切相關的農貿市場，應當按規劃給予復建或者就近重建。第九條 農貿市場交易活動應當遵循平等、自願、公平、誠實的原則，遵守商業道德，禁止不正當競爭和損害消費者權益的行為。
農貿市場管理應當遵循公開、公平、公正的原則。第十條 農貿市場開辦者、農貿市場經營管理公司和農貿市場入場經營者可以依法成立行業協會。
行業協會應當建立行業自律和協調機制，促進行業誠信經營。第二章 開辦和經營第十壹條 公民、企事業單位和其他組織及境外投資者，均可申請開辦農貿市場。
農貿市場開辦者和農貿市場經營管理公司應當依法向工商行政管理部門申請辦理商事登記，取得營業執照後方可進行農貿市場攤位、店鋪的招商招租和開業。第十二條 開辦農貿市場應當具備下列條件：
（壹）相應的場地、設施。
（二）必要的交通、衛生、環境保護等條件。
（三）入場交易的商品符合國家相關規定。
（四）法律、法規規定的其他條件。第十三條 實行農貿市場開辦者和農貿市場經營管理公司分離制度。
農貿市場開辦者應當設立或委托具有法人資格的農貿市場經營管理公司，對農貿市場進行服務管理。第十四條 農貿市場經營管理公司應當在商事登記或簽訂委托合同後三十日內到商業行政管理部門辦理備案手續。第十五條 農貿市場開辦者承擔農貿市場配套設施建設、維護經營秩序、保障衛生、食品安全、消防安全和建築物安全的管理責任。第十六條 農貿市場經營管理公司按照公益的原則，依法自主經營，收取場地、設施租金和其他相關服務費用，有權拒絕法律、法規規定外的其他行政性收費和各種形式的攤派。第十七條 農貿市場經營管理公司應當在農貿市場辦公場所懸掛營業執照、稅務登記證及其他經營許可證，配備的服務管理人員，應當佩戴標誌上崗。第十八條 農貿市場經營管理公司應當建立健全公示制度。在農貿市場入口處等顯眼位置設置宣傳欄和公示欄，公布農貿市場經營管理公司名稱、管理人員分工、農貿市場管理制度；公示經營者證照情況、違法違章記錄、農貿市場食品準入管理制度、農副產品的抽檢結果、不合格商品退市情況等與交易有關的事項。
農貿市場經營管理公司應當在農貿市場內設立投訴受理點，公布消費者投訴電話，接受消費者投訴並進行調解，協助相關部門處理交易糾紛。第十九條 農貿市場開辦者和農貿市場經營管理公司應當按照公開、公平的原則，對市場攤位設置和入場經營商品進行劃行歸市，並在符合國家食品衛生管理規定的前提下安排經營場地。
以零售為主的農貿市場，應當劃出不少於農貿市場營業面積百分之五的專用區域，用於農民出售自產的農副產品；政府投資建設和改造的農貿市場農民自產自銷區域不少於農貿市場營業面積的百分之十。
有活禽入場經營的農貿市場應當按規定設立相對獨立鮮活家禽經營區域，並建立消毒、無害化處理等制度，配備相應設施設備；未實行集中屠宰地區的農貿市場，還應當修建專門的活禽屠宰室，實行封閉式屠宰加工。