食品小經營店備案證明與食品經營許可證有很多不同之處：
1、辦理對象不同。
食品小經營店備案證是針對各地的 "三小 "即食品小作坊、小經營店和小攤點；食品經營許可證則針對所有食品行業領域的生產經營活動。
2、適用的法律法規不同。
食品小經營店備案只適用於地方性法規，食品經營許可適用於《餐飲服務許可管理辦法》，為國家法律法規。
3、扮演的身份不同。
小作坊、小門店、小攤點基本上沒有固定的合法場所，大多辦理的是行業營業執照，食品小經營店備案證起到 "臨時身份證 "的作用；食品經營許可證只是行業營業執照的憑證。
食品經營許可證是指中華人民***和國境內，取得營業執照等，從事食品銷售和餐飲服務活動的合法主體，經食品藥品監督管理部門審查批準頒發的食品經營許可的憑證。食品經營許可實行壹證壹照的原則，即食品經營者在經營場所從事食品經營活動，應當取得食品經營許可證。食品經營許可證自作出許可決定之日起頒發，有效期為五年
申請條件
（壹）申請食品經營許可，應當先取得營業執照等法定資格。企業法人、合夥企業、個人獨資企業、個體工商戶等，以營業執照主體為申請人。機關、事業單位、社會團體、民辦非企業單位、企業等以申請單位食堂、機關事業單位法人登記證書、社會團體登記證書或營業執照等主體作為申請人。
（二）與經營的食品品種、數量、食品原料以及食品加工、銷售、貯存等場所相適應，保持場所環境整潔，並與有毒、有害場所和其他汙染源保持規定的距離。
（三）具有經營食品品種、數量的經營設備或者設施，具有相應的消毒、更衣、洗滌、采光、照明、通風、防腐、防塵、防蠅、防鼠、防蟲、洗滌以及處理廢水、存放垃圾和廢棄物的設備或者設施。
（四）有專職或者兼職的食品安全管理人員和保證食品安全的規章制度。
（五）有合理布局的設備和工藝流程，防止待加工食品與直接入口食品、原料與成品交叉汙染，避免食品接觸有毒物質、不潔物質。
法律依據："食品經營許可管理辦法》第二條：在中華人民***和國家境內，從事食品銷售、餐飲服務活動，應當依法取得食品經營許可。
食品經營許可的申請、受理、審查、決定及其監督檢查，適用本辦法。