首先，從作用機理來說，兩者都是通過產品中所含的益生菌來起到調節腸道菌群平衡的作用。乳酸菌飲料主要含有幹酪乳桿菌，酸奶主要含有雙歧桿菌和保加利亞乳桿菌，兩者都屬於乳酸菌屬，能發酵糖分獲得能量，產生大量乳酸。而其他的生理功能都差不多。但經過眾多專家學者的不斷探索和實驗，已經證實雙歧桿菌是腸道中最有益的菌群，雙歧桿菌數量的減少是“不健康”狀態的標誌，雙歧桿菌被認為是人體健康的晴雨表。而且分布在腸胃中的雙歧桿菌數量會隨著年齡的增長而減少，所以增加體內雙歧桿菌的含量也是保持身體健康的壹種方式。酸奶在菌種上似乎更占優勢。
在超市，乳酸菌飲料和酸奶會被擺上乳品貨架，但乳酸菌飲料和牛奶不壹樣。雖然乳酸菌飲料中也含有乳酸菌和牛奶，但是牛奶的含量非常少，蛋白質、脂肪、鐵、維生素的含量都遠遠低於酸奶。數據顯示，酸奶的蛋白質含量壹般在3%左右，而乳酸菌飲料只有1%。而酸奶不僅保留了鮮奶的全部營養成分，而且在發酵過程中還會產生多種人體營養所必需的維生素，容易被吸收，尤其適合乳糖消化不良的人。乳酸菌飲料也分為活性乳酸菌飲料和非活性乳酸菌飲料，非活性乳酸菌飲料壹般不具備活性乳酸菌飲料的功效。從營養價值來說，酸奶更好。從寶寶的適應能力來說，酸奶更有利於寶寶的水合作用和吸收，因為牛奶中的酪蛋白凝塊更小，酸奶也改善了寶寶胃中的酸度。吃太多冰鎮乳酸菌飲料會影響食欲，讓孩子不願意吃晚飯。另外，如上所述，乳酸菌飲料的營養價值遠低於酸奶和牛奶。如果給寶寶餵乳酸菌飲料而不是牛奶和酸奶，很容易導致營養不良。
從以上來看，乳酸菌飲料和酸奶相比似乎沒有優勢。那麽，是什麽讓它如此迅速地搶占國內市場呢？酸奶發酵所用菌種的耐酸性通常較差，飲用時難以到達胃部，所以對腸胃的調理作用非常有限。雖然乳酸菌飲料的蛋白質含量只有酸奶的1/3左右，但其中所含的益生菌具有更強的耐酸性和生長活性，具有更好的腸胃保健功能。對於經常出現便秘、腹脹等癥狀的人，腸道內的食物不能及時消化排出，有害細菌在腸道內不斷繁殖，可引起多種消化道疾病。除了消化系統的功能，腸道是人體最大的免疫系統。免疫力低的人也可以多喝些乳酸菌飲料，改善體質。從這個角度來說，酸奶和乳酸菌飲料各有利弊。如果要補充營養，酸奶比乳酸菌飲料好。如果用於日常腸道保健，乳酸菌飲料可能更適合食用。