1.辦公室(宣傳辦公室)
地址:海口市海府路42號
主要職能:負責文電、會議、機要、檔案等機關的日常工作，承辦安全、保密、信訪、政務公開、建議提案辦理等工作；指導本省醫療衛生對外交流與合作的發展；負責衛生計生新聞宣傳、新聞發布、健康教育和健康促進工作。
2.組織人事部(黨委、工會、團委、老幹部辦公室)
地址:海口市海府路42號
主要職能:擬定衛生計生人才發展政策並指導實施；會同有關部門制定並組織實施各類衛生專業技術人員的資格標準；組織和指導衛生計生管理幹部的崗位培訓；負責機關及直屬單位人事管理、機構編制、勞動工資、離退休人員服務、黨群工作。
3.財政部
地址:海口市海府路42號
主要職能:按規定行使財務管理職能，按有關規定參與衛生計生相關專項資金管理，承擔機關和預算管理單位預決算、財務、資產管理和內部審計工作，提出衛生服務價格建議。
4.規劃信息辦公室
地址:海口市海府路42號
主要職能:擬定全省衛生計生中長期發展規劃，指導市縣衛生計生規劃的編制和實施；制定計劃生育避孕藥具的需求計劃；承擔衛生計生資源配置和統計的統籌協調，指導衛生計生服務體系和信息化建設；管理大型醫療設備的配置；參與省級人口基礎信息庫建設。
5.政策法規司(行政審批處)
地址:海口市海府路42號
主要職能:起草衛生、計劃生育、中醫藥方面的地方性法規，組織制定相關政策和標準；承擔相關規範性文件的合法性審核；承辦相關的行政復議和行政訴訟；指導衛生計生系統法制宣傳教育；負責普法和咨詢相關法律法規；組織推進行政審批制度改革和本部門職能轉變的相關工作；依法受理和限時辦結行政審批事項；組織制定食品安全地方標準，組織食品安全風險監測、評估和交流，參與食品、食品添加劑及相關產品新原料、新品種的安全性審查。
6.體制改革和衛生產業司(深化醫藥衛生體制改革領導小組辦公室)
地址:海口市海府路42號
主要職能:研究提出深化醫藥衛生體制改革的重大方針、政策和措施建議；承擔組織和推進公立醫院改革的任務；承擔省深化醫藥衛生體制改革領導小組的具體工作。擬訂並組織實施健康產業發展規劃和相關政策；負責博鰲樂城國際醫療旅遊先行區醫療產業規劃的制定和醫療技術評估；負責指導社會醫療工作。
7.衛生應急辦公室
地址:海口市海府路42號
主要職能:制定衛生應急和緊急醫療救援預案、制度、方案和措施；組織、協調和指導各地突發公共衛生事件的預防準備、監測預警、處置救援、分析評估等衛生應急活動；組織實施預防和控制突發急性傳染病的應急措施；組織實施重大災害、恐怖活動、中毒事件、核事故和輻射事故的緊急醫學救援；發布突發公共衛生事件應急處理信息。？
8 .疾病預防控制司(愛國衛生運動委員會辦公室)
地址:海口市海府路42號
主要職能:制定傳染病、地方病、慢性非傳染性疾病和公共衛生相關疾病的防控規劃和措施，完善疾病防控體系；組織傳染病、地方病和慢性非傳染性疾病的監測、報告和綜合防治；參與實施重大疫情和疾病的應急處理；承擔省愛國衛生運動委員會和省政府艾滋病防治工作委員會的具體工作。
9.醫療管理辦公室(藥物政策和基本藥物制度辦公室)
地址:海口市海府路42號
主要職能:制定與醫療機構、醫療技術應用、醫療質量、醫療服務、醫療安全和采供血機構管理相關的政策、規範和標準並指導實施，承擔建立醫療機構醫療服務、醫療質量評價和監管體系的相關工作；制定醫務人員的職業標準和服務規範；指導醫療機構藥事、醫療機構感染控制、醫療急救體系建設、臨床實驗室管理等相關工作；監督和指導全省醫療機構評價工作，制定公立醫院運行監管、績效評價和考核制度；組織實施基本藥物制度，組織制定藥品政策和省級基本藥物補充目錄；制定藥品和醫療器械采購的相關規範並指導實施；會同有關方面提出鼓勵和支持基本藥物目錄內藥品生產的政策；對基本藥物價格政策提出建議。
10.初級衛生部門
地址:海口市海府路42號
主要職能:擬定政策，規劃、規範和組織實施農村衛生、社區衛生和新型農村合作醫療，指導全省基層衛生服務體系建設和鄉村醫生管理，監督和指導基層衛生政策的實施。
11.婦幼保健服務部
地址:海口市海府路42號
主要職能:擬定婦幼衛生和計劃生育技術服務的政策、規劃、規範和標準；推進婦幼衛生和計劃生育技術服務體系建設，承擔和指導婦幼保健、出生缺陷預防、人類輔助生殖技術管理和計劃生育技術服務工作；負責組織計劃生育病殘兒和手術並發癥的醫學鑒定；依法規範計劃生育藥具管理。
12.綜合監督辦公室
地址:海口市海府路42號
主要職能:承擔公共衛生、醫療保健和計劃生育的綜合監督；按照職責分工承擔職業衛生、放射衛生、環境衛生、學校衛生和計劃生育的監督管理，組織公共場所、飲用水安全和傳染病防治的監督檢查；整頓和規範醫療服務市場，組織查處違法行為，督辦醫療保健和計劃生育違法大案要案，指導和規範綜合監管執法。
13.計劃生育基層指導辦公室
地址:海口市海府路56號
主要職能:指導和督促基層加強計劃生育基礎管理和服務，推進基層計劃生育工作網絡建設；負責組織計劃生育工作考評，實行計劃生育壹票否決制。
14.計劃生育和家庭發展司
地址:海口市海府路42號
主要職能:研究提出促進計劃生育事業發展的政策建議，建立健全計劃生育利益導向機制和特殊困難家庭救助制度，制定計劃生育獎勵扶助政策；承擔出生人口性別比綜合治理工作。
15.流動人口計劃生育服務管理辦公室
地址:海口市海府路42號
主要職能:擬定流動人口計劃生育服務管理的規劃和政策；推進流動人口計劃生育服務均等化；加強對流動人口的動態監控；指導市縣建立流動人口衛生計生信息共享和公共服務工作機制。
16.科技教育司
主要職能:擬定衛生計生科技發展規劃及相關政策，組織實施相關科研項目，評價管理新技術，推廣適宜技術，建設科研基地；負責實驗室生物安全的監管；指導畢業後醫學教育和繼續醫學教育的發展，參與制定醫學教育發展規劃，協調指導醫學專科教育，建立住院醫師規範化培訓制度和專科醫師培訓制度；指導衛生技術人員的崗位培訓。
17.省中醫藥管理局
地址:海口市海府路42號
主要職能:擬定本省中醫藥發展規劃、技術規範和行業標準，並監督實施；指導和管理各類中醫醫療保健機構；監督中醫醫療質量；負責中醫藥宣傳教育、技術交流等工作。
18.省衛生局
地址:海口市海府路42號
主要職能:負責省級保健對象的醫療保健，省直部門相關幹部的醫療管理，重要會議和活動的醫療衛生保障。