根據上述職責，雲南省衛生廳機關設17個內設機構（正處級）和機關黨委、離退休人員辦公室。
（壹）辦公室
負責文電、會務、機要、檔案、安全保密、政務公開、來信來訪、新聞發布等工作；承擔組織指導衛生方面的政府與民間的多雙邊合作交流和衛生援外有關工作；組織協調與有關國際組織在醫學衛生領域的交流與合作；承擔與港澳臺的衛生合作工作；擬訂衛生信息化建設中長期規劃，擬訂衛生信息化建設標準並組織實施。
辦公室下設秘書科、行政科。
（二）規劃財務處
擬訂衛生事業中長期發展規劃，推動區域衛生規劃工作；統籌規劃與協調衛生資源配置，管理大型醫用裝備的配置；提出醫療服務價格、基本醫療保險費用結算等政策的建議；組織擬訂衛生裝備管理辦法和標準；擬訂藥品和醫療器械采購相關規範；負責衛生統計工作；承擔機關的財務、資產管理、內部審計等工作。
（三）政策法規處
起草衛生地方性法規和政府規章草案，組織擬訂衛生政策和地方標準；承擔機關有關規範性文件的合法性審核工作；承擔行政處罰的聽證、行政復議、應訴與國家賠償工作。
（四）衛生應急辦公室（突發公***衛生事件應急指揮中心）
擬訂衛生應急和緊急醫學救援規劃、制度、預案和措施；指導突發公***衛生事件的預防準備、監測預警、處置救援、分析評估等衛生應急活動；指導州（市）對突發公***衛生事件和其他突發事件實施預防控制和緊急醫學救援；組織實施對突發急性傳染病防控和應急措施；對重大災害、恐怖、中毒事件及核事故、輻射事故等組織實施緊急醫學救援；發布突發公***衛生事件應急處置信息。
（五）疾病預防控制局（雲南省愛國衛生運動委員會辦公室）
擬訂重大疾病防治規劃、免疫規劃和嚴重危害人民健康的公***衛生問題的幹預措施並組織實施，完善重大疾病防控體系，防止和控制疾病的發生和疫情的蔓延；承擔發布法定報告傳染病疫情信息工作；承辦雲南省愛國衛生運動委員會辦公室的具體工作。
（六）農村衛生管理處（雲南省新型農村合作醫療管理辦公室）
承擔綜合管理農村基本衛生保健和新型農村合作醫療工作，擬訂有關政策、規劃並組織實施；規劃並指導農村衛生服務體系建設和鄉村醫生有關管理工作；監督指導農村衛生政策的落實；統籌協調農村健康教育工作。
（七）婦幼保健與社區衛生處
擬訂婦幼保健、社區衛生、健康教育的政策、規劃、規範並組織實施；擬訂婦幼衛生技術標準；對婦幼保健實施監督管理，牽頭組織預防和減少出生缺陷與先天殘疾工作。
（八）醫政處
擬訂醫療機構、醫療技術應用、醫療質量和服務、采供血機構管理等有關政策、規範、標準，並組織指導實施；擬訂醫務人員執業標準和服務規範；指導醫院藥事、臨床重點專科建設、醫院感染控制、醫療急救體系建設、臨床實驗室管理等有關工作；參與藥品、醫療器械臨床試驗管理。
（九）醫療服務監管處
承擔醫療機構醫療服務的監管工作，建立醫療機構醫療質量評價和監督體系，組織開展醫療質量、安全、服務、財務監督和評價等工作；建立健全以公益性為核心的公立醫院監督制度，承擔推進公立醫院管理體制改革工作。
（十）中醫處（雲南省中醫管理局）
擬訂中醫藥事業發展規劃，負責綜合管理中醫（含中西醫結合和民族醫，下同）的醫療、教育、科研工作；擬訂中醫工作的管理辦法、規章制度和技術標準，指導中醫醫療機構的改革；負責中醫醫療機構及人員的準入和監督管理；指導其他醫療機構中醫業務工作；承擔中醫特色優勢和服務能力建設，以及中醫藥參與新型農村合作醫療和社區衛生服務工作；負責中醫藥人才的培養工作，負責實施中醫類別執業醫師資格考試；負責實施中醫藥科研計劃，開展中醫藥科技成果和適宜技術推廣；負責實施祖國醫學的繼承與發展；組織開展中醫對外交流與合作，聯系有關中醫藥社會團體；承辦雲南省中醫藥工作領導小組辦公室的具體工作。
（十壹）食品安全綜合協調與衛生監督處
組織擬訂食品安全標準；承擔組織查處食品安全重大事故的工作；組織開展食品安全監測、風險評估和預警工作；擬訂食品安全檢驗機構資質認定的條件和檢驗規範；承擔重大食品安全信息發布工作；指導規範衛生行政執法工作；按照職責分工，負責職業衛生、放射衛生、環境衛生和學校衛生的監督管理；負責公***場所、飲用水等的衛生監督管理；負責傳染病防治監督；整頓和規範醫療服務市場；承擔行政處罰的事前審查、事後監督；督辦重大醫療衛生違法案件。
（十二）藥物政策與基本藥物制度處
承擔建立基本藥物制度並組織實施的工作，組織擬訂基本藥物目錄；組織擬訂藥物政策；擬訂基本藥物的采購、配送、使用的政策措施，會同有關方面提出基本藥物目錄內藥品生產的鼓勵扶持政策，提出基本藥物價格政策的建議。
（十三）科技教育處
擬訂醫藥衛生科技發展規劃；組織實施國家和省重點醫藥科研攻關項目；指導醫療衛生方面的技術推廣和科技普及工作；組織研究醫學衛生技術標準；承擔醫藥衛生實驗室生物安全的監督管理工作；組織指導衛生專業技術崗位培訓工作；承擔組織開展繼續醫學教育和畢業後醫學教育工作。
（十四）保健處（雲南省幹部保健委員會辦公室）
擬訂並組織實施幹部保健工作政策與規劃；承擔雲南省幹部保健委員會確定保健對象的醫療保健工作；承擔重要會議和重大活動的醫療衛生保障工作；負責重要外賓的醫療安排。
（十五）防治艾滋病綜合處
起草或擬訂艾滋病防治工作相關地方性法規、政府規章草案和政策規劃並組織實施；負責艾滋病防治工作的需求評估、預算編制、安排計劃，下達經費使用方案，負責組織協調、督查指導、評估考核工作，聯絡和接待接洽有關部門、機構和組織；負責艾滋病防治工作的信息編制和發布；承辦雲南省防治艾滋病工作委員會辦公室的具體工作。
（十六）防治艾滋病交流合作處
負責防治艾滋病的涉外事務，聯系艾滋病防治有關外國政府、非政府組織及有關合作機構，接待來訪，洽談、引進有關對外合作項目並組織實施和監督管理；負責收集、整理國外有關信息，配置和整合外來資源，總結交流推廣成功經驗；協助辦理有關艾滋病防治赴國外考察事務。
（十七）人事處
擬訂衛生人才發展規劃和政策並指導實施；承擔機關和直屬單位的機構編制、人事工作；會同有關部門擬訂各類衛生專業技術人員資格標準並組織實施；組織指導衛生管理幹部崗位培訓工作。
機關黨委
負責機關和直屬單位的黨群工作。
離退休人員辦公室
負責機關離退休人員工作，指導直屬單位離退休人員工作。