醫療機構不得由同壹部門或同壹人辦理藥品和庫存業務的全過程。
第三十五條制定科學規範的藥品和庫存物資管理流程。明確計劃、審批、采購、驗收、入庫、付款、入庫、領料、發放、處置的控制要求，設置相應憑證，完成請購手續、采購合同、驗收單、入庫憑證、發票等文件和憑證的審核，確保全過程的有效控制。第三十六條建立藥品和庫存審批制度。授予歸口管理部門相應的征用權，明確其職責權限和相應的征用審批程序。
第三十七條加強藥品和庫存物資采購業務的預算管理。有采購權的部門根據預算執行進度辦理請購手續。
第三十八條完善藥品和庫存物資的采購管理制度。藥品和庫存材料由該股購買。對采購方式的確定、供應商選擇和驗收程序做出明確規定。納入政府采購和藥品集中招標範圍的，必須按照有關規定執行。
第三十九條根據藥品和庫存物資的用量和性質，加強安全庫存和儲備定額管理，並根據供應情況和業務需要確定大宗采購或零星采購:
(壹)確定安全庫存，實行儲備定額計劃控制；
(二)加強采購數量的控制和監督，確定經濟采購數量；
(3)采購部、歸口管理部、財務部、審計監察部、專業委員會、使用部門均參與批量采購，保證采購過程的公開透明，有效降低采購成本；
(四)小型和零星采購由授權部門對價格、質量、供應商等相關內容進行審查、篩選，按規定審批。
第四十條加強藥品和庫存物資的驗收和倉儲管理。根據驗收入庫制度和批準的合同等采購文件，組織驗收人員對品種、規格、數量、質量等相關內容進行驗收，並及時入庫；所有藥品和庫存物資必須驗收合格後才能領取；不允許沒有收入池經驗的人結算資金。
第四十壹條加強藥品和庫存管理。財務部門根據核實後的驗收入庫程序、批準的計劃、合同協議、發票等相關憑證及時記賬；每月與歸口管理部門核對賬目，確保賬實相符。
第四十二條藥品和存貨的儲存和保管應當實行限制接觸管理。指定專人負責領用，制定領用限額或額度；對高值耗材的購置、使用和保管建立輔助臺帳。
第四十三條完善藥品和庫存材料缺陷、報廢和失效的控制制度和責任追究制度。完善盤點制度，倉庫盤點每年不得少於壹次。對藥品和庫存物資進行盤點時，財務、審計等相關部門應派員監督盤點。