①習慣（_xi2 guan4）命名法
多年來常用的酶的習慣名稱是根據以下三個原則命名的：第壹，根據酶的作用性質，如水解酶、氧化酶、轉移酶等；第二，根據酶的作用底物和作用性質命名，如澱粉酶、脂肪酶和蛋白酶等；第三，根據酶的作用性質命名，如胃蛋白酶、胰蛋白酶等。以上兩種情況又根據酶的來源命名，如胃蛋白酶、胰蛋白酶等。
習慣命名法壹般采用底物加反應類型而命名，如蛋白水解酶、乳酸脫氫酶、磷酸己糖異構酶等。對於水解酶，只要有底物名稱即可，如蔗糖酶、膽堿酯酶、蛋白酶等。有時在底物名稱前加上酶的來源，如血清谷氨酸-丙酮酸氨基轉移酶、拓撲澱粉酶等。習慣命名法比較簡單，應用歷史悠久，但缺乏系統性，有時會出現幾種酶的名稱中出現壹種或幾種酶的現象。
②系統命名法
鑒於新酶的不斷發現和過去文獻中對酶命名的混亂，國際酶學委員會規定了壹套系統命名法，使壹種酶只有壹個名稱。系統命名法用四個阿拉伯數字代表壹種酶。例如，α-澱粉酶的系統命名法（習慣命名法）是α-l4-葡萄糖-4-葡萄糖水解酶，標註為 EC 3.2.1.1。EC 是國際酶學委員會（International Commission of Enzymology）的縮寫，其中酶的第壹位數字代表主要酶群，分別用 1、2、3、4、5、6 表示，其中 1 為氧化還原酶，3 為水解酶，其余酶（wei4 shui3 jie3）、mei2 lei4 _qi3. mei2 lei4 _qi2 yu2）等均為主要酶。(見酶的分類）。第二個數字是酶的亞類，每壹類酶下又有若幹亞類：例如，氧化還原酶中的亞類是根據電子供體的組別劃分的，如 CH-OH 的電子供體標記為 1，醛的電子供體標記為 2，其余類推；轉移酶按轉移基團細分；水解酶按水解鍵連接方式細分；漆酶按肉鍵的裂解形式細分；細分種類壹般較多，可達幾十種。標註中的第三個數字是屬。標註中的第三個數字是酶的亞類，是在亞類的基礎上細分出來的，在這個亞類中，氧化還原酶是按照電子受體基團分類的，如以CH-OH為電子供體反應，可以有不同的電子受體，如以NAD+或NADP+為受體則標註為1，其余類推；轉移酶亞類也是按受體基團分類的，如-OH受體轉移基團，這種亞類壹般較多，可達幾十個亞類。轉移酶亞類也是根據接受基團分類的，如-OH接受轉移基團，該亞類就標為1。 總之，酶的系統名稱中的前三個數字表示酶的作用方式。簡而言之，酶的系統名稱中的前三個數字表示酶的作用方式，第四個數字表示具有相同作用的酶的流水號
另壹個例子是催化以下反應的酶的命名。(you4 ru2 dui4 cui1 hua4 xia4 lie4 fan3 ying1 mei2 de0 ming4 ming2 _)
ATP+D-glucose→ADP+D-glucose-6-phosphate
這種酶的正式系統命名是：ATP：葡萄糖磷酸轉移酶，表明該酶催化磷酸從 ATP 轉移到葡萄糖分子。其系統命名為：E.C.2.7.1.1，第壹位數字 "2 "代表酶的分類名稱（轉移酶類），第二位數字 "7 "代表亞類（磷酸基的轉移），第三位數字 "1 "代表亞亞類。第三位數字 "1 "代表亞類（以羥基為受體的磷酸基轉移酶類），第四位數字 "1 "代表亞類 No.第四個數字 "1 "表示該酶在亞類（以磷酸基為受體的 D-葡萄糖）中排名第 1。健康名言：身體健康在很大程度上取決於心理健康（約翰-格雷） 7.2.4.2 核酸酶分類（1982 年以來發現的核酸酶磷轉移酶），第四個數字 "1 "代表該酶在亞類中的編號 ?第四個數字 "1 "代表該酶在 "1 "亞類（D-葡萄糖作為磷酸基的受體）中的編號。
核酸酶的分類
自 1982 年以來，越來越多的核酸類酶（R-酶）被發現，對它們的研究也越來越深入和廣泛。但由於歷史較短，對它們的分類和命名沒有統壹的原則和規定。但根據酶催化反應的類型，可分為分子內催化R-酶和分子間催化R-酶；根據作用方式（mei _gen ju zuo yong fang），R-酶又可分為剪切酶、拼接酶和多功能酶三類。R-酶的初步分類如下：
（1）分子內催化型R-酶 分子內催化型R-酶是指壹類以核酸為基礎，催化RNA分子本身反應的酶。這些酶是最早被發現的 R- 酶。這壹大類中的所有酶都是 RNA 前體。由於這些酶催化自身 RNA 分子的反應，因此被稱為 "自我"（self）。根據酶催化反應的類型（gen1 ju4 mei2 suo3），這壹類酶可分為兩個亞類，即自剪切酶和自剪切酶。
① 自剪切核糖酶 自剪切核糖酶是催化自身 RNA 發生剪切反應的 R 酶。具有自剪切功能的 R- 酶是 RNA 的前體。它能在壹定條件下催化自身的 RNA 剪切反應，從而使 RNA 前體產生壹個成熟的 RNA 分子和另壹個 RNA 片段。自拼接核糖酶是壹種 R 型酶，在壹定條件下可催化自身 RNA 分子的同時剪切和連接。自拼接核糖酶是 RNA 的前體。它可以催化 RNA 前體本身的剪切和連接。根據其拮抗和催化特性，該亞類又分為兩個亞類，即含有Ⅰ型幹擾序列IVS的R-酶和含有Ⅱ型幹擾序列IVS的R-酶。(2) 分子間催化 R-酶 分子間催化 R-酶是能催化其他分子發生反應的核酸酶。根據作用底物分子的不同，它們可分為幾個亞類。作用於其他 RNA 分子的 R-enzymes 該亞類中的 R-enzymes 可催化與其他 RNA 分子的反應。根據反應類型，它們又可分為幾個亞類，如 RNA 剪切酶和多功能 R-酶。多功能 R-enzymes 多功能 R-enzymes 是壹種核酸酶，可以催化其他 RNA 分子的各種反應。例如，1986 年，Cheek 等人發現四膜蟲 26 S RNA 的前體是自剪切的，剪切間隔序列（IVS）被環化，從而產生壹種線性 RNA 分子，其 5′端失去 19 個核苷酸，稱為 L-19 IVS。它是壹種多功能 R 酶，可催化其他 RNA 分子中的多種反應③。作用於 DNA 的 R-酶 該亞類的 R-酶是催化 DNA 分子反應的 R-酶。1990 年，人們發現，除了以 RNA 為底物外，壹些 R-酶還能在壹定條件下催化 DNA 分子發生剪切反應，以 DNA 為底物。據我們所知，R-酶中只有壹個亞類，即 DNA 剪切酶。作用於多糖的 R-酶 這壹類的 R-酶是催化多糖分子反應的核酸酶。兔 14-A-D 葡聚糖分支酶[EC 2.4.1.18]是壹種糖基轉移酶，可催化直鏈葡聚糖向支鏈葡聚糖的轉化，其分子中同時含有蛋白質和 RNA。其 RNA 成分由 31 個核苷酸組成，僅具有支鏈酶的催化功能，即催化糖鏈的剪切和連接。作用於氨基酸酯的⑤R-酶 1992 年，發現了壹種以氨基酸酯為底物進行催化的核酸酶。這種酶具有剪切氨基酸酯、連接氨基酰-tRNA 和剪接多肽的功能。由於蛋白酶和核酸酶的組成和拮抗作用不同，命名和分類的原則也不同。為了區分這兩類酶，有時催化的反應相同，但蛋白酶和核酸酶的命名卻不同。例如，催化大分子水解產生小分子的酶，由於蛋白酶和核酸酶的組成和拮抗作用不同，在核酸組中的命名和分類也不同。為了區分這兩類酶，有時會催化相同的反應，但蛋白酶和核酸中酶的命名卻不同。例如，催化大分子水解生成小分子的酶，在核酸酶中稱為剪切酶，在蛋白酶中稱為水解酶；核酸酶中的拼接酶催化的反應與蛋白酶中的轉移酶類似，等等。