目前是2012版基本藥物，相比2009版增加了品種數量，優化了目錄結構，增加了特殊人群適宜品種和劑型等。這是全面貫徹黨的十八大精神的具體實踐，將有利於進壹步深化醫改，鞏固基本藥物制度；有利於深化公立醫院改革，促進醫保、醫藥、醫療“三醫”互聯互動；有利於保基本、強基層、建機制；有利於常見病、多發病、慢性病特別是重大疾病防治；有利於減輕群眾用藥負擔，滿足基本用藥；有利於樹立正確的導向，促進藥品企業優化升級；有利於推動醫藥科技創新。
2012年版目錄分為化學藥品和生物制品、中成藥、中藥飲片三個部分，其中，化學藥品和生物制品317種，中成藥203種，***計520種。2012年版目錄具有以下特點：壹是增加了品種數量，能夠更好地服務基層醫療衛生機構，推動各級各類醫療衛生機構全面配備、優先使用基本藥物。二是優化了結構，補充抗腫瘤和血液病用藥等類別，註重與常見病、多發病特別是重大疾病以及婦女、兒童用藥的銜接。三是規範了劑型、規格，初步實現標準化。520種藥品涉及劑型850余個、規格1400余個，盡管目錄品種數量增加，但與2009年版目錄307個品種涉及的劑型780余個、規格2600余個相比，數量明顯減少，這對於指導基本藥物生產流通、招標采購、合理用藥、定價報銷、全程監管等將具有重要意義。
2012年版目錄充分註重了與其他政策的有效銜接。壹是註重與世界衛生組織基本藥物示範目錄相銜接，化學藥品和生物制品數量與現行世界衛生組織推薦的基本藥物數量相近，比較好地代表發展中國家的水平。二是註重與醫保（新農合）支付能力銜接，確保了基本藥物高比例報銷。三是註重與常見病、多發病以及婦女、兒童用藥相銜接，並繼續堅持中西藥並重。四是註重與重大疾病保障用藥銜接，目錄收錄了兒童白血病、終末期腎病、血友病等重大疾病治療藥物，基本滿足重大疾病臨床基本用藥需求。