1、葉片的形狀不同
牡丹的葉片為二三羽狀復葉，長20～24厘米，小葉的形狀有橢圓形、披針形或狹卵形等，葉片的正面尖銳，葉片的邊緣密生白齒，葉片的顏色有黃綠色、深綠色等。牡丹花的葉片主要分為六種，分別是大圓葉型、大長葉型、小圓葉型、小長葉型、中葉型和特殊葉型。
2、花桿不同
牡丹是落葉灌木，壹般長到2米左右，比較高大，落葉後，地上部分不會枯死。牡丹是草本植物，植株比較矮小，壹般不到 1 米，落葉後地上部分容易枯死。
3、根的不同
芍藥的根，由根頸、塊根、須根三部分組成。根頸不是牡丹花的莖，而是根的最上部，上面生有花蕾。
3、牡丹根系發達，主根和側根多為深根肉質根。
4.花形各異
牡丹花的花形有圓桃、扁圓桃、平圓桃、尖圓桃、長圓桃、尖桃、歪尖桃、長尖桃、平桃等幾種。牡丹花單生於枝條頂端，直徑 10-17 厘米，花梗長 4-6 厘米。
芍藥的生長環境和分布範圍
芍藥生長在我國東北地區海拔480-700米的山坡草地和林下，其他省份生長在海拔1000-2300米的山坡草地上。芍藥喜光，耐寒，在中國北方各地均可露地越冬；夏季喜涼爽氣候，喜深厚、濕潤、排水良好的壤土；在粘土和沙土上生長不良，但能開花，不宜在鹽堿地和低窪地種植。
分布於中國、朝鮮、日本、蒙古和俄羅斯（西伯利亞），在中國的江蘇、東北、華北、陜西、甘肅南部，四川、貴州、安徽、山東、浙江等省市園區也有栽培。