1、登錄相關系統，進入許可申報頁面；
2、點擊事項名稱中的填寫申請；
3、填寫申報信息、上傳申辦材料；
4、打印申請表；
5、提交，企業用戶對當前填寫的信息確認無誤後，可點擊“提交”按鈕，提交後，申請信息將上報至藥監局。
申請食品經營許可，應當向申請人所在地縣級以上地方食品藥品監督管理部門提交下列材料：
1、食品經營許可申請書;
2、營業執照或者其他主體資格證明文件復印件;
3、與食品經營相適應的主要設備設施布局、操作流程等文件;
4、食品安全自查、從業人員健康管理、進貨查驗記錄、食品安全事故處置等保證食品安全的規章制度。
利用自動售貨設備從事食品銷售的，申請人還應當提交自動售貨設備的產品合格證明、具體放置地點，經營者名稱、住所、聯系方式、食品經營許可證的公示方法等材料。申請人委托他人辦理食品經營許可申請的，代理人應當提交授權委托書以及代理人的身份證明文件。
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食品經營許可證是指在中華人民***和國境內，取得營業執照後，從事食品銷售和餐飲服務活動的合法主體，經市場監督管理部門審查批準後發給的食品經營許可憑證。食品經營許可實行壹地壹證原則，即食品經營者在壹個經營場所從事食品經營活動，應當取得壹個食品經營許可證。食品經營許可證發證日期為許可決定作出的日期，有效期為5年。
最常見的是餐館飯店等，此類提供廳內就餐服務的店鋪皆需要辦理；其次是特殊食品銷售（保健食品、特殊醫學用途配方食品、嬰幼兒配方乳粉、其他嬰幼兒配方食品），如母嬰店以及保健食品店等；散裝食品銷售（含冷藏冷凍食品、不含冷藏冷凍食品），如超市及奶食店等；熱食類食品制售、冷食類食品制售（例：熟食店）、生食類食品制售（例：日式料理店）、糕點類食品制售（例：蛋糕店、面食小作坊）、自制飲品制售（例：奶茶店）、其他類食品制售等。