提交申請後，衛生行政部門應當對申請事項是否需要許可、申請材料是否齊全進行審核，並根據情況分別作出駁回、當場更正、更正申請材料、受理的處理。材料不足的，申請人應當根據衛生部門的答復補充相關材料。
受理後，衛生部門將對提交的材料進行審核。
審批通過後，由衛生部門發放衛生許可證。
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壹、辦證順序:
申報圖紙(同時準備好所需材料)。審核圖紙及相關資料，現場驗收合格後申報資料。
10個工作日領取衛生許可證。
二、申請衛生許可證所需的申報材料:
1.生產經營場所平面圖，標明比例尺(比例為1: 100)、室內功能用房和基本要素(面積、名稱、設施名稱和數量)，可用手繪或電腦繪制。
2.生產經營場所使用證明(房屋產權證、租賃協議)；
3、法定代表人或負責人資格證明(董事會決議、公司章程或任職文件)；
4.生產經營場所的地址和朝向示意圖:應當標明方向、街道名稱、生產經營場所的位置與周圍建築物、相鄰單位的關系；
5.法人或負責人的培訓證明；
6、產品配方、生產工藝流程圖及說明、產品包裝材料、標簽、說明書樣本；
7.產品或試生產樣品的衛生檢驗報告(縣級以上衛生行政部門取得的年檢報告)和產品執行標準(含企業標準)；
8、企業衛生管理組織和制度資料；
9.實驗室設置(包括:實驗室規模、儀器設備、實驗人員資格證書)和可檢測項目(每批次、每天數的留驗檢測指標和檢測項目)；
10.衛生許可證申請書:申請單位名稱應註明全稱或法定簡稱，並加蓋公章(與營業執照申請單位名稱相同，個人不加蓋公章)。單位地址、使用面積、衛生設施等應根據實際情況詳細填寫，擬許可項目的生產經營範圍、種類等應填寫，空格內填寫“無”字；
11.建設項目衛生審查申請書:在“項目類別”壹欄中填寫新建、改建、擴建或續建，在空白處填寫“無”；
12，委托加工食品還需提交委托加工合同和委托加工企業衛生許可證，委托加工企業衛生許可證項目應包含與委托加工產品工藝相同的新產品；
13、生產加工學生營養餐的企業還需提供以下資料:
(1)制定學生營養餐的依據和標準；
(2)學生營養餐的合理營養信息:學生營養餐的營養素、熱量、蛋白質、脂肪、鈣、鐵、鋅、視黃醇當量、維生素B1、維生素B2、維生素C的設計計算數據，根據營養成分計算的配料編制食譜；
(3)合理烹飪和防止營養流失的措施；
(四)保證學生營養餐衛生安全的管理措施和食品留樣制度；
(五)生產經營學生營養餐的送餐企業應當提供企業標準，食品包裝應當標明廠名、廠址、主要營養素最低含量、包裝時間和食品保質期；
(6)營養工作人員信息(營養師資格證)；
14.申請人在工商行政管理部門取得的《企業名稱預先核準通知書》復印件或《工商營業執照》復印件；
15、衛生行政部門認為必要的其他信息。
(來源:百度百科:衛生許可證)