1、區域試驗對照品種缺乏標準。比如國家黃淮海玉米試驗對照品種曾經是掖單19、農大108,2006年之後是鄭單958，這些品種的生育期、株高、穗位、抗倒、耐熱、病害、產量等性狀沒有建立可比性的標準數據，所以審定過的品種很難做比較性研究，比如我們當前審定的品種比十年前審定的品種產量提高沒有、提高了多少，幾乎無法說清。
2、區域試驗數據沒有實現應有的價值。區域試驗不但是鑒定品種優劣的試驗，也是氣候類型、栽培管理方式、品種互作試驗，每年有大量的觀察、記載數據，是研究良種良法配套最好的參考數據，是發現品種優點與缺陷的最好參考。但是當前的區試總結沒有公開，而且考慮到減少跑點人為篡改數據，甚至不對參試品種報審人發布數據。這種狀況客觀上是對試驗數據的極大浪費、是對國家投入大量人力物力的極大浪費。
3、區域試驗投入嚴重不足。區域試驗儀器、設備、地力均勻性、人員待遇、管理模式都存在嚴重不足或缺陷，影響了區域試驗質量。在防止人為跑點影響試驗客觀性上缺乏技術支撐，區域試驗腐敗現象越來越嚴重。事實上區試腐敗主要篡改產量數據，對於小麥、玉米、水稻、大豆等壹次性收獲的作物，產量獲取可以由品種審定委員會直接組織機械統壹收割，收割後隨即獲得產量數據。國外種子公司育種收獲都是這樣，我們以舉國之力不能說買不起這樣的收獲機械。
4、區試評價仍顯粗糙，離科學、準確、細致、全面評價品種的應用性還有很大差距。所以每年審定大量品種，但是許多品種在提高總體產量上，以及豐富應用品種的遺傳基礎上沒有多大貢獻，甚至毫不誇張地說給生產上輸送了很多“拉後腿”的品種。企業得到了利益，整個農業生產的發展卻受到了阻滯。比如玉米品種在黃淮海片推廣的品種有幾十個，如果精確統計3年的各品種的產量表現，肯定會發現好多品種實際上比優勢品種減產達到極顯著水平。再比如當前審定的好多小麥品種有抗寒性差等致命缺點，導致2010、2011年大面積凍害絕收。再比如有重大減產可能的感病缺陷玉米品種，或者有高溫不育缺陷的玉米品種，不但通過了審定，而且沒有任何風險提示。
5、對區域試驗沒有給予足夠的重視和應有的地位。區試的社會價值是業界的***識，但仍停留在口頭重視階段，就像都知道農業的基礎性和重要性，但長期以來無論在政策投入上、還是領導、群眾觀念中大都不重視農業。所以對區試投入不足，管理松散。區試雖然不能創造品種，但卻是從每年培育出的成千上萬新品種（系）中篩選出高產、穩產品種的唯壹科學方法。育種單位或個人可以通過新品種推廣獲取相應收益，但是區試無法獲得任何收益。所以育種有原動力，而區試是公益性行為，是市場行為不願意做也無法做好的事情。而區試跟育種壹樣需要極致的專業精神和專業技術，不像某些人理解的可以稍加認真就可以做好。區試的改進空間任重道遠。所以國家應該大力扶持區域試驗研究和實施以及基礎育種，而應用育種和新品種推廣只需給政策或者交給市場就可以了。而國家似乎在所謂超級水稻育種、超級玉米育種、品種推廣上很樂意大手筆投入，殊不知，現代化的區域試驗是這些東西的基礎，而且比超級水稻育種之類要重要多。看看先鋒公司和孟山都公司等國外公司是怎麽做區試的，就知道我們是多麽落後。
6、區試管理存在太多風險因素。品種審定依照種子法規定，是由品種審定委員會執行，而實際上品種審定委員會專家成員大部分是兼職，沒有真正做個區試工作，沒有對田間操作情況有所掌握，缺乏對區試過程和數據的真正了解和數據內涵的理解，品種評價實際運作在少數人的手中，評價質量高低全靠少數幾個人的職業道德和專業精神來保障，缺乏有效監督和制度保障，這是潛在的系統風險之壹。
區試點分屬於試驗站、農科院、或種子企業，人事任免、區試人員工資待遇試驗管理單位幾乎無權過問。管理的局限性實際上很大。