雖然自閉癥沒有特效藥，但綜合治療對大部分患者是有幫助的，少數可以得到明顯改善。
行為治療可以用來糾正他們的不良行為，促進他們的社會行為，增加他們的自信心，激發他們的好奇心。特殊教育、適應行為訓練、職業訓練、環境安排和生活事件支持對患者都很重要。
伴隨的精神病和癲癇可以用藥物治療。小劑量氟哌啶醇(如每天2 ~ 10 mg)可使患者安靜，有利於提高行為療法的療效。哌甲酯(利他林)可以治療兒童多動癥，也可以使多動癥兒童活躍起來。普萘洛爾(心得安)或可樂定(可樂寧)對減少兒童沖動和攻擊行為有效。有報道稱納曲酮[1.5mg/(kg·d)]可改善情緒，促進交流，減少僵硬動作和自傷行為。
關心家長的情緒，引導家長正確對待和教育孩子也很重要。這個孩子癥狀改善很慢，治愈者壹定要有耐心。
1.教育和訓練是主要的治療方法。目標是促進患者的語言發育，提高其社會交往能力，掌握基本的生活技能和學習技能。
特殊教育訓練的範圍包括對兒童專註力、認知能力、休閑能力、社交能力、生活適應能力、情緒控制、言語交流、知覺功能、生理需求和行為問題的訓練。社交技能的訓練是最重要的，因為只有通過社交，才能促進知覺、動作、語言、智慧和個性的積極發展，獲得知識和技能，激發和溝通情感，培養友誼和同情心，並逐漸了解壹些初步的行為準則。在社交技能的訓練中，首先要強調利用孩子的眼神交流。社會訓練的初始目標不應摻雜語言元素，只要求其被動地被外人接觸，然後逐漸增加人物的陌生感和接觸的主動性。
因為壹般孩子的學習方法是先理解分析，再指導操作應用，會有概念記憶，而自閉癥孩子的學習過程正好相反。他們需要先把概念背下來，然後再去操作和應用，去理解和分析。因此，對於社會語言運用的訓練，首先要教授獨立的語言，然後在適當的社會環境中進行語言運用訓練。
自閉癥患者在學齡前壹般無法適應普通的幼兒園生活，因此在家庭、特殊教育學校和醫療機構接受教育和訓練。學齡後，患者的語言能力和社交能力會得到提高，部分患者可以到普通小學與同齡兒童壹起接受教育。
2.心理療法
(1)行為療法:主要目的是強化已經形成的良好行為，糾正幹擾教育訓練、影響社會交往、傷害自己的異常行為，如刻板行為、攻擊行為、自傷或自殘行為。
(2)認知療法:目的是幫助患者了解自己與同齡人的差異和自身存在的問題，激發自身潛能，發展有效的社交技能。適用於輕度精神障礙患者。
(3)家庭治療:能使患者家長理解患者的問題，支持和配合治療師。
3.藥物治療主要用於改善患者的某些情緒和行為癥狀，有利於維護患者自身或他人的安全，順利實施教育、訓練和心理治療。常用藥物如下。
(1)中樞神經系統興奮劑(哌甲酯，即利他林):短期改善學習和測試效果的劑量為0.3mg/(kg·d)，長期行為改變的劑量為0.7mg/(kg·d)。普遍認為興奮劑可以改善坐立不安、沖動行為和註意力不集中，但對學習成績和人際交往障礙無效。也有人認為興奮劑會加重癥狀，不提倡應用。有驚厥傾向的患兒，尤其是腦器質性改變的患兒慎用，以免誘發癲癇和驚厥。
(2)抗精神病藥物:應短時間小劑量使用，註意藥物副作用，尤其是錐外副作用。
氟哌啶醇:對沖動、多動、僵直等行為癥狀，情緒不穩定、易怒等情緒癥狀，精神病性癥狀有效。據報道，它還可以改善社會交流和語言發展障礙。用法:初始劑量1 ~ 2 mg/d，最大劑量20 mg/d，拒絕口服者可肌肉註射2 ~ 5 mg。
氯氮平:可緩解多動、自傷、攻擊行為、對無生命物體的依戀、社交障礙等癥狀。用法:初始劑量為12.5 ~ 25mg/d，分兩次口服，以後酌情逐漸增加，最大劑量為100 ~ 200mg/d..
③利培酮:可改善多動、攻擊行為和動作僵硬，副作用較其他抗精神病藥物輕。4 ~ 10歲兒童劑量為0.5 ~ 4 mg/d或0.1mg/(kg·d)。副作用包括體重增加、鎮靜和便秘。
(3)抗抑郁藥:可緩解重復性刻板行為和強迫癥狀，改善情緒，提高社交能力，對使用多巴胺受體阻滯劑後的戒斷、遲發性運動障礙、抽搐等運動障礙也有壹定療效。
①氯米帕明(Clomipramine):初始劑量為25mg/d，分兩次口服。之後每3 ~ 6天增加壹次劑量，每公斤體重每次增加1mg。每日最大劑量75 ~ 100 mg，療程4周以上。治療初期有抗膽堿能副作用，大劑量時可出現心臟傳導阻滯或心律失常，臨床應引起重視。
②SSRI類藥物:對自閉癥患者的行為和情緒問題可能有效。其中，氟西汀和帕羅西汀在兒童中的安全性和有效性數據尚缺乏，6歲以上患者可試用舍曲林，治療劑量為每日25 ~ 50 mg，療程4周以上。
(4)納曲酮:為嗎啡的拮抗劑，對改善社會交往、減少病兒自傷行為有壹定療效。治療劑量為0.5 ~ 2.0mg/(kg·d)。也有報道稱納曲酮可以增加患病兒童的社會行為、眼神交流和發聲，減少攻擊性和刻板行為。這種藥的副作用是輕微而短暫的鎮靜作用。如果劑量過大，會造成或增加恐怖和過度糾纏。
(5)其他:抗癲癇藥物如苯巴比妥、硝西泮、卡馬西平等。用於患有癲癇的作者，對於短暫出現驚恐發作和情緒激動者，可選用抗焦慮藥物。