高效液相色譜法在藥物分析中的應用如下：
1、在藥物鑒別中的應用
在HPLC法中，保留時間與組分的結構和性質有關，是定性的參數，可用於藥物的鑒別，在中國藥典中就有大量的藥物采用此法進行鑒別。隨著高效液相色譜技術的發展和在藥典中的重要性不斷提高，出現了壹些采用高效液相色譜法鑒別藥物的新方法。
例如，克拉黴素、利福平滴眼液、崗梅等7種冬青屬中草藥、南北五味子的鑒別。這無疑為進壹步完善、開發藥物鑒別的方法提供了壹種新的思路。
2、在雜質檢查中的應用
歷年來各國藥典中收載了多種藥物采用HPLC法進行雜質檢查的方法，並且可采用HPLC法進行雜質檢查的藥物種類在逐年頒布的藥典中有所增加。隨著HPLC技術的不斷發展，有不少國內外藥物分析工作者研究和探討了HPLC法在藥物的有關物質檢查方面的應用，並建立了壹些新方法。
例如，鹽酸噻吩諾啡、奧沙西泮原料藥及其片劑、鹽酸喹那普利原藥、氟他胺中有關物質的檢查。這些方法簡便、可行且專屬性較強。
3、在含量測定中的應用
用高效液相色譜法測定合成藥及其制劑的含量，可以消除藥物中的雜質，制劑中的附加劑及***存藥物的幹擾。此外，國內還對醋酸可的松滴眼液、喹諾酮類抗菌藥、芩連口服液中黃芩苷、氫溴酸右美沙芬片、註射用硫酸奈替米星等藥物的HPLC測定方法進行研究。
天然藥物的化學成分復雜，其有效成分可能有壹個，也可以有多個，這對於控制藥品質量，建立質量標準來說比較困難。
例如，羅漢果種類較多，結構相似，其定量分析方法現普遍應用的仍主要為比色法，但誤差較大、結果不準確。陳維軍等建立了羅漢果皂苷的HPLC分析方法，可用於羅漢果皂苷提取物中皂苷成分的分析。
丹七片由丹參、三七兩味藥材加工而成，收藏於衛生部部頒標準，其主要成分為丹參酮，但無含量測定方法。譚生建立了用HPLC法測定丹七片中丹參酮含量的方法。復方制劑各組分之間具有協同作用，其質量控制較難，故藥典上很少收載。
近年來高效液相色譜在這方面的工作報道較多。例如，復方魚腥草片中的黃芩苷含量的測定，牙周康膠囊中的甲硝哇和芬布芬的同時測定，燒燙靈軟膏中磺胺醋酞鈉和磺胺的含量的快速測定，復方感冒片中那可汀的含量測定，均取得了理想的效果。