考慮幾個方面:
1)初步確定了發酵液的性質，HPLC顯示極性不強，說明其水溶性足夠判斷性質；查資料，看相關菌株產生的物質種類，設計相關實驗進行初步驗證。結果表明，雙比黴素能產生抑菌圈，蛋白酶能水解蛋白底物狀透明圈等相關實驗；
2)根據性征設計分離純化；
3)發酵液的預處理:首先要過濾掉發酵液中能溶解的雜質，如細菌等，色素生產前要去除色素，避免幹擾；先根據性質進行濃縮處理，再根據要使用的色譜柱進行必要的處理。與透析鹽相比，預處理過程應盡可能保持性。
首先，用各種有機溶劑如甲醇和氯仿提取，檢查提取物和沈澱物的實質性以確定致突變性；先鹽析，用硫酸銨鹽析等。，用於可測試性。經過壹番工作，把柱子放出來進行初步純化，收集性物質。如果需要，通常通過高效液相色譜純化收集的峰。
性物質極性很大，需要更換極性物質的色譜柱，如C18或凝膠柱。
發酵液預處理的固液分離
根據性物質的允許範圍，采用酸化、加熱、過濾、絮凝、分離。
提取(分離和濃縮)
經過化學提取、樹脂吸附和沈澱等。
精煉(凈化)
結晶、脫色、層析等。
外部提取步驟使用沈澱、吸附等用於產品純化。
提取選擇
1.基本理化性質、化學結構、溶解度、極性、pK值、官能團反映等。
2.化合物的穩定性、對pH範圍、溫度條件、光照、氧化等的耐受性。
此外，還提到了分離過程的價值，以盡可能避免二次汙染。分離過程中使用的水需要分離，有機溶劑需要高純度，使用的樹脂要進行預處理，去除其殘留的雜質。
盡量調整Hplc純化的pH值，減少乙腈或甲醇的用量。