明代禦藥房管理的都是宮廷用藥，因此每個環節都有嚴格規矩，不允許出半點差池。每天由太醫院的院使、院判、禦醫分兩班值班，每天要做三件事。
壹件是藥材的管理，對於各地進貢來的藥材、藥品，要根據質量優劣進行分揀，禮部也會派官員來監察藥材選揀的過程。分揀後進行詳細登記入冊。
第二件就是隨時聽從宮內差遣，給帝後們診治。明代給皇上皇後治病已經形成壹套流程，大病小病都照此執行。診脈時，先由值班的太醫院院使或院判診脈，接著再由值班禦醫診脈，之後發表各自的診脈意見，大家壹起擬定壹個處方，處方上將藥帖連名封記，藥方下要寫明本方的藥性、治療病證的效果等等。
第三件事情就是根據藥方監督禦藥煎制，在禦藥制作時，要有太醫院院官和內臣壹同監視，做好後每劑藥都分成兩付，其中壹付先要由禦醫、院判、內臣三人嘗過之後，沒有問題，才將另壹付進獻給生病的皇上，這壹系列的診治、制藥過程，都要在專門的醫簿上做詳細的記錄，這些記錄由所有參與診治及制藥、嘗藥過程的醫官、禦醫、內臣簽名後，加蓋“中書省印合縫”，以備查考。如果皇上服用後，治療效果不佳，這些醫簿上記錄的相關人等就會招致麻煩，甚至惹上殺身之禍。
所以，每天基本上所要做的三件事並不是很復雜，但是每壹件事情都是跟皇上的性命相關，好則萬事大吉，加功行賞，壞則嚴懲不貸。因此，到宮中當值做禦醫是榮辱未蔔的事情，盡管當時進入宮中的禦醫都是經過禮部在太醫院的嚴格考試，優等者才能有資格到禦藥房輪值，但是大家也都明白，進入宮中當值，所擔當的責任之重大也是非比尋常的，所以也有壹些人為了保全性命，寧可放棄進宮做禦醫的機會。