1、藥店向醫保行政部門提出申請；
2、審核評估：醫保行政部門通過審核書面材料和實地察看等方式，對申報的零售藥店進行評估；
3、結果公示：評估結果在各醫療保障局官網、微信公眾號公示；
4、協議簽訂：醫保經辦機構與新增定點零售藥店簽訂服務協議。
申請條件：
1.取得《藥品經營許可證》、《藥品經營質量管理規範認證證書》(GSP證書)和《營業執照》;
2.正常經營1年以上;
3.嚴格執行藥品價格，經物價部門監督檢查合格;
4.藥品經營場所80平方米以上(不含辦公、倉庫等附屬用房);具有24小時及時供應基本醫療保險藥品的能力;
5.經營藥品品種 (不包括中藥飲片)不少於1000種(商品名)，其中基本醫療保險藥品備藥率不低於藥品經營品種的80%;藥品要分類擺放，並有明顯提示;處方藥、非處方藥、非藥品必須分櫃、分區擺放;不得在店堂內經營藥品之外的食品、化妝品、生活用品等非醫保範圍的其他物品;
6.經營藥品必須有按GSP要求進行計算機管理的“進、銷、存”臺帳;並根據醫保經辦機構檢查需要，及時提供“進、銷、存”臺賬;
7.配備1名以上執業藥師或藥師(不得兼職或掛名)，保證營業時間內不少於1名執業藥師或藥師在崗。其他藥品從業人員需經食品藥品監督管理部門或人力資源社保部門培訓合格、持證上崗，並定期(每年)體檢，建立健康檔案;
8.嚴格遵守《勞動法》及各項法律法規，內部管理規範，依法與員工簽訂勞動合同，參加各項社會保險並按時足額繳納社會保險費。
9.申請定點前12個月內未受到人力資源社保、食品藥品監督管理和物價等部門的處罰;
10.其他條件。
綜上所述，藥店申請開通醫保卡提供所需資料後，交當地醫保處備案審批資格，安裝醫保機後使用。具體正規程序以當地醫保處為主。
法律依據：
《中華人民***和國社會保險法》
第二十九條
參保人員醫療費用中應當由基本醫療保險基金支付的部分，由社會保險經辦機構與醫療機構、藥品經營單位直接結算。
社會保險行政部門和衛生行政部門應當建立異地就醫醫療費用結算制度，方便參保人員享受基本醫療保險待遇。
《零售藥店醫療保障定點管理暫行辦法》
第五條
取得藥品經營許可證，並同時符合以下條件的零售藥店均可申請醫療保障定點：
（壹）在註冊地址正式經營至少3個月；
（二）至少有1名取得執業藥師資格證書或具有藥學、臨床藥學、中藥學專業技術資格證書的藥師，且註冊地在該零售藥店所在地，藥師須簽訂1年以上勞動合同且在合同期內；
（三）至少有2名熟悉醫療保障法律法規和相關制度規定的專（兼）職醫保管理人員負責管理醫保費用，並簽訂1年以上勞動合同且在合同期內；
（四）按藥品經營質量管理規範要求，開展藥品分類分區管理，並對所售藥品設立明確的醫保用藥標識；
（五）具有符合醫保協議管理要求的醫保藥品管理制度、財務管理制度、醫保人員管理制度、統計信息管理制度和醫保費用結算制度；
（六）具備符合醫保協議管理要求的信息系統技術和接口標準，實現與醫保信息系統有效對接，為參保人員提供直接聯網結算，建立醫保藥品等基礎數據庫，按規定使用國家統壹醫保編碼；
（七）符合法律法規和省級及以上醫療保障行政部門規定的其他條件。