明嘉靖年間（1556年前後），鶴年堂曾相繼開設了五家分號，遂有“五鶴朝天”之稱，老店作為總店仍在菜市口原址，嚴嵩之子嚴世藩題匾“西鶴年堂”。1929年，劉壹峰執掌時期，曾在東安市場開設分店；1935年，又在西單開設了分店，在陶然亭首建了鹿苑和藥圃，；1936年還在西安開設了分店，公私合營前1955年批準歇業。總店仍在菜市口。1956年公私合營前，鶴年堂在北京擁有菜市口總店、生產廠、東安市場分號、西單分號、陶然亭鹿苑、藥圃等。
1956年公私合營初期，鶴年堂繼續延續原有資產經營，總店仍在菜市口。1958年陶然亭地區城市改造，建立陶然亭公園，陶然亭鹿苑和藥圃被關閉撤消。同壹時期，東安市場分號和西單分號、中藥生產廠又從鶴年堂的資產中劃出，只剩下鶴年堂菜市口總店。
建國後，1956年公私合營，鶴年堂先後歸屬於北京市藥材公司、宣武區壹商局（即後來的宣武區百貨管理處、宣武區百貨公司）、宣武區醫藥藥材總公司。鶴年堂在“文革”中改名為“人民中藥店”，文革後更名為“宣武區菜市口中藥店”，後又恢復鶴年堂字號。近年來，在政府的重視支持下，鶴年堂充分發揮中華老字號的優勢，溯根源、挖祖方、重文化、求創新、樹品牌，大力宏揚五千年中醫藥養生文化，開始了二次創業的歷程，如今鶴年堂已發展成包括鶴年堂醫藥有限責任公司、鶴年堂中醫藥（養生）研究院、鶴年堂中醫門診、老年病防治中心、鶴年堂連鎖藥店、鶴年堂（吉林）參茸制品有限公司、鶴年堂（廣東）中藥材批發中心、鶴年堂科技發展有限公司、天津鶴年堂健康飲品公司、鶴年養生品牌推廣項目管理機構等以中醫藥產業為龍頭、以養生保健項目和產品為主，具有集團優勢的綜合性健康養生產業集團的發展之路。
1997年8月，在醫藥藥材總公司的領導下，實現資產重組，將原鶴年堂藥品經營公司，原廣安門中西藥品批發站，原牛街口藥品批發站合並為現在的“北京市鶴年堂藥品經營公司”，註冊商標為鶴年堂鶴年堂藥品經營公司是全資國有企業，地址在宣武區廣內大街7號，法定代表人曹希久企業註冊資金100萬元，經營方式為批發兼零售，經營中藥飲片、中成藥、西藥制劑、醫療器械等，該公司30人具有醫藥藥學職稱，鶴年堂藥品經營公司其主要機構設置為壹個批發部和六個零售門市部。
2002年實行現代企業制度改造，組建北京鶴年堂醫藥有限責任公司，註冊資金（人民幣）1000萬元，第壹任董事長為王勝利，董事長壹職後由臧東坡擔任。