1、定點申請
零售藥店提出定點申請，醫保經辦機構即時受理。對申請材料內容不全的，醫保經辦機構自收到材料之日起5個工作日內壹次性告知零售藥店補充；
2、綜合評估
醫保經辦機構組織評估小組或委托符合規定的第三方機構，以書面、現場等形式開展評估。評估小組成員由醫療保障、醫藥衛生、財務管理、信息技術等專業人員構成。自受理申請材料之日起，評估時間不超過3個月，零售藥店補充材料時間不計入評估期限。評估內容包括：
（1）核查藥品經營許可證、營業執照和法定代表人、企業負責人或實際控制人身份證；
（2）核查執業藥師資格證書或藥學技術人員資格證書及勞動合同；
（3）核查醫保專（兼）職管理人員的勞動合同；
（4）核查與醫療保障政策對應的內部管理制度和財務制度；
（5）核查與醫保有關的信息系統是否具備開展直接聯網結算的條件；
（6）核查醫保藥品標識；
（7）核查藥店面積。
評估結果包括合格和不合格。對於評估不合格的，應告知其理由，提出整改建議。自結果告知送達之日起，整改3個月後可再次組織評估，評估仍不合格的，1年內不得再次申請；
3、對外公示
對於評估合格的，醫保經辦機構納入擬簽訂醫保協議的零售藥店名單，並將名單在市級醫保行政部門門戶網站進行公示，公示期為5個工作日；
4、協商談判和安裝信息系統
經公示無異議後，醫保經辦機構與擬簽訂醫保協議的零售藥店協商談判，達成壹致的，零售藥店按規定安裝醫保信息系統；
5、簽訂醫保協議
醫保信息系統安裝後運行正常的零售藥店，簽署誠信服務承諾書，醫保經辦機構與其簽訂醫保協議；
6、信息公布
醫保經辦機構向社會公布簽訂醫保協議的定點零售藥店信息，包括名稱、地址等，供參保人員選擇。
綜上所述，醫保定點藥店申請流程包括定點申請、綜合評估、對外公示、協商談判和安裝信息系統、簽訂醫保協議、信息公布。
法律依據：
《零售藥店醫療保障定點管理暫行辦法》第五條
取得藥品經營許可證，並同時符合以下條件的零售藥店均可申請醫療保障定點：
（壹）在註冊地址正式經營至少3個月；
（二）至少有1名取得執業藥師資格證書或具有藥學、臨床藥學、中藥學專業技術資格證書的藥師，且註冊地在該零售藥店所在地，藥師須簽訂1年以上勞動合同且在合同期內；
（三）至少有2名熟悉醫療保障法律法規和相關制度規定的專（兼）職醫保管理人員負責管理醫保費用，並簽訂1年以上勞動合同且在合同期內；
（四）按藥品經營質量管理規範要求，開展藥品分類分區管理，並對所售藥品設立明確的醫保用藥標識；
（五）具有符合醫保協議管理要求的醫保藥品管理制度、財務管理制度、醫保人員管理制度、統計信息管理制度和醫保費用結算制度；
（六）具備符合醫保協議管理要求的信息系統技術和接口標準，實現與醫保信息系統有效對接，為參保人員提供直接聯網結算，建立醫保藥品等基礎數據庫，按規定使用國家統壹醫保編碼；
（七）符合法律法規和省級及以上醫療保障行政部門規定的其他條件。