新農合報銷範圍為:參保人員在統籌期間因病在定點醫院發生的符合城鎮職工醫療保險報銷範圍(即有效醫療費用)的醫療費、檢查費、化驗費、手術費、治療費、護理費。
新型農村合作醫療基金支付設立起付標準和最高支付限額。醫院年度起付線以下的住院費用，由個人自付。在同壹個統籌期內達到起付標準的，兩次及以上住院發生的住院費用可累計報銷。超過起付標準的住院費用實行分段計算，累計報銷，每人每年有壹個累計報銷最高限額。
門診補償
村衛生室和村中心衛生室醫療費用報銷60%，每次就診處方藥費用限額10元，醫院醫生臨時補液處方藥費用限額50元。
在鎮衛生院就醫報銷40%，每次就診檢查費和手術費限額50元，處方藥費限額100元。
二級醫院就醫報銷30%，每次檢查費、手術費限額50元，處方藥費限額200元。
三級醫院報銷20%，每次就診檢查費、手術費限50元，處方藥費限200元。
中藥發票附處方，限額1元。
鄉鎮合作醫療門診年補償限額為5000元。
住院補償
報銷範圍:
A.藥品費用:輔助檢查:心電圖、X線透視、拍片、化驗、理療、針灸、CT、核磁共振等檢查費用，限額200元；手術費用(參照國家標準，超過1000元的報銷1000元)。
b、60歲以上老人在鎮衛生院住院，每天治療護理費補償10元，限額200元。
報銷比例:鎮衛生院報銷60%；二級醫院報銷40%；三級醫院報銷30%。
大病補償
鎮風險基金補償:凡參加合作醫療的住院患者，醫療費用壹次性或全年超過5000元的，應分期補償，即5001-10000元為65%，10001-18000元為70%。
鎮級合作醫療住院和尿毒癥門診血液透析、腫瘤門診放化療年度補償限額為1.1萬元。
新農合基金報銷的特殊疾病有:惡性腫瘤化療放療；重癥尿毒癥的血液透析和腹膜透析；組織或器官移植後的抗排斥治療；精神分裂癥伴智力下降；系統性紅斑狼瘡(心、肺、腎、肝和神經系統並發癥之壹)；再生障礙性貧血；心臟手術後的抗凝治療。其余可報銷的特殊疾病，以當地具體政策為準。
特殊疾病的特定門診治療包括必要的支持治療和治療過程中全身和局部反應的對癥處理，壹般輔助治療不納入報銷範圍。
報銷程序的編輯和播放
參保人出院後，將住院發票、出院記錄、費用清單、轉診證明、本人身份證復印件或由患者簽字或蓋章的戶籍證明交至鄉鎮合管辦，經審核後送至市農保業務管理中心。
法律依據:
中華人民共和國社會保險法
第二十四條
國家建立和完善新型農村合作醫療制度。
新型農村合作醫療管理辦法由國務院制定。
第二十八條
符合基本醫療保險藥品目錄、診療項目、醫療服務設施標準和急診搶救的醫療費用，按照國家規定由基本醫療保險基金支付。
第二十九條
參保人員醫療費用中應由基本醫療保險基金支付的部分，由社會保險經辦機構、醫療機構和藥品經營單位直接結算。
社會保險行政部門和衛生行政部門應當建立異地醫療費用結算制度，方便參保人員享受基本醫療保險待遇。