1.參加新農合的農民持合作醫療證、卡在鄉、村兩級定點醫療機構就診時，定點醫療機構直接減免門診補償費用，門診醫療費用總額減去門診補償費用後的剩余部分由參保農民現金結算；2.參保農民在省、市、區定點醫療機構門診患慢性病、重大疾病時，發生的醫療費用由參保農民現金結算，經各鄉鎮合管辦初審後報區合管辦審核， 且新農合醫療機構墊付資金由戶籍所在地鄉鎮衛生院審核後打入，經區合管辦審批後直接轉入新農合醫療機構專用賬戶。
醫保報銷比例如下:
1，統籌基金最高支付限額為每人每年100000。
2.統籌基金起付線標準:三級定點醫院800元，二級定點醫院600元，壹級定點醫院200元(鄉鎮衛生院100元)；
3.統籌基金和個人自負比例:三級醫院統籌基金支付55%，個人支付45%，二級醫院統籌基金支付70%，個人支付30%；75%由壹級定點醫院統籌支付，25%由個人支付；鄉鎮衛生院統籌基金支付90%，個人負責10%。
下列情況發生的醫療費用不納入城鎮職工基本醫療保險基金支付範圍:
1.未按規定進行醫療保險住院登記，在本市定點醫院住院發生的醫療費用，統籌基金不予報銷。
2.未按規定辦理的住院醫療費用不予報銷。
3 .未填寫《安置人員申請表》或未經批準安置人員，在統籌地區外發生的醫療費用不予報銷。
4.異地安置人員在非選定醫院住院，或在選定醫院住院，但發生的住院費用沒有及時報銷。
5.非國有公立醫療機構的醫療費用、非定點醫療機構的住院費用、購買的藥品不予報銷。
6 .境外(含港、澳、臺)醫療費用不予報銷。
7.被保險人在停保期間因繳費、違規等原因發生的醫療費用不予報銷。
8.違法犯罪、酗酒、自殺、自殘、交通事故、醫療事故、工傷、職業病、生育等醫療費用按有關規定辦理，基本醫療保險不予報銷。
9.出院後超過30天的，市醫保部門不再受理轉診治療、異地就醫、出差、探親等住院費用。
綜上所述，新農合門診將醫療資料交醫保部門自費報銷。
法律依據:
中華人民共和國社會保險法
第二十八條
符合基本醫療保險藥品目錄、診療項目、醫療服務設施標準和急診搶救的醫療費用，按照國家規定由基本醫療保險基金支付。
第二十九條
參保人員醫療費用中應由基本醫療保險基金支付的部分，由社會保險經辦機構、醫療機構和藥品經營單位直接結算。
社會保險行政部門和衛生行政部門應當建立異地醫療費用結算制度，方便參保人員享受基本醫療保險待遇。