連鎖店壹般都是獨立法人，獨立經營，獨立核算。他們只是使用別人的品牌或商標，並支付壹定的加盟費。這些賬戶完全是作為獨立企業設立的。如果規模較小，可以使用小企業會計準則。
小規模納稅人不需要進行增值稅進項，只需要計算繳納銷項即可。
藥店主要包括庫存商品(購入的藥品)、銷售成本(主營業務成本)、人工成本(應付員工工資，計入成本)、店鋪租金(計入管理費用或銷售費用)、銷售收入(主營業務收入)等。與生產企業相比，就簡單多了，只要按時記錄進貨、銷售、工資等費用，月底結轉即可。如果“銷售費用”中包含特許經營費-。
藥店會計的完整會計處理
藥房會計常用的賬戶:現金賬簿、存款日記賬、賬簿總分類、明細賬、商品進銷存賬戶等。
藥房壹般的會計工作流程是:取得原始憑證，制作會計憑證，月末匯總制作賬戶匯總表，登記總賬，然後根據會計憑證登記明細賬和存貨明細賬，核對總賬和明細賬，制作會計報表；如果單位是壹般納稅人，做網上國稅申報和地稅申報，申報後備案表格。
格式:
第壹:應該是先借後貸，借方在上，貸方在下；
第二:貸方記賬符號、賬戶、金額應在借方後面壹個空格，表示借方在左邊，貸方在右邊。
會計分錄有兩種:簡單分錄和復合分錄，其中簡單分錄是借壹筆貸款的分錄；復合分錄是壹借多貸分錄，壹借多貸分錄。
需要指出的是，為了保持賬戶對應關系清晰，壹般不宜將不同的經濟業務合並，多借多貸編制會計分錄。但是，在某些特殊情況下，可以編制多借多貸的會計分錄，以反映經濟業務的全貌。
小規模藥店的會計繳稅算法是怎樣的？在計算小規模納稅人企業繳納的增值稅時，以企業的銷售收入乘以企業的增值稅稅率，得出企業需要繳納的增值稅金額。具體的計算方法上面我們已經講過了，這裏就不贅述了。請參考我們文章的介紹。