為了有效控制藥品儲存質量，應對藥品按其質量狀態分區管理，為杜絕庫存藥品的存放差錯，必須對在庫藥品實行色標管理。
藥品質量狀態的色標區分標準為：
合格藥品――綠色；不合格藥品――紅色；質量狀態不明確藥品――黃色。
按照庫房管理的實際需要，庫房管理區域色標劃分的統壹標準是：待驗藥品庫（或區）、退貨藥品庫（或區）為黃色；合格藥品庫（或區）、中藥飲片零貨稱取庫（或區）、待發藥品庫（或區）為綠色；不合格藥品庫（或區）為紅色。三色標牌以底色為準，文字可以白色或黑色表示，防止出現色標混亂。
（2）搬運和堆垛要求
應嚴格遵守藥品外包裝圖式標誌的要求，規範操作。怕壓藥品應控制堆放高度，防止造成包裝箱擠壓變形。藥品應按品種、批號相對集中堆放，並分開堆碼，不同品種或同品種不同批號藥品不得混垛，防止發生錯發混發事故。
（3）藥品堆垛距離
藥品貨垛與倉間地面、墻壁、頂棚、散熱器之間應有相應的間距或隔離措施，設置足夠寬度的貨物通道，防止庫內設施對藥品質量產生影響，保證倉儲和養護管理工作的有效開展。藥品垛堆的距離要求為：藥品與墻、藥品與屋頂（房梁）的間距不小於30厘米，與庫房散熱器或供暖管道的間距不小於30厘米，與地面的間距不小於10厘米。另外倉間主通道寬度應不少於200厘米，輔通道寬度應不少於100厘米。
（4）分類儲存管理
企業應有適宜藥品分類管理的倉庫，按照藥品的管理要求、用途、性狀等進行分類儲存。可儲存於同壹倉間，但應分開不同貨位的藥品有：藥品與食品及保健品類的非藥品、內用藥與外用藥。應專庫存放、不得與其它藥品混存於同壹倉間的藥品有：易串味的藥品、中藥材、中藥飲片、特殊管理藥品以及危險品等。
（5）溫濕度條件
應按藥品的溫、濕度要求將其存放於相應的庫中，藥品經營企業各類藥品儲存庫均應保持恒溫。對每種藥品，應根據藥品標示的貯藏條件要求，分別儲存於冷庫（2-10℃）、陰涼庫（20℃以下）或常溫庫（0-30℃）內，各庫房的相對濕度均應保持在45%—75%之間。
企業所設的冷庫、陰涼庫及常溫庫所要求的溫度範圍，應以保證藥品質量、符合藥品規定的儲存條件為原則，進行科學合理的設定，即所經營藥品標明應存放於何種溫濕度下，企業就應當設置相應溫濕度範圍的庫房。如經營標識為15-25℃儲存的藥品，企業就應當設置15-25℃恒溫庫。
對於標識有兩種以上不同溫濕度儲存條件的藥品，壹般應存放於相對低溫的庫中，如某壹藥品標識的儲存條件為： 20℃以下有效期3年， 20-30℃有效期1年，應將該藥品存放於陰涼庫中。
（6）中藥材、中藥飲片儲存
應根據中藥材、中藥飲片的性質設置相應的儲存倉庫，合理控制溫濕度條件。對於易蟲蛀、黴變、泛油、變色的品種，應設置密封、幹燥、涼爽、潔凈的庫房；對於經營量較小且易變色、揮發及融化的品種，應配備避光、避熱的儲存設備，如冰箱、冷櫃。
對於毒麻中藥應做到專人、專帳、專庫（或櫃）、雙鎖保管。