轉眼間，三年就過去了。柯南已經10歲了，毛利蘭和園子已經成為東京大學的學生了。在這三年裏，柯南和哀在不停的尋找黑暗組織的信息。同時，在這三年裏，毛利小五郎在柯南的幫助下，名聲越來越大。漸漸的，報紙的頭版頭條都成了關於毛利的新聞。工藤新壹這個名字，仿佛已經被人忘在了腦後。但是，那個人是永遠不會忘記的——蘭的心裏始終牽掛著那個被她叫做推理狂、但始終在她心裏占據大片位置的家夥。每當柯南看到關於毛利小五郎的新聞消息時，他總會苦笑：也好，讓工藤新壹早日從人們的記憶中消失把。園子和京極真、服部和和葉都已經訂婚了，準備在大學畢業後舉行婚禮。但蘭還是孤單壹人，她沒有交新的男朋友，因為——她在等。
壹
“柯南君，妳過來壹下！”剛到阿笠博士家，柯南就被小哀拖到了地下室。“幹嘛這麽心急火燎的？”柯南不屑地問。“妳可能已經暴露了。”小哀壹邊弄電腦壹邊平靜地說。“撲通！”柯南下的從椅子上摔了下來。他壹把抓住小哀的胳膊：“這到底是怎麽回事？妳不是說妳在我名字的旁邊寫了‘死亡’了嗎？”小哀推開他，還是那樣的冷靜：“妳最後壹次給蘭打電話應該是壹年多以前吧。但是，就是那壹次電話，被黑暗組織的人監聽了。看，在那次電話的電磁波邊，有很多雜亂的電波。”果然，在電腦上顯示出了壹張雜亂的電磁波。柯南壹拳砸在桌子上：可惡！我小心翼翼地不讓自己露出馬腳。沒想到……沒想到……
小哀站起來，扶住了柯南的肩膀：“現在，不光妳的處境很危險。想想蘭，想想毛利叔叔，想想阿笠博士。壹旦妳的身份暴露了，他們的安全就難保了。到時候，我們都會被哢嚓掉！”柯南要緊牙：“可惡！！難道就沒有彌補的辦法了嗎？”“有，只要妳的父母幫忙。但是，這樣做小蘭可能會受到打擊。”“沒關系，只要……只要我的蘭不受到傷害！！”小哀搖了搖頭：“如果妳想要確保妳身邊人的安全，妳只能這樣做了……”
二
第二天，報紙的頭版頭條被這樣壹條新聞占據了《關東名偵探工藤新壹 死亡消息正式確定》。這壹天，工藤新壹的追悼會也在帝丹中學召開了。追悼會上，工藤有希子和工藤優作斷斷續續地說出了事情的緣由：三年前，工藤新壹就因病去世了。但工藤夫婦接受不了獨生子去世的打擊。他們請醫生做了防腐藥品，用來保護兒子的遺體，為了還造成壹種兒子還活著的假象，他們模仿兒子的聲音給蘭打電話，讓蘭相信，工藤新壹還活著。但是今天，他們不得不面對現實，他們的兒子已經死了。於是，他們公布了工藤新壹已死的消息。
現在人們明白了，失蹤了三年的關東名偵探，原來是英年早逝了。園子抱著小蘭，哭得淅瀝嘩啦。工藤夫婦也是痛不欲生。但是蘭卻是壹臉平靜。她微微的笑著，壹言不發。毛利小五郎抓住她的肩膀，用力地搖著：“蘭！醒醒吧！那個小子已經死了！”英理抱住女兒的肩膀：“哭吧，媽媽知道妳心裏難受。不要憋在心裏啊！”“不！他沒有死！”小蘭語出驚人。“什麽？！”“他沒有死。他說過讓我等他的！他說過他會好好的回來見我的！他說過他會好好的回來見我的！他說過的！”“蘭！”毛利怒了, “妳難道沒有聽到嗎？那是工藤叔叔和有希子阿姨說的，不是真正得工藤新壹！”工藤夫婦也走上前，抱歉地說：“蘭，對不起。是我們制造了新壹還活著的假象。對不起！”“不是這樣的！他說過他讓我等他回來的，他讓我等的！”蘭沖了出去。“蘭——”誰也沒有阻止得了蘭，蘭沖了出去。
這是新壹的家。這是他最愛的福爾摩斯。這是新壹的衣服。這是新壹的鞋子。這是新壹的書包。小蘭壹件壹件的撫摸著，剛才忍住的淚，現在已經像泄洪壹般的傾瀉下來，滴落在了新壹的“遺物”上。
蘭抱著新壹的東西，沖到窗戶邊：“新壹，妳個大混蛋！妳為什麽要騙我！妳為什麽會死！為什麽！新壹——新壹——妳快回來啊——新壹————————”！
三
生活似乎回復到了平靜。新壹的追悼會結束了，人們心中那個名偵探遠離了他們。小蘭和其他人似乎沒有什麽危險。顯然，那次追悼會拯救了大家。
轉眼壹年就過去了。小蘭仍然過著孤單的生活。她還是沒有男朋友。雖然說追她的男生不計其數，但是，她的心裏已經裝不下了。
“新壹……” “不要叫新壹了，博士，新壹已經死了。現在活著的是江戶川柯南。”“好吧，柯南。小哀已經在地下室忙了壹天了，我怕出什麽事，但是我又不敢下去。新……柯南，妳下去看看吧。”
柯南推開地下室的門，壹眼就看見了坐在電腦前奮鬥的小哀。“小哀，在幹什麽？博士很擔心妳。”“柯南，我有壹個消息要告訴妳。”“說吧，不要告訴我說妳又發現了壹種藥品，能把男人變女人。”（小哀汗）“柯南，我已經用追蹤儀追蹤到了黑暗組織的下落！”“什麽！”柯南壹驚！“他們在哪裏？快告訴我他們在哪裏？”小哀把電腦轉過來給他看。那是壹個廢舊倉庫……
終於壹舉端掉了那個黑暗團夥。從此，柯南和小哀再也不用生活在恐懼中了。但是，在摧毀這個組織時，狡猾的GIN把所有的資料都燒毀了，這就意味著，柯南將永遠是柯南，小哀永遠是小哀。
柯南望著天空，對身旁的小哀說：“哀，我認了，我是柯南，不會在變回新壹了……”但是，小哀從他平靜的臉上看到了失望，看到了悲哀，看到了憂傷。
四
望著呼嘯而去的飛機，小蘭在心裏默默的道別：再見柯南，再見！
前天江戶川文代到毛利偵探事務所來接柯南。她說她要接柯南去美國，可能不再回來了。今天，就是柯南和他媽媽離開的日子。
小蘭轉身走進機場大廳，苦笑壹下：現在，連最後壹個可以傾訴的對想也走了。我真的成了孤單壹人。呵呵……
五
（小蘭教室）
“同學們，今天我們將有壹個新同學加入。他叫做——工藤柯！”小蘭壹驚，因為她對工藤這個名字太敏感了。園子碰碰她：“蘭，很怪的名字啊，好像女孩子的名字！哈哈哈哈！希望是個帥哥！”園子又犯花癡了。小蘭無奈的搖了搖頭：“園子，妳都和阿真訂婚了，還在想其他的帥哥，真沒辦法……”
“嘩”門開了，工藤蘭柯走了進來，“哇”女生們驚呼,“帥哥啊！”小蘭擡起頭。
不會的！不會的！這不會是真的！小蘭不敢相信的搖搖頭。不光是小蘭，園子也驚呆了。眼前這個工藤柯除了發型和工藤新壹有些不同以外，他簡直是工藤新壹的翻版！工藤柯走上講臺，開始做自我介紹：“大家好，我的名字叫做工藤柯。我從小住在洛杉磯，這是第壹次回國。請大家多多指教！”“那工藤同學，妳坐到……”沒等到導師說完，工藤柯徑直走到小蘭旁邊坐下：“請多指教！”
自從這個工藤蘭柯來了之後，這個班不再平靜。女生們整天圍著他團團轉。而小蘭的生活卻被打亂了。因為她要整天無數次的告訴自己：他是工藤柯，他不是新壹，他不是工藤新壹！更讓小蘭驚奇的是，這個工藤柯買下了原來工藤新壹的房子，他就住在工藤家！小蘭的心中不禁生出熟悉的感覺，她仿佛感到新壹還活著。
“毛利同學，聽說妳還沒有男朋友啊！”小蘭頭也不擡的答應了壹聲。“恩。”“做我的女朋友吧！”工藤語出驚人。小蘭慢慢擡起頭，張了張嘴，卻沒有說壹句話。園子以為她又會拒絕，因為她已經拒絕了N個優秀的男孩子了。“好！我答應！”園子驚呆了！小蘭竟然答應了工藤柯的要求。她碰了碰小蘭：“蘭，妳要知道他是工藤柯，他不是妳的工藤新壹啊！”小蘭笑了：“我知道，我也要試著找個人好好交往了！”園子長舒了壹口氣：“妳終於從工藤新壹的陰影中走出來了。太好了！那個叫工藤柯的，妳要好好待我們小蘭啊，不然蘭的空手道可不饒妳！”工藤柯順勢把手放在了蘭的肩膀上：“是是是，蘭。明天我們開始約會吧！”蘭看著他，心中生出壹絲酸楚：今後工藤新壹就消失了，我的生命中只有工藤柯！
之後，工藤柯和小蘭越走越近，仿佛他們已經成了天造地設的壹對。毛利夫婦和工藤夫婦都很高興，他們為小蘭終於走出了工藤新壹的陰影而高興。不僅如此，小蘭在這壹段時間內真的很高興，她的臉上時常掛著微笑。在之後的交往中，小蘭發現工藤柯和工藤新壹真的有很多不同。他對足球壹竅不通。而且，關於新壹最愛的福爾摩斯他竟然就不知道。小蘭徹底相信，工藤柯和新壹是兩種不同的人。
六
（某天 熱帶公園 噴泉中央）
“小蘭，冰可樂！”工藤柯拿著兩聽可樂朝小蘭走來。兩個人背靠背，默默的喝著可樂，壹言不發，仿佛都有心事。突然他們都轉了過來，異口同聲地說：“我有話要對妳說……”“妳先說吧，小蘭！”“恩……還是妳先說吧，我壹會再說。”“好！小蘭，跟我訂婚！然後畢業我們就結婚！”小蘭壹楞，她搖搖頭，微微笑著，說：“那不可能了。妳知道我要跟妳說什麽嗎？”工藤柯茫然的搖搖頭。“我們……我們分手吧！”“什麽？！”工藤柯手中的可樂垂直下落！“為什麽？為什麽？”“對不起，工藤柯。其實，在交往的壹開始，我是把妳當成新壹來看的，妳……我把妳當成了新壹的替身。但後來發現，我這麽做其實是在欺騙妳的感情，對不起。我不能再欺騙下去了！工藤柯同學，真的對不起！”小蘭的眼淚沿著臉頰滑落下來，然後她轉身準備離去。
“蘭，不是這樣的，我就是……我就是工藤新壹！我就是工藤新壹！”小蘭壹楞，但後來又平靜了：“我知道妳不是，妳是工藤柯，我的新壹四年前已經死了！”“不。不是的小蘭！聽我說！”
兩個月前，小哀找到了柯南。拿出了壹粒膠囊。“給妳解藥，但是這個藥有百分之50的死亡率，百分之50的成功率。也就是說，弄不好，妳就永遠離開了，妳要試壹下嗎？”柯南接過藥，堅定地說：“要！為了我心愛的蘭！”小哀笑笑：“那好吧。在妳吃藥的時候，我和博士會在旁邊，妳有什麽意外的時候可以急救！”“那妳呢？妳不想變回去嗎？”小哀搖搖頭：“不了，和工藤新壹壹樣，宮野誌保死掉了，現在只有灰原哀。我覺得做孩子要比大人快樂多了！”柯南看著小哀，默默的註視……
就在江戶川文代（當然，這也是工藤有希子假扮的）接走柯南的第二天，柯南在博士的家裏吃下了那粒膠囊。在忍受住巨大的痛苦之後，柯南變回了工藤新壹！
但是，工藤新壹死亡的消息給小蘭很大的打擊。如果讓新壹就這樣出現小蘭面前，她壹定會接受不了。所以，他才假扮工藤柯來到了小蘭的班上。
小蘭聽完後，已經是淚流滿面：“為什麽？為什麽妳不早點告訴我，柯南就是妳，妳就是柯南！為什麽？”“喜歡妳，因為我喜歡妳，比世界上任何壹個人都喜歡妳 。怕妳受打擊，怕妳受傷害。我盡量讓自己遠離福爾摩斯，遠離足球，就是怕傷害妳！我喜歡妳，小蘭。這是用我真實的聲音在向妳表白！蘭！我喜歡妳————”
七
“工藤柯，我們蘭來是讓妳拐跑了啊！”在小蘭和新壹（當然，因為怕大家接受不了，更工藤新壹還是隱沒了，現實中只有工藤柯。但是，工藤夫婦向大眾宣布，工藤柯是工藤新壹的雙胞胎兄弟。小蘭便可以名正言順的腳工藤夫婦爸媽了）！“好好待我們家蘭啊！”毛利小五郎上前警告新壹。“好！”那是當然！
“哢嚓！”新壹親親小蘭的鏡頭被永遠保存下來了