根據上述職責，省食品藥品監督管理局設10個內設機構：
（壹）辦公室。
承擔局機關日常政務工作的綜合協調和檢查督辦；負責文電、會務、機要、檔案等機關日常運轉工作以及安全保密、政務公開、來信來訪、新聞發布、宣傳報道、統計管理等工作；負責應急管理的組織協調；指導本系統信息化建設；負責局機關國有資產管理；指導局機關行政審批服務中心和後勤服務中心工作。
（二）政策法規處。
組織開展食品藥品監督管理政策研究；擬訂食品藥品監督管理有關地方性法規草案和規範性文件；承擔有關規範性文件的合法性審核工作；承擔行政執法監督及有關行政復議、行政應訴、聽證和法制宣傳教育等工作；指導本系統法制建設。
（三）餐飲服務監管處。
承擔餐飲服務環節食品衛生許可和食品安全監督管理工作；擬訂餐飲服務環節食品安全管理規範並監督實施，承擔餐飲服務環節食品安全狀況調查和監測工作，發布與餐飲服務環節食品安全監管有關的日常監督管理信息；組織開展餐飲服務環節食品安全事故的處理工作。
（四）保健食品化妝品監管處。
承擔保健食品許可、化妝品衛生許可及監督管理工作；承擔保健食品初審和有關化妝品的初審、備案工作；監督實施保健食品標準和生產經營質量管理規範；監督實施化妝品衛生標準和技術規範；承擔保健食品、化妝品廣告審查與監督管理工作；承擔保健食品、化妝品安全監測和風險評估工作；發布與保健食品、化妝品安全監管有關的信息；承擔保健食品、化妝品檢驗檢測機構監督管理工作。
（五）藥品註冊處。
監督實施國家藥品標準及直接接觸藥品的包裝材料和容器產品標準；承擔藥品（含醫療機構制劑）、直接接觸藥品的包裝材料和容器、藥用輔料的有關註冊工作；監督實施國家中藥飲片炮制規範並擬訂地方規範；負責初審非處方藥物；監督實施藥物非臨床研究、藥物臨床試驗質量管理規範；實施中藥品種保護和藥品行政保護制度。
（六）醫療器械監管處。
監督實施醫療器械標準；承擔有關醫療器械的註冊管理工作；監督實施醫療器械臨床試驗、生產質量管理規範；承擔醫療器械生產許可的監督管理；組織開展醫療器械不良事件監測、再評價和淘汰工作；承擔醫療器械檢測機構監督管理工作。
（七）藥品安全監管處。
監督實施中藥材生產、藥品生產以及醫療機構制劑等質量管理規範；組織實施藥品分類管理制度；承擔放射性藥品、麻醉藥品、毒性藥品及精神藥品、藥品類易制毒化學品、藥源性興奮劑等監督管理工作；承擔藥品生產、醫療機構制劑配制和放射性藥品使用許可的監督管理；組織開展藥品不良反應監測、再評價和淘汰工作。
（八）藥品市場監督處。
監督實施藥品、醫療器械經營質量管理規範；承擔藥品、醫療器械經營許可的監督管理；監督實施藥品流通領域藥品分類管理制度；承擔國家基本藥物經營的監督管理及相關制度的實施；承擔藥品、醫療器械廣告審查與監督管理；承擔互聯網藥品信息服務和交易行為的監督管理；承擔中藥材專業市場監管工作；組織開展農村藥品監督網和供應網建設。
（九）財務規劃處。
貫徹執行國家財經政策和法規；負責全省系統財務管理工作；擬訂本系統中長期發展規劃、基礎設施建設規劃和裝備條件規劃並組織實施；承擔行政事業性收費項目及標準的申報、行政收費收入、罰沒收入按照國家規定實行收支兩條線管理等工作；承擔本系統國有資產管理工作；承擔對局機關財務和直屬單位的審計監督工作。
（十）人事教育處。
負責全省系統的人事、機構編制管理、組織建設和隊伍建設；研究擬訂教育培訓規劃並組織實施；協助局黨組對市（州）、直管市、神農架林區食品藥品監督管理機構領導班子行使管理職責；組織實施獎勵工作；負責藥品、醫療器械、保健食品、化妝品行業執業人員資格準入、註冊管理和教育培訓工作；承擔社團的指導工作；承擔對外交流與合作工作。
機關黨委負責局機關和直屬單位的黨群工作。設立機關黨委辦公室，承擔機關黨委的日常工作。
紀檢監察機構按有關規定設置。
離退休幹部處負責局機關離退休幹部工作，指導直屬單位的離退休幹部工作。