控制飼料汙染，應根據汙染源的來源、種類和性質，分別采取相應的措施。
1.對飼料中細菌的控制
應從飼料的生產到加工、運輸、貯藏直到飼餵等各個環節，根據各環節的具體特點制定相應的對策。控制的重點是最容易汙染細菌的動物性飼料、高蛋白飼料以及發酵生產的飼料。飼料生產上要防止通過灰塵、微生物、昆蟲等外源汙染有害細菌，還要阻止飼料或飼料原料自身的細菌繁殖。動物性飼料等制造廠最重要的是有可能被沙門氏菌汙染加工前的生原料（屠宰材料）處理區域，應與加工後的制品處理清凈區域嚴格分開，生材料的處理者與制造處理者的作業分擔以及器材的移動等，也應建立壹套嚴格的管理系統以防止汙染。配合或混合飼料原料的時候，應留意原材料或最終制品從環境而來的沙門氏菌汙染。即原料的保管、加工、制造過程和成品保管、輸送時均應防止細菌汙染。發酵飼料可通過嚴格篩選的特殊菌株，在適當的工藝條件下，抑制雜菌的生長，使發酵飼料中的有害細菌數量很少甚至沒有。
（1）可以通過加熱、有機酸處理、放射線等方式對飼料中的細菌進行抑制或殺滅 從飼料中去除有害菌的第壹個措施就是飼料顆粒化。飼料的顆粒化過程就是將120～150℃的熱蒸汽吹入飼料成分中而固形化，並經成型機制成顆粒狀。由於飼料原料在數秒到1分鐘的時間溫度可在80～90℃左右，因而對於熱抵抗力較弱的有害菌如沙門氏菌、致病性大腸桿菌有較強的抑制和殺滅作用。研究表明在86℃、15%的含水率條件下，制粒10分鐘可對沙門氏菌、大腸桿菌有100%殺滅率。飼料中添加有機酸（如蟻酸、乙酸、丙酸等）對飼料中常見的有害細菌的殺菌有效，0.6%～6%的濃度對沙門氏菌的除菌有效。對飼料進行放射線照射，對殺滅沙門氏菌、壹般細菌和殺蟲有效。
（2）利用拮抗微生物排除有害細菌 如利用成雞正常的腸內細菌來防止初生雞的沙門氏菌感染，以成雞的腸內容物稀釋對初生雛雞經口投入，人為地形成早期腸內菌相，防止此後的沙門氏菌經口感染。另外，微生態制劑對於保護胃腸道、排除有害細菌可起到重要作用。
2.飼料中黴菌及黴菌毒素的控制
包括飼料的防黴和飼料的去毒。
（1）防止飼料原料及產品免受黴菌及黴菌毒素的汙染 合適的貯存條件可以減少黴菌的汙染和黴菌毒素的產生。常用方法是改進倉庫的結構和衛生狀況，增加降溫和防潮設施，以降低水分、溫度，同時還可降低氧濃度。使用化學防黴劑是目前飼料防黴的常規措施。丙酸就是最有效而且經濟效益明顯的防黴劑，其他有機酸如山梨酸、蟻酸其效力就差壹些。由於丙酸鹽無腐蝕性，所以使用方便，但效力沒有丙酸高。使用防黴劑時應考慮的參數為：飼料原料的水分含量、環境溫度、當地主要飼料的優勢黴菌及配合飼料保存時間。在實際操作中要綜合考慮以上因素，使得防黴劑最大程度地發揮作用。在黴菌繁殖期，控制黴菌應註意考慮以上因素，如有下述情況，就應該在飼料中使用防黴劑：①在炎熱、濕度大的天氣，飼科中水分含量為12%以上；②在溫度和濕度適中天氣，飼料中水分含量為13%以上；③不論在任何環境溫度情況下，飼料中水分含量為13.5%～14%，貯存期在1周以上。應根據飼料的水分含量、貯存時間、溫度和季節調整防黴劑的添加量。
（2）飼料中黴菌的去除 可利用幹燥、控制水分等方法，但由於黴菌毒素的化學性質較穩定，在飼料中使其失活去除比較困難。目前的去毒方法主要有物理、化學、生物學處理，以及在日糧中減少毒素與動物接觸等方法。從飼料中挑除被嚴重汙染的部分，是比較原始的方法，但因該方法簡單，在生產中應用較廣，但對內部黴變或輕度黴變的飼料無法使用這種方法。還可根據汙染顆粒與正常谷粒的不同，在水飽和氯化鈉溶液或糖溶液中離心分離；沖洗谷物表面汙染的黴菌及毒素；根據毒素在胚、皮、質部分布不同，可通過食品加工過程去毒；對被黴菌汙染的大麥、小麥、玉米、燕麥進行過篩、去殼處理，對於中等程度鐮刀菌毒素汙染有較好的去毒效果。因為中輕度汙染的毒素主要集中於谷皮，所以在粉碎前去殼處理就保護了汙染強度很輕的內部不增加毒素的汙染。減少毒素與動物接觸，是目前研究較多、較有前途的去毒方法。主要包括用正常日糧來稀釋被汙染日糧；增加日糧營養成分以補償被黴菌汙染減少的營養物；添加黴菌毒素結合劑減少其吸收或在動物體內的代謝。
3.飼料中有毒有害元素的控制
飼料中的有毒有害元素包括汞、硒、鎘、鉛、砷、組胺、單寧、皂角質等。
（1）汞 不使用含汞量過高的飼料原料，條件允許時，對飼料中的汞含量進行測定。
（2）硒 不從高硒地區購買飼料原料，同時對飼料硒含量進行測定，以確定硒含量是否超標。高蛋白飼料對硒中毒具有保護作用，如亞麻籽油餅含酪蛋白量較多，可使中毒減輕。硒的毒性還可因食物中含有砷、銀、銅、汞、鎘等元素而大大降低。已經證實銅在腸道內可與硒形成無毒化合物。另外，砷劑可用於降低硒中毒的防治，亞砷酸鈉和砷酸鈉效果相同，但硫化砷無效。
（3）鎘 利用鋅、鐵與鎘的拮抗作用，提高飼料中鋅、鐵的含量，可減少動物對鎘的消化，從而減少鎘的中毒。日糧中的鎘含量每上升1毫克/千克，則鋅和鐵含量也應相應提高5～8毫克/千克。另外補充維生素C可降低鎘的毒性，有條件的可對飼料原料中鎘含量進行測定，使用鎘含量不超標的飼料原料是最安全的措施。
（4）鉛 不使用高鉛地區的飼料或高含鉛飼料，是減少配合飼料中鉛含量的有效方法。
（5）砷 應嚴格控制飼料原料中的砷含量，根據砷與其他元素或基團的作用，減少氧化砷形式的砷，阻礙砷的吸收，促進其排泄過程。飼料中可添加還原性維生素C，促使五價砷還原為低價砷，降低吸收率。在飼料中添加可吸收的硫化物，也可緩解砷中毒。另外，增加半胱氨酸含量，日糧中適當添加硒、鋅、碘也有利於促進砷危害的緩解。
（6）組胺 主要存在於動物性飼料中，且微生物的侵害更易使飼料產生組胺，控制飼料中組胺的危害，關鍵是防止組胺的產生，肉骨粉或魚粉等動物性飼料在生產前應加強對鮮原料的控制，因為這是最易增加飼料中組胺的環節。對鮮魚肉應盡快處理加工，保存時應有低溫（0℃以下）條件。另外，對動物性飼料應控制其水分含量，壹般不超過12%，以防止微生物的孳生。
（7）單寧 限制日糧中含單寧飼料的用量，根據飼料如高粱、蠶豆、菜籽餅、橡籽中的單寧含量和飼餵動物對單寧中毒的敏感性，來決定日糧中含單寧飼料的使用量，日糧單寧含量較高時，應適當提高飼料中蛋白質及礦物元素水平，如單寧每上升0.1%，則增加0.1%的蛋白，10～100毫克/千克的鈣、鐵、錳、鋅等礦物元素。添加甲基類飼料添加劑，如蛋氨酸或膽堿，可克服單寧引起的生長受阻，其機理為這些添加劑在動物體內作為甲基供給體，可促進單寧進行甲基化作用，使其分解後排出體外。此外，添加能與單寧結合的化學物質，例如吐溫-80、聚乙烯基吡咯烷酮（PVP）和聚乙二醇（PEG）等，可與飼糧中的單寧結合而形成不可逆的絡合物，使單寧失去結合蛋白質的能力。機械脫殼可除去高粱中的大部分單寧，單寧的控制還可通過水浸或煮沸處理以及堿液處理。
（8）皂角質 在配合飼料中控制那些含皂角質的原料的用量，特別是高含量的原料如油茶餅及高皂角質的苜蓿等。飼料中添加膽固醇類物質，因膽固醇可與皂角質結合成不溶性的復合物，從而可使皂角質的吸收量進壹步減小，從而減少其對消化酶的抑制作用。皂角質的脫毒處理方法主要有堿解法（碳酸鈉水解法）、水浸提法、溶劑浸提法（如乙醇提取法）等。