生物鏈的形成不是四五年，而是壹個長期的發展過程，所以轉基因對整個生物鏈的影響誰也無法估計。但是從許多問題中，我們仍然可以看出:
目前轉基因已經形成了完整的產業鏈，消費者也逃不掉。也許妳覺得妳不會買轉基因食品，但是妳不能保證妳用的食品是轉基因的。比如轉基因大豆壓榨後，油中是否也會含有轉基因成分？食用油幾乎不含轉基因成分。轉基因油主要存在於蛋白質中。無論是壓榨制油還是浸出制油，蛋白質最終都分離成油餅。食用油精煉後基本不含蛋白質，所以油中檢測不到轉基因成分。但是這些油籽餅去哪裏了？這是牛、羊、豬最好的飼料，其中壹部分還被加工成魚飼料，如轉基因大米、大豆等，是加工雞飼料、魚飼料的主要原料。這些餵過轉基因蛋白的家畜家禽魚類，會不會把轉基因成分傳給人體？目前，沒有人能給出明確的答案
目前，我國轉基因項目超過100個，幾乎涵蓋了所有的食品類別，其中很多都是非法進入市場的。在中國銷售的雀巢咖啡被發現含有轉基因成分，但現在大多數用於生產奶酪的凝乳酶都是轉基因產品。至於蔬菜瓜果，市面上有轉基因產品，但很多都沒有明確標註，所以人們根本不知道。
爭論的焦點應該是轉基因食品會不會產生毒素，會不會對DNA蛋白過敏，會不會影響抗生素耐藥性。因為壹些生物技術公司為了保護農民的知識產權，對出售給農民的轉基因種子進行了絕育，這種絕育的基因可能會無意中使其他作物不育。截至2009年，各國已經種植了4500多種轉基因植物，但政府批準上市的品種只有40~50個，約占1%。
總部位於荷蘭阿姆斯特丹的國際非政府組織綠色和平組織是全球反轉基因運動的壹面旗幟。他們透露，雖然美國是轉基因食品的生產大國，但國內消費的轉基因食品很少。它種植的轉基因大豆和玉米在美國主要用於動物飼料和乙醇燃料，然後出口到包括非洲和中國在內的發展中國家。然而，歐盟成員國的政府和人民對轉基因作物采取了堅決的態度。從2008年到2009年，法國、希臘、匈牙利、盧森堡、奧地利等國政府都頒布了種植轉基因作物的禁令。在亞洲國家中，日本只批準種植轉基因康乃馨。在印度，只有棉花是唯壹商業化的轉基因作物。
個人對轉基因生物對生物鏈的影響還是比較悲觀的。即使轉基因生物使壹個物種滅絕，在壹個食物網復雜的生態系統中，壹般也不會引起整個生態系統的失衡，但任何壹個物種的滅絕都會在壹定程度上降低生態系統的穩定性。當壹個生態系統的食物網變得非常簡單時，任何外力(環境變化)都可能引起這個生態系統的劇烈波動。那麽後續的顧慮就可以說的過去了。