根據上述職責，市商務局設19個內設機構：
（壹）辦公室
負責機關文秘、會議組織、機要檔案、綜治維穩、信訪接待、電子政務、行政後勤等局機關日常行政事務工作；協調局機關各處（室）工作；負責全局重大事項和決策的督辦；負責承辦人大代表建議和政協委員提案；負責局機關財務會計工作；負責全市商貿發展資金、外經貿發展資金和招商引資資金的管理工作；負責上級業務主管部門對我市商務事業支持資金的綜合管理；負責局直屬單位的資產和財務監管。
（二）政策法規處（市場秩序處）
承擔牽頭協調整頓和規範市場經濟秩序的相關工作，推動商務領域信用建設，指導商業信用銷售，推進商務領域“誠信經營”示範創建活動，建立市場誠信公***服務平臺；參與組織打擊侵犯知識產權、商業欺詐等工作，負責全市商務系統知識產權保護工作；負責有關國內外貿易、國際經濟合作，外商投資法律、法規的研究、宣傳和實施；負責全市重大經貿協議、合同、章程和重大爭議案的研究與協調；組織起草有關地方性法規和規章草案；負責局機關的行政復議和行政訴訟；負責政務公開和政務信息公開、行政審批改革、規範權力運行工作；負責局機關和直屬單位的法律法規培訓；指導商務行政執法工作。
（三）綜合調研和宣傳處
研究經濟全球化、區域經濟合作、現代市場體系和現代商貿流通方式的發展趨勢並提出對策建議；研究國內外貿易流通和管理體制改革，並就重大問題提出意見和建議；研究分析國內外貿易和國際經濟合作形勢，研究提出健全現代市場體系的綜合政策建議；負責局大型綜合材料的起草工作；負責全市商務系統信息統計分析、新聞發布和宣傳工作；負責指導、管理內外貿經濟學會工作。
（四）外商投資促進處
貫徹執行國家、省和市外商投資的各項方針政策和規定；擬訂全市外商投資的中長期發展規劃、產業導向要點和規劃布局意見建議；負責制定全市對外招商活動規劃；負責招商引資宣傳資料的制作；組織參與國家、省級和承辦市級招商活動；負責招商引資客戶庫建設；負責境內外招商活動的歸口管理和協調；負責外來投資者的接待、洽談和考察等組織工作；參與協調、指導全市高新技術、經濟技術開發區的有關工作；牽頭組織招商引資中介人的認定和獎勵實施；負責管理以市政府名義聘請的商務顧問和全球招商代理。
（五）外商投資管理服務處
負責核準市級商務主管部門權限內外商投資企業的合同、章程及法律特別規定的重大變更（增資、減資、轉股、合並與分立等）；負責審核上報國家規定的限額以上、限制投資及法律、規章規定應由上級商務主管部門核準的外商投資企業合同、章程的重大變更；負責監督檢查外商投資企業執行有關法律法規和合同、章程的情況；牽頭組織全市外商投資企業聯合年檢工作；負責全市外商投資產品出口型和先進技術型企業的確認和考核；負責全市實際利用外資和合同利用外資年度計劃的制定及考核；負責全市外商投資的統計分析工作；負責外商投資企業咨詢和跟蹤服務；依照國家和省規定的權限，負責新設外商投資企業（含港澳臺僑企業）的審批（備案）；負責外商投資企業及其投資者投訴、協調工作；負責市外商定點服務機構的管理及協調；指導長沙市外商投資企業協會相關工作。
（六）國內經濟技術協作處
負責加強國內橫向經濟聯合與協作，研究全市橫向經濟聯合與協作的戰略、方針和政策並提出建議；負責編制並組織實施全市開展橫向經濟技術協作、內聯引資工作計劃；組織、指導和協調全市區域經濟合作、境內招商以及資金、物資、技術和信息交流合作等有關工作；加強市場開拓的調查研究，組織、指導和協調全市的內聯引資經貿洽談會和以開拓市場為主要內容的展銷活動；負責編制對口支援工作規劃和年度計劃，負責全市國內友好城市和市外對口支援的相關工作。
（七）項目處
負責全市招商項目的開發、策劃和包裝，定期發布招商引資項目資料；負責重大商務活動簽約項目的調度，跟蹤簽約項目的履約情況；負責市級以上重大商務項目的申報、調度；負責商務項目庫的建設與維護，對重大商務項目的進展情況進行統計、分析、監督和協調；負責項目工作的考核和評價。
（八）對外貿易處（反壟斷處）
擬訂全市對外貿易發展中長期規劃和發展戰略，提出促進對外貿易發展的建議；負責協調全市進出口通關工作，指導和協調企業開拓國際市場；研究和推廣各種國際貿易新方式；組織和協調全市在境內外舉辦的各類進出口貿易交易會、展銷會和洽談會的工作；提出全市外經貿發展資金和上級撥付的外貿專用資金使用管理意見；指導協調外經貿企業的進出口商品配額和許可證、外匯和出口退稅工作；負責市內企業對外貿易經營者備案登記；負責全市進出口結構優化和出口基地建設；協調指導外貿信用體系建設，規範進出口經營秩序；負責全市進出口業務調度和綜合統計分析工作；協助上級商務部門做好反壟斷立法、反壟斷調查、反壟斷裁定結果的監督實施等工作，配合做好產業損害調查工作，聯系進出口商、協會工作。
（九）加工貿易處（機電和科技產業處）
貫徹執行國家有關承接產業轉移、發展加工貿易的方針、政策，擬訂全市承接產業轉移、促進加工貿易發展的規劃，提出加工貿易招商引資的具體辦法和措施；負責全市各類企業進出口加工能力的審核；負責加工貿易項目合同的辦理；負責全市出口加工區、保稅物流中心的指導和協調；負責全市加工貿易進出口統計、分析工作；擬訂並組織實施全市機電產品和高新技術產品進出口發展規劃和政策；負責全市機電產品和高新技術產品出口結構的優化、產業聯系機制的實施；負責全市科技興貿工作，加強貿易與產業聯系的工作實施；負責全市機電進出口產品、高新技術產品、加工貿易各類資金支持項目的收集、篩選、匯總和上報；承擔長沙市承接產業轉移發展加工貿易領導小組辦公室的日常工作。
（十）對外經濟合作處
貫徹落實國家對外經濟合作方面的法律、法規和政策，擬訂全市對外經濟合作的政策和措施；編制並組織實施全市對外經濟合作的中長期規劃；指導市內企業境外投資、對外經濟合作企業取得經營資格、對外援助項目境外工程承包、外派勞務人員的培訓；負責全市境外就業職業介紹機構資格初審、監督檢查和外派勞務秩序的規範管理；負責境外勞務糾紛或突發事件的應急處置；負責對外經濟合作統計和分析；組織對外經濟合作企業申報上級專項資金。
（十壹）市場運行調節處
負責監測、分析市場運行和商品供求狀況，負責市場預測、預警和信息發布；負責全市社會消費品零售總額指標的監測、分析；研究提出市場運行及調控的政策建議，組織協調市場運行的有關重大問題；負責組織和落實重要生活必需品的風險儲備和市場調節；指導全市流通環節食品消費安全工作，配合相關部門完善流通環節質量安全標準和認證體系；負責肉類、蔬菜商品流通方面的相關工作；監督管理副食品風險調節基金和商貿發展資金的使用。
（十二）行業指導處
擬訂並組織實施全市商品流通業和商貿服務業（含餐飲、住宿業等）的發展戰略、行業規劃和有關政策；擬訂並組織實施優化流通產業結構調整的政策；貫徹國家、省和市關於深化流通體制改革的政策；負責全市商貿服務業的等級評審、資格認定以及從業人員勞動技能、技術等級的培訓、考核和鑒定工作；推進連鎖經營、特許經營和內貿代理制等流通方式，指導商品流通業的行業管理工作，會同有關部門對流通領域商品質量、計量和標準進行監督檢查；負責全市相關行業協會的指導管理工作。
（十三）市場體系建設處
擬訂全市健全、規範市場體系和流通秩序的政策、規定，協調打破市場壟斷、行業壟斷和地區封鎖的有關工作；研究提出引導國內外資金投向市場體系建設的政策；指導城市商業體系建設，推進農村市場體系建設，培育和發展農村市場；指導區、縣（市）商業網點規劃，規範城市商業設施建設；負責核準上報外商投資商業領域項目；組織擬訂市場體系標準，推進商品流通市場的標準化建設；按有關規定對全市拍賣、典當、租賃、舊貨流通、成品油、直銷、報廢汽車回收、舊機動車交易（含二手車）等活動進行監督管理；承擔長沙市市場建設領導小組辦公室、長沙市汽車更新報廢回收協調領導小組辦公室、長沙市成品油市場管理工作領導小組辦公室的日常工作。
（十四）酒類監督管理處（長沙市酒類產銷管理辦公室）
負責實施國家和省有關酒類商品監督管理的法規、規章和政策；負責監督管理全市酒類商品生產流通和酒業結構的調整及行業規劃的制定；負責酒類批發、零售許可等有關方面的監督管理；負責全市範圍內酒類展覽和促銷宣傳活動的管理；依法查處無證生產、銷售和制售假冒偽劣酒類商品等違法活動；承擔長沙市酒類產銷管理領導小組辦公室的日常工作；指導長沙市酒業協會的相關工作。
（十五）藥品流通管理處
負責研究擬訂全市藥品流通行業發展規劃、政策和相關標準；配合實施國家基本藥物制度，推進全市藥品流通行業結構調整，指導全市藥品流通企業改革，推動藥品現代流通方式的發展；建立藥品流通行業統計制度和業務信息報送制度；推進行業信用體系建設，指導全市相關行業協會工作。
（十六）服務貿易處（商務服務機構指導處）
擬訂並組織實施全市服務貿易、服務對外承包產業發展規劃、政策和措施；指導和管理全市服務貿易及促進工作；負責全市服務貿易跨部門協調機制的聯絡工作；負責指導協調全市服務對外承包企業國際資質認證及國內外市場拓展工作；負責全市服務對外承包產業的統計和綜合分析；負責指導協調、管理全市技術引進和技術、軟件產品的出口工作；負責全市服務外包專項資金的申報、審核和管理；負責指導、協調全市服務外包人才培訓工作；承擔長沙市服務外包領導小組辦公室的日常工作；指導長沙市商務服務機構（單位）和服務外包協會相關工作。
（十七）現代物流處
負責擬訂促進全市現代物流產業發展的相關政策；負責指導協調全市物流企業標準化評估；指導協調全市物流園區、物流配送中心和現代物流重點項目建設；負責全市重點物流項目扶持資金的申報和審核；培育和建立現代物流市場體系，探索現代物流管理模式，組織物流企業的交流與合作；負責組織物流行業的招商引資工作；負責組織物流管理人員的培訓，開展行業統計、行業調查和市場形勢分析等；承擔長沙市現代物流產業發展領導小組辦公室的日常工作；指導長沙市物流協會的相關工作。
（十八）電子商務管理處
擬訂全市電子商務發展戰略、中長期發展規劃和政策；負責全市電子商務產業的統計和綜合分析；指導服務全市商務企業和商務系統的信息化工作；負責全市網上招商、網上洽談等工作和網上貿易的指導；負責全市商務門戶網站、商務公眾網站的建設和管理；負責全市商務信息平臺的管理。
（十九）人事教育處
負責局機關和直屬單位的機構編制、組織人事、勞動保障、教育培訓和績效考核等工作；負責局機關和直屬單位因公出國（境）和因私出國（境）備案人員的辦理；負責局直屬單位領導班子建設和後備幹部的管理；協助有關部門選派從事外經貿業務的出國人員和駐外機構工勤人員；負責經貿出國人員的培訓。
離退休人員管理服務處。負責局機關離退休人員管理、服務工作，指導直屬單位離退休人員管理、服務工作。
機關黨委。負責局機關和直屬單位的黨群工作。
紀檢（監察）機構按有關規定設置。