根據上述職責，自治區發展和改革委員會設27個內設機構。
（壹）辦公室
負責文電、會務、機要、文書檔案等機關日常運轉工作；承擔政務信息、政務公開、建議提案辦理、督查、安全保密、信訪、電子政務等工作；承擔機關財務、資產管理、內部審計等工作。
（二）發展規劃處
組織編制國民經濟和社會發展中長期規劃，研究提出國民經濟中長期發展戰略、生產力布局、總量平衡、結構調整的目標和政策建議；組織並參與編制國民經濟和社會發展專項規劃、重點區域規劃，銜接、平衡各地區、各行業發展規劃及專項規劃和政策；負責內資項目進口設備免稅確認；參與重大固定資產投資項目的審查。
（三）國民經濟綜合處（政策研究室）
組織研究並提出自治區年度國民經濟和社會發展計劃，包括總量平衡、發展速度、結構調整、價格總水平的目標和相應的政策措施；監督、檢查年度計劃執行情況，提出對策建議；研究分析自治區宏觀經濟形勢，負責宏觀經濟和社會發展的預測、預警，提出政策措施和建議；負責價格制定的審核和審定工作。起草重要文件；研究、提出民族區域發展政策；跟蹤分析、評價經濟和社會發展政策執行情況；組織研究自治區經濟社會發展、改革開放等重大問題；牽頭組織重大課題研究，負責協會、學會的管理；承擔新聞發布和信息引導等工作。
（四）經濟體制綜合改革處
研究經濟體制改革和對外開放的重大問題；研究制定自治區經濟體制改革中長期規劃和年度工作要點；組織擬訂綜合性經濟體制改革方案；承擔有關專項改革方案實施中的協調與銜接工作；指導和協調推進小城鎮改革與發展工作。指導經濟體制改革試點工作；協調解決經濟體制改革進程中的重大問題。
（五）固定資產投資處（自治區涉外（建設）項目國家安全事項審查辦公室）
監測分析全社會固定資產投資運行狀況，發布投資信息；研究提出全社會固定資產投資有關政策；匯總編制固定資產投資中長期規劃和年度計劃以及前期項目計劃，提出固定資產投資的總規模和投資結構的調控目標、政策、措施及資金來源；起草固定資產投資管理有關法律法規草案；提出深化投資體制改革和修訂投資核準目錄的建議；按照管理權限，負責審核上報、審批、核準、備案自治區各行業固定資產投資項目；審核、審定、上報和下達國家補助投資項目計劃；負責安排自治區財政預算內固定資產投資計劃；指導工程咨詢業發展。承擔自治區涉外（建設）項目國家安全事項審查辦公室具體工作。
（六）利用外資和境外投資處
研究提出自治區利用外資和境外投資的戰略、規劃、總量平衡和結構優化的目標、政策以及利用國外貸款項目和資金計劃；負責審核上報、審批、核準國外貸款項目、外商直接投資項目和境外投資項目；負責國外貸款項目建設招標方案的審核、招投標活動的監督管理以及貸款項目的竣工驗收、項目監測評價等全過程檢查監督；協調各相關部門的業務關系；辦理外資項目進口設備免稅確認手續；會同有關部門指導、協調、審核自治區各類開發區等特殊經濟區和開放地區的規劃、布局和設立；會同有關部門做好招商引資工作；承擔自治區人民政府外資領導小組辦公室、項目引資辦公室具體工作。
（七）地區經濟處
組織研究提出自治區區域經濟發展戰略、規劃和政策措施；參與制定國土開發整治規劃並協調有關政策，參與編制並下達土地利用、地質礦產勘查、基礎測繪和水資源平衡規劃；審批、下達礦產資源補償費、地質勘查項目計劃；負責審核上報、審批、核準、備案歸口行業固定資產投資項目；組織、協調地區之間的橫向經濟協作；協調和推動自治區空間信息基礎設施建設；組織實施自治區主體功能區規劃；提出重大項目布局建議並協調實施。承擔自治區應對氣候變化領導小組辦公室的具體工作。
（八）農村經濟處
綜合分析自治區農業和農村經濟發展重大問題，研究提出自治區農村經濟發展戰略和政策措施；組織編制農業、林業、水利、畜牧業、農機、鄉鎮企業、氣象、漁業等中長期發展規劃及其他農村經濟的專項規劃和年度計劃；負責審核上報、審批、核準、備案歸口行業固定資產投資項目，跟蹤分析農業、農村經濟發展形勢，提出政策建議；提出重大項目布局並協調實施；負責新疆優質棉基地建設。
（九）能源處
研究提出自治區能源發展戰略、政策措施、產業重大布局和行業改革方案；擬訂自治區能源總體規劃、綜合性能源區域規劃和年度計劃；組織編制實施石油、天然氣、煤炭（含煤制燃料）、電力、新能源和可再生能源等專項規劃和年度計劃；負責能源基地和重大項目建設的組織協調和管理，負責審核上報、審批、核準、備案歸口行業固定資產投資項目；監測分析自治區能源行業運行狀況，協調解決能源發展中存在的問題；負責組織和管理自治區能源對外合作工作；承擔自治區能源協調管理辦公室具體工作。
（十）交通運輸處
研究提出自治區綜合交通運輸發展戰略、政策措施及交通運輸行業改革方案，組織編制綜合交通運輸中長期發展規劃和年度計劃，審查和下達年度交通專項計劃；組織編制、審查或審批鐵路、公路、民航、管道等專項規劃；協調各種交通運輸方式重大項目的布局；監測分析自治區交通運輸行業運行狀況，協調解決發展中存在的問題；負責審核上報、審批、核準、備案歸口行業固定資產投資及城市交通項目。
（十壹）產業協調處
綜合分析自治區工業和服務業發展的重大問題，研究提出自治區工業發展戰略和政策措施，研究提出綜合性產業政策及建議；統籌工業、服務業的發展規劃與國民經濟和社會發展規劃、計劃的銜接平衡；會同有關部門提出行業中長期發展規劃和年度計劃；負責審核上報、審批、核準、備案歸口行業固定資產投資項目；協調重大技術裝備推廣應用和重大產業基地建設；擬訂服務業的發展戰略和重大政策，協調服務業發展中的重大問題。
（十二）高技術產業處
綜合分析自治區高技術產業及產業技術的發展態勢，組織擬訂高技術產業發展、產業技術進步的戰略、規劃和重大政策；做好相關高新技術產業化工作，組織實施重大產業示範工程；統籌信息化發展規劃與自治區國民經濟和社會發展規劃、計劃的銜接平衡；組織推動技術創新和產學研聯合，培育自治區國民經濟新興產業的形成；負責審核上報、審批、核準、備案歸口行業固定資產投資項目。
（十三）資源節約和環境保護處
綜合分析自治區經濟社會與資源、環境協調發展的重大戰略問題；組織編制實施自治區能源資源節約和綜合利用、發展循環經濟的規劃,參與編制環境保護規劃；負責審核上報、審批、核準、備案能源資源節約、循環經濟、環境保護、城鎮汙水和垃圾處理及相關領域汙染治理等歸口行業固定資產投資項目；負責自治區固定資產投資項目節能評估機構資質審查；協調環保產業和清潔生產有關工作；組織國家節能減排示範工程和新產品、新技術、新設備的推廣應用；承擔自治區節能減排領導小組辦公室和自治區循環經濟工作領導小組辦公室的日常工作。
（十四）社會發展處
綜合提出社會發展戰略，研究提出自治區社會發展政策措施，組織編制社會發展中長期規劃和年度計劃；負責專項計劃的審批、審查、上報；會同有關部門提出人口和計劃生育、文化、教育、衛生、體育、廣播影視、新聞出版、旅遊、民政等發展政策；負責審核上報、審批、核準、備案歸口行業固定資產投資項目；會同有關部門安排社會事業專項資金；協調社會事業發展和改革的重大問題。
（十五）就業和收入分配處
綜合分析自治區就業與人力資源、收入分配和社會保障的情況，提出促進就業、調整收入分配、完善社會保障與經濟協調發展的政策建議；負責審核上報、審批、核準、備案歸口行業固定資產投資項目；推進相關體制改革，協調解決相關重大問題。
（十六）經濟貿易處（自治區糧食調控辦公室）
監測分析國內外市場發展狀況，承擔自治區重要商品總量平衡和宏觀調控相關工作；組織擬訂自治區重要農產品、工業品和原材料進出口計劃並監督執行；研究提出自治區內外貿發展戰略和政策措施，組織編制經濟貿易、流通設施建設和現代物流業中長期發展規劃和年度計劃；負責重要商品的總量平衡和宏觀調控，編制重要商品流通計劃和糧食、棉花等進出口計劃；編制重要商品儲備、輪換和投放計劃並進行指導和監督；負責糧食宏觀調控，會同有關部門研究制定自治區糧食流通政策；負責審核上報、審批、核準、備案歸口行業固定資產投資項目；負責重要商品流通體制改革，協調流通體制改革中的重大問題。
（十七）財政金融處
研究分析自治區全社會資金平衡狀況；跟蹤分析財稅、金融、保險等情況；分析財政政策、貨幣政策的執行情況並提出對策建議；提出自治區資本市場發展戰略，參與直接融資的協調管理，牽頭推進自治區產業投資基金和創業投資的發展及制度建設；負責地方企業債券發行和自治區產業投資基金設立的審核、申報和監管工作。
（十八）項目建設管理處
研究提出自治區重點項目建設計劃和政策措施，組織協調重點項目建設；指導和協調自治區招投標工作，參與擬訂自治區招投標配套法規和綜合性政策，負責自治區評標專家庫組建、管理工作和權限內建設項目招標方案的核準及招投標活動的監督管理；負責權限內固定資產投資項目的初步設計、概算（含調概）和特殊項目開工報告的審核上報、審批；指導自治區項目建設竣工驗收工作，組織重大項目竣工驗收；會同有關部門審批、發布與投資項目建設宏觀管理有關的標準定額。
（十九）以工代賑處
研究提出自治區貧困地區有關發展戰略和規劃；參與研究制定自治區扶貧開發目標和政策措施；編制、上報以工代賑項目建設中長期規劃和年度計劃；負責監督檢查以工代賑計劃執行、資金使用和竣工驗收等工作；審批以工代賑重大扶貧開發項目。承擔自治區以工代賑領導小組辦公室的日常工作。
（二十）收費管理處
負責自治區行政事業性收費管理，研究提出收費管理的法規、制度和辦法；負責管理國家和自治區審批的行政事業性收費項目和標準；制定和調整自治區管理的行政事業性收費管理政策；負責制定和調整公益事業價格、部分公用事業價格、中介服務收費和部分經營服務價格；負責自治區《收費許可證》的印制和本級《收費許可證》發放、調整、換證、審驗和其他管理工作；負責收費清理整頓工作。
（二十壹）農產品和水資源價格處
負責自治區農產品和農業生產資料價格管理及政策法規的制定；負責對農業生產資料價格和實行市場調節的重要農產品價格進行監管和價格信息發布，制定最低保護價或最高限價；制定重要農產品儲備的出入庫價格及費用；研究制定自治區水價管理有關辦法，負責制定自治區直管流域水利工程供水價格和城鎮自來水價格及水資源費、汙水處理費標準;制定城市生活垃圾處理費標準。
（二十二）能源交通價格處
負責貫徹落實國家關於能源、交通運輸、重要工業品價格管理的方針政策和調價方案；研究提出自治區能源、交通運輸、重要工業品價格管理政策和相關措施；對自治區管理權限內能源、交通運輸、重要工業品價格和延伸服務收費、通信及郵政部分資費和增值業務資費進行管理；對授權各地、州管理的能源、重要工業品、交通運輸價格管理工作進行指導；對實行市場調節價的重要工業品價格進行監管；協調行業價格管理工作。
（二十三）醫藥和服務價格處
負責管理自治區土地、建設系統（行政事業性、服務性）收費，參與標定地價、土地基準價的審核和公布，研究制定自治區管理的房地產（含經濟適用房、物業服務、公用住房和廉價租房）價格政策；協調處理有關房地產價格爭議；負責管理和制定熱力、旅遊等公用事業價格政策；負責制定醫療服務價格管理辦法，制定非贏利性醫院醫療服務價格，負責對列入基本醫療保險藥品目錄的藥品及具有壟斷性的特殊藥品、民族藥和重要的醫院制劑實行政府定價管理；負責對藥品集中招標采購的價格行為進行規範管理；負責藥品市場價格監管。
（二十四）價格監督檢查局
按照國家、自治區有關法律法規和政策，指導協調、組織實施自治區價格檢查，依法查處商品價格、服務價格、國家機關收費中的價格違法行為；組織調查、認定和處理不正當價格行為；受國家發展和改革委員會的委托，依法查處價格壟斷行為；指導和組織實施市場價格監管、價格公***服務、價格異常波動應急管理、價格社會監督等工作；依法受理價格、收費違法行為的舉報、投訴等。
（二十五）價格成本監審局
按照國家、自治區有關法律法規和政策，擬定自治區政府制定價格成本監審制度以及重要商品和服務價格成本調查、核算、監審辦法，並組織實施；承擔國家、自治區安排的產品價格和服務價格成本調查、監審等工作；對各地州市成本調查工作進行業務指導。
（二十六）法規處
組織編制本委立法規劃和年度計劃；組織起草自治區有關地方性法規、規章草案；調查研究有關法律、法規、規章執行情況；負責系統及本委行政執法監督、行政復議、行政應訴和普法工作。
（二十七）人事處
負責委機關和所屬單位幹部人事管理工作；承擔機關及所屬單位的機構編制、教育培訓、工資福利、出國（境）審查、專業技術職稱評定、醫療保險、人事檔案和計劃生育管理工作；指導委幹部培訓中心工作。
自治區建設項目稽察特派員辦公室研究制定自治區建設項目稽察監管工作的法規、規章和相關政策；組織開展對中央和地方財政性建設資金投資安排實施情況的監督和檢查；組織實施對自治區建設項目的稽察；指導協調自治區建設項目稽察監管工作；開展對建設項目政策環境的稽察及項目後評價；跟蹤檢查相關行業和地區貫徹執行國家和自治區投資政策和規定情況；提出改進投資管理和項目建設的意見和建議；配合國家發展和改革委員會稽察辦開展有關稽察工作；監督、監管政府投資代建項目。
自治區國民經濟動員辦公室研究國民經濟發展與國家安全的關系，提高國民經濟應對突發事件的能力，分析國防經濟宏觀運行情況，對國防經濟重大問題提出建議；依據國民經濟、社會發展戰略和中長期規劃，協調有關國防經濟問題，會同有關部門研究和提出國民經濟動員預案總體規劃和年度計劃，監督、檢查預案、規劃、計劃的執行情況；組織以軍事需求為目的的國民經濟實力調查，提出戰時動員措施；組織軍民兩用技術的研究、推廣和應用；組織提出經濟建設項目平戰時結合的建議，配合有關部門做好項目建設與國民經濟動員的結合與銜接。
自治區西部開發領導小組辦公室根據國家關於西部地區的開發戰略、發展規劃和政策措施，研究提出新疆的開發戰略、發展規劃和政策措施；研究提出新疆農村經濟發展、重點基礎設施建設、生態環境保護和建設、結構調整、資源開發以及重點項目布局的建議；研究提出新疆深化改革、擴大開放和引進國內外資金、技術、人才的政策建議；協調經濟開發和科教文化事業的全面發展，推進新疆國民經濟和社會事業持續快速健康發展；承擔自治區西部開發領導小組辦公室的具體工作。
機關黨委負責機關和直屬單位黨群工作和精神文明建設工作。
監察室（與紀檢組合署辦公）為自治區紀委（監察廳）的派駐機構，負責機關和直屬單位紀律檢查和行政監察工作。
離退休幹部工作處負責機關離退休幹部工作，指導直屬單位的離退休幹部工作。