1、醫院直接報賬，因疾病住院辦理住院手續時，向醫院出具新型農村合作醫療證直接參與報賬；
2、鎮新型農村合作醫療辦公室報賬，報賬材料由個人拿到新型農村合作醫療辦公室，由鎮農醫辦呈報縣農醫辦報賬之後，由鎮農醫辦電話通知前來領取報銷費用；
3、外傷住院，還需備齊，外傷證明、入院記錄。（外傷證明——由所在村社開具詳細證明，並蓋村委公章）生育住院：本地住院正常分娩，需：出生證明、準生證。
4、外地住院正常分娩，需：出生證明、準生證、入院記錄、出院記錄。
5、剖腹生產（本地、外地），需材料：出生證明、準生證、入院記錄、出院記錄。
6、特殊門診的辦理，對壹年內從未住院的糖尿病、高血壓（Ⅱ期及以上）、惡性腫瘤（放療、化療）、精神病、白血病、肝硬化、尿毒癥（門診透析）、系統性紅斑狼瘡、慢性風心病和腦血管意外康復期等特殊疾病患者，將全年累積門診費用按比例在年底給予補償（註：需到縣定點醫療機構確診後，在醫院填寫申請表，再到縣農合中心辦理相關手續）。
農村合作醫療報銷所需資料如下：
1、門診報銷攜帶資料，門診發票、合作醫療證歷本（或病歷）；
2、住院報銷攜帶資料，住院發票、合作醫療證歷本（或病歷）、費用明細清單、出院小結、其它有關證明；
3、門診特殊病報銷攜帶資料：門診發票、特殊病種合作醫療證歷本；
4、辦理特殊病種攜帶資料：特殊病種門診治療建議書，合作醫療證歷本、病歷、有關化驗報告單、照片二張。
綜上所述，參保戶將報銷所需資料備齊後交村（社區）合作醫療聯絡員由村（社區）合作醫療聯絡員審核後報鎮合作醫療聯絡員在由鎮聯絡員送區農易辦結報中心進行報銷。
法律依據：
《中華人民***和國社會保險法》第二十八條
符合基本醫療保險藥品目錄、診療項目、醫療服務設施標準以及急診、搶救的醫療費用，按照國家規定從基本醫療保險基金中支付。
第二十九條
參保人員醫療費用中應當由基本醫療保險基金支付的部分，由社會保險經辦機構與醫療機構、藥品經營單位直接結算。
社會保險行政部門和衛生行政部門應當建立異地就醫醫療費用結算制度，方便參保人員享受基本醫療保險待遇。