法律分析：針對醫療機構銷售過期藥品的情形，會依法沒收其因銷售過期藥品賺得的全部收入，並且要進行罰款，罰款的金額大小視其情節嚴重而定，構成犯罪的，依法追究刑事責任。
法律依據：《中華人民***和國藥品管理法》第六十八條 藥品監督管理部門應當按照規定，依據《藥品生產質量管理規範》、《藥品經營質量管理規範》，對經其認證合格的藥品生產企業、藥品經營企業進行認證後的跟蹤檢查。
《中華人民***和國藥品管理法》第七十四條 生產、銷售假藥的，沒收違法生產、銷售的藥品和違法所得，並處違法生產、銷售藥品貨值金額二倍以上五倍以下的罰款;有藥品批準證明文件的予以撤銷，並責令停產、停業整頓;情節嚴重的，吊銷《藥品生產許可證》、《藥品經營許可證》或者《醫療機構制劑許可證》;構成犯罪的，依法追究刑事責任。
《中華人民***和國藥品管理法》第七十五條 生產、銷售劣藥的，沒收違法生產、銷售的藥品和違法所得，並處違法生產、銷售藥品貨值金額壹倍以上三倍以下的罰款;情節嚴重的，責令停產、停業整頓或者撤銷藥品批準證明文件、吊銷《藥品生產許可證》、《藥品經營許可證》或者《醫療機構制劑許可證》;構成犯罪的，依法追究刑事責任。
《中華人民***和國藥品管理法》第七十六條 從事生產、銷售假藥及生產、銷售劣藥情節嚴重的企業或者其他單位，其直接負責的主管人員和其他直接責任人員十年內不得從事藥品生產、經營活動。
對生產者專門用於生產假藥、劣藥的原輔材料、包裝材料、生產設備，予以沒收。
《中華人民***和國藥品管理法》第七十七條 知道或者應當知道屬於假劣藥品而為其提供運輸、保管、倉儲等便利條件的，沒收全部運輸、保管、倉儲的收入，並處違法收入百分之五十以上三倍以下的罰款;構成犯罪的，依法追究刑事責任。