本規定所稱南水北調配套工程(以下簡稱配套工程)，是指南水北調中線總幹渠分水閘門以下的輸水工程及其附屬設施、地表水廠或者直接供水用戶。第三條配套工程供水管理應當堅持統壹工程管理、統壹水量調度、嚴格水質保護和用水總量控制的原則，確保安全運行、合理調度、水質合格和節約用水。第四條省人民政府水行政主管部門負責配套工程的水量調度和運行管理。
省人民政府環境保護主管部門負責配套工程水汙染防治的監督，省人民政府其他有關部門在各自的職責範圍內負責配套工程供水的相關工作。
配套工程竣工驗收前，省南水北調辦應當協調省轄市、縣(市)人民政府和省人民政府其他有關部門做好配套工程的供水和管理工作。第五條受水區設區的市、縣(市、區)人民政府負責本行政區域內配套工程供水的相關工作，將配套工程的水質保障、水管理和工程設施保護納入國民經濟和社會發展規劃。第六條受水區市、縣(市、區)人民政府水行政主管部門負責本行政區域內配套工程的安全保護和監督管理，其他有關部門負責配套工程供水的相關工作。南水北調辦應在配套工程竣工驗收前，協調配套工程供水的相關工作。第七條省人民政府確定的配套工程管理單位負責實施省人民政府確定的水資源分配方案和水量調度計劃，具體負責配套工程的運行和保障。第八條配套工程實行統壹水價。第二章水量調度第九條受水區城市生活和工業用水，按照引江濟水為主，其他地表水為輔，地下水為急的原則，實行水資源統壹調度。
東五十、朱莊、崗南、黃壁莊、王快、西大洋六座水庫作為配套工程備用水源，參與配套工程供水調度。第十條配套工程的水量調度以國務院水行政主管部門下達的年度水量調度計劃、備用水源蓄水情況和受水區水量分配指標為基本依據。第十壹條配套工程年度水量調度為10月份11至次年10月份1。第十二條省轄設區的市、縣(市)人民政府水行政主管部門應當根據年度需水量和水量分配指標，提出年度用水計劃建議，於每年9月30日前報送省人民政府水行政主管部門，並抄送配套工程管理單位。
年度用水計劃建議應當包括年度用水總量建議和月度用水計劃建議。第十三條省人民政府水行政主管部門根據國務院水行政主管部門下達的年度水量調度計劃、省轄市、縣(市)人民政府水行政主管部門報送的年度用水計劃建議，以及受水區水量分配指標和備用水源庫容， 制定受水區年度水量調度計劃，下達給設區的市和省直管縣(市)人民政府以及配套工程管理單位和備用水源管理單位。
配套工程管理單位應當根據省人民政府水行政主管部門下達的年度水量調度計劃，與受水區設區的市、省直管縣(市)人民政府水行政主管部門協商，制定配套工程月度水量調度計劃，並報省人民政府水行政主管部門。第十四條月水量調度方案不能實施的，配套工程管理單位應當及時向省轄市、縣(市)人民政府水行政主管部門調整，並向省人民政府水行政主管部門報告。第十五條配套工程實行由基本水價和計量水價組成的兩部制水價。供水價格由省人民政府價格主管部門制定。
在配套項目初期，實行河流水量計劃管理和過渡水價政策。第十六條受水區省轄市、縣(市)人民政府應當與南水北調辦簽訂年度供水協議，按時足額繳納水費。
供水協議應當包括年供水量、計量方式、供水質量、輸水斷面、輸水方式、水價、水費繳納時間和方式、違約責任等內容。第十七條在水量調度年度內，需要調用年度水量調度計劃分配的水量的，由省轄市相關區、縣(市)人民政府簽訂調用協議，報省人民政府水行政主管部門備案。配套工程管理單位應當根據省人民政府水行政主管部門的意見調整月度水量調度方案。水費繳納主體不變。