2.1 應急機制啟動
食品安全事故發生後，衛生行政部門依法組織對事故進行分析評估，核定事故級別。特別重大食品安全事故，由衛生部會同食品安全辦向國務院提出啟動I級響應的建議，經國務院批準後，成立國家特別重大食品安全事故應急處置指揮部（以下簡稱指揮部），統壹領導和指揮事故應急處置工作；重大、較大、壹般食品安全事故，分別由事故所在地省、市、縣級人民政府組織成立相應應急處置指揮機構，統壹組織開展本行政區域事故應急處置工作。
2.2 指揮部設置
指揮部成員單位根據事故的性質和應急處置工作的需要確定，主要包括衛生部、農業部、商務部、工商總局、質檢總局、食品藥品監管局、鐵道部、糧食局、中央宣傳部、教育部、工業和信息化部、公安部、監察部、民政部、財政部、環境保護部、交通運輸部、海關總署、旅遊局、新聞辦、民航局和食品安全辦等部門以及相關行業協會組織。當事故涉及國外、港澳臺時，增加外交部、港澳辦、臺辦等部門為成員單位。由衛生部、食品安全辦等有關部門人員組成指揮部辦公室。
2.3 指揮部職責
指揮部負責統壹領導事故應急處置工作；研究重大應急決策和部署；組織發布事故的重要信息；審議批準指揮部辦公室提交的應急處置工作報告；應急處置的其他工作。
2.4 指揮部辦公室職責
指揮部辦公室承擔指揮部的日常工作，主要負責貫徹落實指揮部的各項部署，組織實施事故應急處置工作；檢查督促相關地區和部門做好各項應急處置工作，及時有效地控制事故，防止事態蔓延擴大；研究協調解決事故應急處理工作中的具體問題；向國務院、指揮部及其成員單位報告、通報事故應急處置的工作情況；組織信息發布。指揮部辦公室建立會商、發文、信息發布和督查等制度，確保快速反應、高效處置。
2.5 成員單位職責
各成員單位在指揮部統壹領導下開展工作，加強對事故發生地人民政府有關部門工作的督促、指導，積極參與應急救援工作。
2.6 工作組設置及職責
根據事故處置需要，指揮部可下設若幹工作組，分別開展相關工作。各工作組在指揮部的統壹指揮下開展工作，並隨時向指揮部辦公室報告工作開展情況。
（1）事故調查組
由衛生部牽頭，會同公安部、監察部及相關部門負責調查事故發生原因，評估事故影響，盡快查明致病原因，作出調查結論，提出事故防範意見；對涉嫌犯罪的，由公安部負責，督促、指導涉案地公安機關立案偵辦，查清事實，依法追究刑事責任；對監管部門及其他機關工作人員的失職、瀆職等行為進行調查。根據實際需要，事故調查組可以設置在事故發生地或派出部分人員赴現場開展事故調查（簡稱前方工作組）。
（2）危害控制組
由事故發生環節的具體監管職能部門牽頭，會同相關監管部門監督、指導事故發生地政府職能部門召回、下架、封存有關食品、原料、食品添加劑及食品相關產品，嚴格控制流通渠道，防止危害蔓延擴大。
（3）醫療救治組
由衛生部負責，結合事故調查組的調查情況，制定最佳救治方案，指導事故發生地人民政府衛生部門對健康受到危害的人員進行醫療救治。
（4）檢測評估組
由衛生部牽頭，提出檢測方案和要求，組織實施相關檢測，綜合分析各方檢測數據，查找事故原因和評估事故發展趨勢，預測事故後果，為制定現場搶救方案和采取控制措施提供參考。檢測評估結果要及時報告指揮部辦公室。
（5）維護穩定組
由公安部牽頭，指導事故發生地人民政府公安機關加強治安管理，維護社會穩定。
（6）新聞宣傳組
由中央宣傳部牽頭，會同新聞辦、衛生部等部門組織事故處置宣傳報道和輿論引導，並配合相關部門做好信息發布工作。
（7）專家組
指揮部成立由有關方面專家組成的專家組，負責對事故進行分析評估，為應急響應的調整和解除以及應急處置工作提供決策建議，必要時參與應急處置。
2.7 應急處置專業技術機構
醫療、疾病預防控制以及各有關部門的食品安全相關技術機構作為食品安全事故應急處置專業技術機構，應當在衛生行政部門及有關食品安全監管部門組織領導下開展應急處置相關工作。